Половые органы всегда построены по одному основному плану, и у самцов и самок рыб они так сходны, что часто их возможно отличить лишь при внимательном исследовании. Яичники и семенники лежат в брюшной полости, непосредственно под почками и над извилинами кишки. Но их не всегда можно отыскать с одинаковою легкостью, так как они к периоду размножения необычайно раздуваются, а после этого периода снова утончаются. У некоторых рыб, например у круглоротых, угрей и лососей, яичник состоит то из одной срединной, то из двух боковых кожистых пластинок и не связан ни с каким выводным протоком, а совершенно окутан брюшиной. Зрелые яйца прорывают стенки яичника, падают в брюшную полость и из нее выбрасываются наружу посредством одного срединного или двух боковых щелевидных отверстий. У круглоротых и угрей семенники также не имеют выводного протока, а у лососей он существует. У большинства же рыб яичник устроен иначе, чем у вышеприведенных. Он образует мешок, на внутренней поверхности которого находятся то складки, то разнообразные наросты, в которых развиваются яйца, так что последние, созревши, падают при разрыве в полость яичника. Яичник непосредственно продолжается в яйцеводе, который соединяется с яйцеводом другой стороны. Яйцевод открывается наружу непосредственно позади заднепроходного отверстия и сосочка, расположенного между этим отверстием и мочевым. У некоторых костистых рыб, которые рождают живых детенышей, задний конец яйцевода расширен для воспринятия развивающихся яиц. У многих твердочешуйных рыб яичник образует обособленную массу, яйцевод же, обыкновенно длинный и извитой, имеет с каждой стороны широкое, трубкообразное отверстие в брюшную полость. В эту полость попадают яйца и выходят через яйцеводы наружу. У поперечноротых рыб парный или непарный яичник не стоит ни в какой непосредственной связи с парным яйцеводом. В каждом яйцеводе находится толстая, ясно развитая железа, которая, без сомнения, выделяет оболочку для яиц. Дальше книзу каждый яйцевод, расширяясь, образует матку, в которой молодь развивается и которая обыкновенно открывается в заднепроходную кишку. Семенники (молоки) у большинства костистых рыб представляют собой кожистые мешки, пронизанные разнообразными каналами. Наружное отверстие для обоих семяводов общее. У поперечноротых рыб мужские половые органы усложняются тем, что у них живчики развиваются не в разветвленных каналах, как у других рыб, а в маленьких, обособленных пузырьках, образующих придаточный семенник, из которого семявод открывается в клоаку. У них существуют настоящие органы совокупления в виде двух длинных сосковидных хрящевых придатков, помещающихся на внутренней стороне брюшных плавников.
Только в классе рыб мы встречаем электрические органы, состоящие из студенистых столбиков, замкнутых в кожистые, богатые сосудами стенки и разделенные многочисленными кожистыми перегородками на множество маленьких камер. На перегородках этих столбиков находятся в виде сплетений чрезвычайно тонкие нервы. Электрический угорь Южной Америки, африканский электрический сом и электрические скаты обладают весьма совершенными электрическими органами и могут произвольно освобождать собранный запас электрической силы и, следовательно, производить для своей защиты сильные удары. Конечно, истраченный при этом запас электричества более или менее быстро восстанавливается.
Другие рыбы защищены шипами или панцирем; некоторые даже обладают ядовитым оружием, которое может быть опасным и для человека. «Ядовые органы, — говорит Гюнтер, — встречаются в классе рыб чаще, чем прежде думали, но, по-видимому, они имеют значение исключительно оборонительного оружия, а не вспомогательных средств для добывания пищи, как у ядовитых змей. Подобные органы встречаются у колючих скатов, хвост которых вооружен одним или несколькими сильными шипами, снабженными крючками. Хотя у них нет никакой заметной, ядоотделяющей железы и никакого канала в средине или около шипа, по которому могла бы течь ядовитая жидкость, тем не менее действие, производимое поранением от шипа ската, таково, что не может быть объяснено простым механическим разрывом мяса. Боль очень сильна, и следующие за ней воспаление и опухоль уязвленной части нередко переходят в гангрену. Очевидно, слизь, выделенная поверхностью рыбы и привитая с помощью зазубренного шипа, обладает ядовитыми свойствами. То же самое встречаем у многих скорпеновых и у пражны дракона, причем спинные шипы и шипы жаберных крышек производят такое же действие, как хвостовые шипы скатов. У большого дракончика шипы глубоко изборождены и борозды наполнены жидкой слизью. У бородавчаток Synanceia ядовитый орган еще более развит: каждый спинной шип имеет в своей концевой половине с каждой стороны по глубокой борозде, на нижнем конце которой лежит грушевидный мешок, содержащий млечную ядовитую жидкость; этот мешок продолжается в кожистый проток, лежащий в борозде шипа и открывающийся на верхушке его. Туземные рыбаки, хорошо знающие опасное свойство этих рыб, тщательно остерегаются брать их в руки; но часто случается, что идущие по морю вброд босиком наступают на рыбу, спрятавшуюся в песке. Один или несколько торчащих шипов прорывают кожу, и яд входит в рану благодаря нажатию ногой на ядовитые мешки.