Чтобы убедиться в правильности своих предположений, Бхактивинода Тхакур изучил древние рукописи «Чайтанья-бхагаваты», «Бхакти-ратнакары», «Навадвипа-парикрама-паддхати», а также старинные карты. На одной из карт второй половины XVIII века Бхактивинода Тхакур обнаружил название «Шри Майяпур» на том самом месте, которое позднее стали называть Баллалдигхи. Работая с картами и расспрашивая местное население, он узнал много интересного. Например, он выяснил, что город Навадвипа на западном берегу Ганги насчитывал к тому времени не более ста лет. В Навадвипе Тхакур встречал тех, кто еще помнил, как в юности они переехали в новый город из Баллалдигхи. А некоторые старожилы по привычке продолжали называть Баллалдигхи Майяпуром. Кроме того, Тхакур прочитал, что Господь Чайтанья явился на восточном берегу Ганги, а посему современная Навадвипа не может быть местом Его явления. Наконец, в «Бхакти-ратнакаре» он нашел стих, который окончательно рассеял его сомнения: «В центре Навадвипы есть место, называемое Майяпуром. Там родился Верховный Господь Гаурачандра».
Так, подобно Рупе и Санатане Госвами, которые нашли забытые места игр Кришны во Вриндаване, Бхактивинода Тхакур обнаружил забытое место явления Гауранги в Навадвипе. Это выдающееся открытие, сделанное в начале 1888 года, стало эпохальным событием в истории гаудия-вайшнавизма, поскольку точное место явления Шри Чайтаньи Махапрабху до этого не было известно. Некоторое время спустя, желая еще раз удостовериться в том, что Господь Чайтанья родился именно в Баллалдигхи, Бхактивинода Тхакур пригласил гуда Джаганнатху даса Бабаджи. Бабаджи, которому в то время было более ста двадцати лет, настолько ослаб, что не мог самостоятельно ходить, поэтому один из учеников носил его на спине в корзине. Глаза у Бабаджи не открывались, и если ему требовалось посмотреть куда-то, он поднимал веки руками. Оказавшись на месте, которое обнаружил Бхактивинода Тхакур, Бабаджи вдруг выпрыгнул из корзины и стал в восторге кричать: эй то нимай-джанма-бхуми – «Воистину, Господь Нимай родился здесь!» Таким образом, достоверность сделанного Тхакуром открытия подтвердилась как с исторической, так и с духовной точки зрения. Оно положило начало дальнейшим исследованиям, в результате которых были обнаружены многие другие места, связанные с Господом Чайтаньей. Бхактивинода Тхакур описал их в книге «Шри Навадвипа-дхама-махатмья», изданной в 1890 году.
В Кришнанагаре у Бхактивиноды Тхакура начался сильный тонзиллит. Тхакур получил двухмесячный отпуск и за это время приобрел дом в Сурабхи-кунд-же, где впоследствии писал свои книги и часами напролет совершал бхаджан. Затем вместе с женой и детьми Бхактивинода Тхакур на экипаже отправился в Улу. Побывав в доме, где прошло его детство, Шрила Бхактивинода навестил мистера Эдгара, который в свое время помог ему получить перевод в Кришнанагар. Тхакур попросил его о назначении в другой город, где бы он мог поправить здоровье. В 1889 году Шрилу Бхактивиноду перевели сначала в Нетракону, затем в Тангаил, а оттуда в Бурдван. Там Тхакур написал сборник из тринадцати песен под названием «Шока-шатана». Эти и другие песни собственного сочинения он пел вместе с друзьями. В 1890 году Бхактивинода Тхакур издал произведение об абсолютной истине под названием «Амная-сутра», а также первую часть «Шри Навадвипа-дхама-махатмьи», в которой рассказывается о путешествии Господа Нитьянанды и Дживы Госвами по Навадвипе. Эта книга называлась «Парикрама-кханда». Вскоре вышла и вторая часть, «Прамана-кханда». В ней в пяти главах приводятся стихи из ведических писаний, прославляющие святую землю Навадвипы.
В августе 1891 года Бхактивинода Тхакур получил двухгодичный отпуск, который он намеревался использовать для проповеди славы святого имени. Штаб-квартирой Тхакура в этот период была Годрумадвипа, которую он называл Нама-хаттой, «рынком святого имени». В проповеди Тхакуру помогал его закадычный друг Рамсевак Чхаттопадхьяя Бхактибхринга, а также Ситанатха дас Махапатра и Ситал Бхритья. Вместе они ездили по городам и селам, выступали с лекциями и вдохновляли людей принять