Насколько в общем просты органы пищеварения, настолько разнообразно может быть их развитие, если иметь в виду вооружение рта зубами. Нет почти ни одной между многочисленными костями ротовой и глоточной полости, которая не могла быть усажена зубами. Конечно, некоторые рыбы совершенно не имеют зубов, другие имеют их только на определенных костях, но некоторые имеют зубы на всех костях, могущих их носить. Обыкновенно различают две сходно расположенные дуги зубов на своде нёба. Одна из них принадлежит межчелюстным костям, другая — нёбной кости и сошнику. Нижняя же челюсть и подъязычная кость образуют только одну дугу зубов. Дальше сзади зубов обыкновенно очень много, так как все жаберные дуги и верхние и нижние глоточные кости усажены зубами. Несмотря на необычайное разнообразие, мы можем различать два рода зубов: клыкообразные, служащие для схватывания, и плоские, служащие для перетирания. Первые имеют обыкновенно форму острого крючка, кзади несколько загнутого, впереди же с более или менее острыми краями. Они могут получить более разнообразную форму вследствие того, что кончик делается долотообразным или появляются на зубе еще мелкие зубчики и крючочки. Зубы расположены большей частью в один ряд, и притом так, что прикрыты обеими челюстями, а промежутки между ними заполнены большим количеством более мелких зубов. Когда они тоньше и мельче, тогда еще более густо расположены и образуют тесные группы. Они получают даже такую подвижность, какая свойственна только зубам ядовитых змей: именно при закрытии пасти они могут загибаться в полость рта. По своему положению и силе различаются: длинные и толстые — гребенчатые зубы, короткие и толстые — рашпилевые зубы, тонкие и длинные — щетинообразные зубы, очень тонкие — бархатистые зубы. В сравнении с ними перетирающие зубы имеют плоскую высокую коронку и иногда принимают форму усеченного конуса. Но и они построены и расположены очень разнообразно: иногда они велики и стоят по одиночке, иногда же малы и сдвинуты, как камни мостовой. Часто они построены так, что представляют, подобно клюву птицы или черепахи, спереди режущий край, а дальше назад образуют горизонтальную поверхность, служащую для раздробления. У некоторых рыб зубы состоят из роговой массы, у других — из известковой, прозрачной и покрытой обыкновенно стекловидной хрупкой эмалью. Между этими двумя составными частями часто замечается еще слой более мягкого цемента. Зуб образует полый конус, внутренняя осевая полость которого занята конусовидной зубной мякотью. Складчатые зубы по своему устройству более сложны, так как у них зубная масса расположена вокруг простой срединной полости в виде разнообразных складок. Некоторые рыбы имеют еще зубы со срединными трубками в виде сетки, и в таких зубах мы вовсе не находим полости, но сосуды и нервы из зубной мякоти пронизывают массу зуба по всем направлениям. Наконец, встречаются еще сложные зубы: отдельные полые цилиндры, то по одиночке, то из общей сосудистой сети, подымаются вверх и соединяются между собой посредством цемента в одну общую массу. У зубов рыб никогда не бывает настоящего корня. Часто они сидят только на слизистой оболочке рта, обыкновенно же они погружены в утолщенную слизистую оболочку и прикреплены к челюсти многочисленными соединительно-тканными волокнами. Развитие зубов, по-видимому, продолжается у всех рыб в течение всей жизни.
Пищеварительный канал состоит из трех отделов: передней кишки, состоящей из глотки, пищевода и желудка, средней, или тонкой, кишки и заднепроходной, или толстой, кишки. Глотка, иногда воронкообразно расширенная, обыкновенно покрыта, подобно желудку, продольными складками и незаметно переходит в желудок, так что нельзя заметить определенной границы. Желудок же довольно резко разделяется на глоточный и привратниковый отделы. На отличающемся крючкообразным изгибом месте находится часто более или менее значительный слепой мешок, а на конце пилорического отдела — кожистый клапан и сильное мускулистое вздутие, служащее для закрывания его. Непосредственно за привратниковым отделом замечают придатки, похожие на слепую кишку, — так называемые пилорические отростки. Число последних от одного может подыматься до 60 и более. Эти слепые отростки обыкновенно представляют собой отдельные трубки, но иногда они так разветвляются, что производят скорее впечатление железы. Они, очевидно, соответствуют поджелудочной железе, которая встречается у некоторых костистых и у поперечноротых хрящевых рыб. Передняя половина заднепроходной кишки имеет у многих рыб спирально извитой клапан. Селезенка и печень всегда существуют; за немногими исключениями, мы также всегда находим и желчный пузырь. Важными выделительными органами являются преимущественно почки, из которых выходят мочеточники; разветвленные большей частью древовидно, они соединяются на заднем конце брюшной полости и вслед за тем расширяются в мочевой пузырь. Выводной проток последнего открывается позади заднепроходного отверстия, на сосочке, или же в заднепроходную кишку.