Приказ еще не отдан, но в "сферах" уже шепчутся, прикидывают, торгуются, кого определить в Киев, на пироговское место. А Пирогов осенью 1859 года открывает на Подоле в Киеве первую воскресную школу. Он докладывает министру просвещения: студенты "в видах человеколюбия" пожелали в свободные дни бесплатно обучать "рабочего класса людей". Вроде бы спрашивал разрешения, но докладывал, когда школа уже открылась.
С первого же дня классы школы битком набиты: учиться шли взрослые и дети. Преподавали не только студенты — педагоги, университетские профессора, литераторы, офицеры. Пирогов радостно писал: "Учителя одушевлены рвением учить, ученики — охотою учиться".
Идея Пирогова стремительно рванулась вширь. Воскресные школы росли по России, как грибы. В Петербурге и Москве, в Саратове и Пскове, даже в далеком Троиц-косавске Кяхтинского градоначальства — на самой китайской границе. За год в тридцати городах открылось шестьдесят восемь воскресных школ. За три года — триста.
Киевский генерал-губернатор требовал "установить строгий надзор за воскресными школами, чтобы обучение в них соответствовало желаниям и видам правительства". Жандармы доносили, что иные из учителей используют уроки для политической агитации, что пироговская затея способствует революционному делу. Князь Васильчиков, киевский генерал-губернатор, в докладах на высочайшее имя срывался в крик: "Либо я, либо Пирогов".
Пирогов в своем порыжевшем балахоне ездит по округу, неказистый экипаж его хоть и прочен, но вроде бы не скор, а он неведомо как появляется то в одном городе, то почти тут же в другом, в местечках и селах, отделенных одно от другого десятками верст, всякий день Пирогов успевает наработать на год — в Петербурге на его докладах пишут: "Отложить до назначения нового попечителя".
Петербургские покровители ("Невыгодно, ваше величество, неудобно Пирогова увольнять!") пытаются помирить его с царем. Повод для свидания оказался не лучший — но что поделаешь, другого не нашлось! — совещание попечителей учебных округов, созванное в целях предотвращения студенческих волнений. Как они могли помириться, когда Пирогов добивался свобод для молодежи, а царь рассчитывал на полицию! Покровители просили Пирогова во время аудиенции если и не соглашаться, то хотя бы не спорить, всего лучше молчать, главное же — благодарить. Царь принимал его вместе с попечителем Харьковского учебного округа Зиновьевым.
Из письма Пирогова: "Представлялся государю и великому князю. Государь позвал еще и Зиновьева и толковал с нами целых 3/4 часа; я ему лил чистую воду. Зиновьев начал благодарением за сделанный им выговор студентам во время его проезда через Харьков, — не стыдясь при мне сказать, что это подействовало благотворно. Жаль, что аудиенция не длилась еще часа; я бы тогда успел высказать все, — помогло ли бы, нет ли, — по крайней мере с плеч долой".
Но он и так успел высказать довольно.
18 марта 1861 года Пирогов был высочайше уволен с поста попечителя "по расстроенному здоровью".
Герцен писал в "Колоколе": "Отставка Н. И. Пирогова — одно из мерзейших дел России дураков против Руси развивающейся".
Пирогова провожали в отставку торжественными обедами, звучными речами, сочувственными телеграммами. Герцен писал: "Это было свершение великого долга, долга опасного, и потому хвала тому доблестному мужу, который вызвал такие чувства, и хвала тем благородным товарищам его, которые их не утаили".
Было у Пирогова на случай отступления приобретено стараниями практичной Александры Антоновны небольшое имение под Винницей с прелестным названием — Вишня.
Господский дом поставлен на холме. С холма видны убегающие вдаль поля, прорезанные узкой речкой с тем же именем — Вишня, неширокий длинный пруд у подножия. В пруду покачиваются перевернутые сады и хаты деревни Людвиговки, стоящей на противоположном берегу. Предчувствуя скорую отставку, Александра Антоновна загодя обживала понемногу новый дом; сам Николай Иванович тоже туда наведывался — первым делом устроил маленькую домашнюю лабораторию для исследования химического состава почвы — глядишь, выгонят, придется заделаться помещиком, растить хлеб.
Отслушав тосты и речи, Пирогов, привыкший думать и действовать на благо всей России, двинулся из Киева в сельцо Вишню. Тарантас с трудом пробивался в людском море. Следом тянулся длинный кортеж экипажей. На седьмой версте от Киева пироговский тарантас снова уперся в толпу. Снова речи, приветственные выкрики, слова прощания и надежды на скорое возвращение Николая Ивановича к великим делам, которых ждет от него Россия. Потом толпа стала редеть, сопровождающие экипажи понемногу отставать. Еще три-четыре версты, и он уже ехал один среди черных полей, с которых кое-где, белея в низинках, еще не сошел снег; в эти часы жизни у него не оставалось ничего, кроме самой жизни, которую он не умел не заполнять делом…