Боярская дума как учреждение окончательно сформировалась в конце XV века при Иване III. При его малолетнем внуке «боярский синклит» стал выполнять функции высшего органа государственной власти впервые в полном объеме. Борьба за власть в период боярского правления сосредоточилась на вопросе, кто будет осуществлять руководство думой. Главными соперниками были Бельские и Шуйские.
После смерти княгини Елены вспыхнул раздор между «принцами крови» (так Шуйских называли иностранцы) и старыми советниками Василия III – боярами Юрьевым, Тучковым и думными дьяками, который привел к конфликту и смуте в правящих кругах. Князья Шуйские – суздальская ветвь Рюриковичей, самые родовитые из Мономахова колена, будучи членами одной из самых аристократических русских фамилий, не пожелали делить власть с теми, кто приобрел влияние благодаря личному расположению Василия III. Вскоре после кончины великой княгини они захватили ближнего дьяка Федора Мишурина и предали его казни. Шуйские же довершили разгром семибоярщины, начатый княгиней Еленой. Боярина и регента Тучкова отправили в ссылку в деревню. Его двоюродный племянник Юрьев прожил менее года после описанных событий. Ближайший союзник Тучкова в думе боярин Иван Бельский подвергся аресту и попал в тюрьму. Торжество Шуйских довершено было низложением митрополита Даниила, сподвижника Василия III. Расправившись со своими противниками, Василий Шуйский присвоил себе стародавний титул боярина «наместника на Москве». Победа Шуйских была полной, но кратковременной. Старый князь Василий умер в самый разгар затеянной им смуты. Он пережил Мишурина на несколько недель. Младший брат Иван Шуйский не обладал ни авторитетом, ни опытностью старшего брата. В конце концов, он рассорился с остальными боярами и перестал ездить ко двору. Противники Шуйских воспользовались этим, выхлопотали прощение Ивану Бельскому и вернули его в столицу, а Ивана Шуйского послали во Владимир с полками. Однако думские бояре опасались усиления боярина Бельского, и по решению думы его арестовали, и посадили под арест на Казенном дворе. В этом же 1542 году дума решила вызвать из Владимира бояр Ивана и Андрея Шуйских и боярина Ивана Большого Шереметева. По прибытии которых в Москве произошел, так называемый, боярский «мятеж Шуйских», во время которого «государя в страховании учиниша». Царь Иван впоследствии дополнил летописный рассказ. При аресте митрополита бояре «с шумом» приходили к государю в постельные хоромы. Мальчика разбудили «не по времени» – за три часа до света – и петь «у крестов» заставили. Малолетний Иван даже не подозревал, что на его глазах произошел переворот. Позже в письме к Курбскому царь не вспомнил о своем мнимом «страховании» ни разу, а о низложении митрополита упомянул мимоходом и с полным равнодушием: «да и митрополита Иоасафа с великим бесчестием с митрополии согнаша». Как видно, царь попросту забыл сцену, будто бы испугавшую его на всю жизнь. Можно полагать, что непосредственные ребяческие впечатления, по крайней мере лет до 12, не давали Ивану Васильевичу никаких серьезных оснований для обвинения бояр в непочтительном к нему отношении. В результате переворота Иван Шуйский вернул себе власть. С помощью своих сторонников в думе он низложил митрополита Иоасафа. По решению Боярской думы Иван Бельский был отправлен в ссылку, а затем возвращен в столицу, когда всевластие Шуйских вызвало недовольство бояр. Бельскому не удалось сохранить поддержку думы, и он был вторично арестован «советом боярским» и отправлен в тюрьму на Белоозеро. Вслед за тем его тайно умертвили, что было уже вопиющим произволом.
Когда князь Иван, последний из душеприказчиков Василия III, умер, во главе клана Шуйских стал князь Андрей Шуйский. Один из «ласкателей» подучил великого князя казнить Андрея Шуйского. Иван IV сам подтвердил свою причастность к убийству князя Андрея. Но ответственность за эту расправу лежала все же не на нем. Осведомленный летописец записал, что Шуйского убили псари «повелением боярским». Псари набросились на боярина возле дворца у Курятных ворот. Убитый лежал наг в воротах два часа. «От тех мест, – записал летописец, – начали боляре от государя страх имети и послушание».
Едва Иван IV достиг совершеннолетия, участились его столкновения с думой. Юный великий князь предпринимал энергичные попытки избавиться от боярской опеки. Осенью 1545 года государь велел урезать язык Афанасию Бутурлину «за его вину, за невежливые слова». Дума выразила неудовольствие. В ответ князь объявил опалу именитым боярам «за их неправду, на князя Ивана Кубенского и на князя Петра, на Шуйского, и на князя Александра Горбатого, и на Федора на Воронцова, и на князя на Дмитрия Палецкого». В конце концов, конфликт был улажен благодаря вмешательству митрополита Макария. В декабре опала с бояр была снята.