К XVI веку бояре, сыгравшие позитивную роль при объединении русских земель в XIV–XV столетиях, утратили лидирующие позиции в политическом процессе, оказались неспособными отвечать вызовам времени и ответственно решать стоящие перед обществом и государством задачи. По сути, он стали тормозом цивилизационного процесса, оказавшись в рядах противников сильной государственной власти. Одной из ключевых причин была укоренившаяся к тому времени система местнических порядков, с помощью которой боярская аристократия старалась оградить свои привилегии. В соответствии с этими порядками служебные назначения определялись не пригодностью и опытностью человека, а его «отечеством» (знатностью) и положением родни (отца, деда и прочих «сродников»). Местничество разобщало знать на соперничавшие кланы и вместе с тем закрепляло за узким кругом знатнейших семей исключительное право на замещение высших постов. Знать ревниво оберегала традиции. Местнические порядки прочно закрывали дворянам путь в органы государственной власти и управления, к высшим государственным постам. Дворянство не желало мириться с таким положением дел и требовало привести систему управления в соответствие с новыми историческими условиями.
Исключительное влияние на развитие монархии в XVI века оказали перемены в структуре господствующего сословия. Старое боярство периода раздробленности, не расчлененное на чины, уступило место дворянскому служилому сословию. Перемены ранее всего сказались на войске. Объединения княжеских и боярских дружин уступили место единому поместному ополчению. В рядах дворянского ополчения насчитывалось несколько десятков тысяч средних и мелких землевладельцев. Значение дворянской прослойки настолько возросло, что с ее требованиями должна была считаться любая боярская группировка, стоявшая у кормила власти. По временам доверенные лица великого князя из числа детей боярских получали думный чин и входили в состав Боярской думы. Однако в целом влияние дворянства на дела управления совершенно не соответствовало его удельному весу. Боярская дума представляла почти исключительно одну только знать.
На протяжении XVI века верховная власть России была вынуждена вести двоякую политику по отношению к земельным собственникам: вотчинникам и помещикам – поддерживая одних и подавляя других. В этой сложной борьбе центральная власть нашла опору в наиболее прогрессивной части населения того времени – служилых дворянах, которые поддерживали великих князей и царей, поскольку им экономически и политически была выгодна сильная государственная власть. Они надеялись расширить свои угодья за счет опальных бояр Пскова, Новгорода, Твери, а также получить права, уравнивавшие их с древними боярскими фамилиями.
Высказываются разные мнения по поводу причин утраты боярским сословием политической инициативы. Многие историки, считают, что боярство утратило свои позиции по причине усиления верховной власти, и приобретения ей черт абсолютизма. В период правления Дмитрия Ивановича Донского бояре все как один встали на защиту интересов Московской державы, оберегая своего государя, и продолжая политику его предков. В ту пору князь не мог не считаться с мнением Боярской думы и поступать вразрез с убеждениями своих советников – всех сплачивало служение одному великому общему делу. В XVI веке взаимоотношения государя-самодержца и его бояр приобретают иной характер. Уже Иван III в ответ на возражение боярина против его мнения кричал: «Пошел вон, холоп! Ты мне более не надобен!». А при Василии III бояре и вовсе уже не дерзают перечить своему самодержцу, который сознает свое происхождение от автократоров Палеологов. Исходя из того, что государь изволил гневаться на своих бояр, делается весьма странный и не обоснованный вывод, о том, что бояре, превратившиеся в холопов высшего ранга, подлинно по-рабски ненавидят своего господина и не радеют о его деле, собственности, хозяйстве – то есть о Русском государстве. Бояре превращаются в рабов, прежде всего, не своего государя, а своего материального богатства, они не радеют государеву делу не потому, что по-рабски унижены верховным правителем, а потому, что их ведущим интересом становится стяжательство, а не государева служба. Они страшатся не государя, а боятся потерять свои привилегии, свои вотчины, свое богатство.
Царь Иван IV усмотрел опасность для полноты своей царской власти в той политической силе, при помощи которой традиция заставляла его управлять государством, именно – в родовитом боярстве. Монархия в лице Ивана IV предпочла опираться на служилое дворянство и разночинцев незнатного происхождения, чем примириться с претензиями землевладельческой аристократии. Родовитое боярство, как это пытался представить в своих писаниях Курбский, совсем не замышляло узурпировать власть, оно признавало самодержавие царя, и для себя требовало только права совета. Но Грозный царь ему не поверил. Он не доверял боярству, видя в богатых боярских кланах угрозу верховной власти и целостности единого Русского государства.