Но уже в 1499 году Иван III поставил Василия Ивановича великим князем Новгорода и Пскова, а в 1502 году Дмитрий вместе со своей матерью Еленой, дочерью молдавского господаря, недавней единомышленницей великого князя по терпимому отношению к еретикам, были «пойманы» и отправлены в заточение. Василий Иванович стал великим князем Владимира и Москвы вместе с отцом.
В правление Василия III фактически завершается объединение великорусских земель и превращение Московского княжества в национальное государство. Территория Московского княжества за счет продолжения объединения русских земель вокруг Москвы увеличилась в шесть раз по сравнению со временем княжения его отца. К Москве были присоединены Псков (1510), великое княжество Рязанское (1517), княжество Стародубское и Новгород-Северское (1517–1523), а также Смоленск (1514). Московская Русь, о которой во времена татарщины на Запад доходили лишь смутные, полуфантастические слухи, становится самым обширным государством в Европе и стремительно выходит на мировую арену. Налаживаются дипломатические связи между Русью и другими странами, завязываются сношения с императором германским, папой римским, с венгерским и датским королями, венецианским дожем, турецким султаном и шахом персидским. Московские великие князья, преисполненные гордости за свою страну, не без надменности взирают на европейских правителей. Так, когда германский император предложил Василию III королевский титул, тот отверг предложение, заявив: «Мы, Божиею милостью, государь в своей земле изначала. От первых своих прародителей поставлены от Бога, … а поставления ни от кого не хотели и теперь не хотим!»
Особенно отчетливо устремления боярских родовых кланов к олигархической форме правления проявляются после перехода власти в руки малолетнего Ивана IV (1530–1584), когда начинается череда боярских правлений. В историографии этот период часто рассматривается как едва ли не попытку возвращения ко временам удельно-вотчинного раздробления. Великий князь Василий III рассчитывал сохранить сложившийся порядок вещей, учредив при Иване IV, в силу его малолетства, особый опекунский (регентский) совет, получивший название «седьмочисленной думы». Опеку над великой княгиней Еленой Глинской и сыном он поручил своим ближайшим помощникам, в числе которых были младший брат Василия III удельный князь Андрей Иванович Старицкий, и самые влиятельные члены Боярской думы – князья Василий и Иван Шуйские, Михаил Глинский, бояре Михаил Юрьев, Михаил Тучков и Михаил Воронцов. После смерти Василия III бразды правления перешли в руки назначенных им опекунов, что вызвало зависть и недовольство других членов думы. Князь Василий III, разделив Боярскую думу на две части, тем самым противопоставил «седьмочисленную думу» прочей думе, что, по его мнению, должно было ограничить ее влияние на дела государственного управления. Со временем семибоярщина выродилась в орган боярской олигархии. Но в момент своего учреждения она была сконструирована как правительственная комиссия, призванная предотвратить ослабление центральной власти. Избранные советники должны были управлять страной и опекать великокняжескую семью в течение двенадцати лет, пока наследник не достигнет совершеннолетия. Однако «седьмочисленный» опекунский совет, который, по существу, был одной из комиссий Боярской думы, управлял страной всего несколько месяцев, после чего его власть стала стремительно рушиться.
Передача власти в руки опекунов вызвала недовольство Боярской думы. Между душеприказчиками Василия III и руководителями думы сложились напряженные и, более того, враждебные отношения. Польские агенты изобразили положение дел в Москве после кончины Василия III: «Бояре там едва не режут друг друга ножами; источник распрей – то обстоятельство, что всеми делами заправляют лица, назначенные великим князем; главные бояре – князья Бельский и Овчина – старше опекунов по положению, но ничего не решают».
В результате сложившегося противостояния боярских группировок летом 1534 года был арестован и посажен в тюрьму дядя княгини Елены, М.Л. Глинский, где его уморили голодом. М.С. Воронцова отправили в Новгород, наделив почетным титулом главного воеводы и наместника новгородского. Самый влиятельный из членов опекунского совета М. Юрьев, подвергся аресту еще до того, как взят был под стражу М. Глинский. После недолгого тюремного заключения его освободили и оставили в столице. М. Юрьев заседал в Боярской думе даже после того, как его двоюродный брат бежал в Литву. Андрей Старицкий, младший брат Василия III, который владел обширным удельным княжеством и располагал внушительной военной силой, после крушения семибоярщины укрылся в своей удельной столице – городе Старице. Однако сторонники княгини Елены не оставили его в покое. Князю было велено подписать «проклятую» грамоту о верной службе правительнице. Князь Андрей не решился биться с Иваном Овчиной и, положившись на его клятву, прибыл в Москву, чтобы испросить прощение у невестки. Как только удельный князь явился в Москву, его схватили и «посадили в заточенье на смерть». На узника надели некое подобие железной маски – тяжелую «шляпу железную» и за полгода уморили в тюрьме.