Тем временем в одной из окрестных деревень произошло еще одно происшествие.
Один брахман из Койята, вернувшись домой из паломничества в Джаганнатха Пури, обнаружил, что у него украли быка. Решив, что его съели мясники-мусульмане, брахман потребовал от них объяснений. Мусульмане ответили: "Подумаешь, бык! В базарный день мы на глазах у всех заколем пять коров, и ни один индус не посмеет нам помешать!" Разгневанный брахман рассказал об этом всем своим знакомым и написал жалобы нескольким влиятельным людям. В базарный день почти четыре тысячи окрестных индусов, вооруженных камнями и саблями, окружили дом одного из мясников, но ему удалось бежать. Индусы подняли шум, но, не обнаружив мясника, разошлись. Во второй половине дня толпа мусульман, вооруженных винтовками и саблями, напала на индусов и ранила несколько человек. После того как пострадавших доставили в больницу, на место происшествия прибыли полицейские, однако они ничего не стали предпринимать. Беспорядки устроили мусульмане, но поскольку спровоцировали конфликт не они, а индусы, их и признали виновными. Выслушав показания сторон, я осудил нескольких индусов и мусульман на два года тюрьмы. Последние попытались обжаловать мое решение в верховном суде, однако оно осталось в силе».
В октябре 1894 года в возрасте пятидесяти шести лет Тхакур, несмотря на уговоры чиновников и родных, подал в отставку. Он придавал проповеди святого имени большую важность и считал государственную службу помехой своей миссии. Удалившись от дел, Тхакур переехал в Сурабхи-кунджу в Годрумадвипе, чтобы полностью посвятить себя проповеди, повторению святого имени и литературному творчеству. Он пересмотрел многие из написанных ранее произведений, совершенствуя и дорабатывая их. Мирские обязанности больше не отвлекали его.
6 декабря 1894 года газета «Амрита Базар Патрика» поместила заметку о том, как Шрила Бхактивинода по поручению Общества по восстановлению и развитию старой Навадвипы собирал пожертвования на храм Господа Чайтаньи в Майяпуре.
«Кедаранатха Датта, помощник мирового судьи, недавно вышедший в отставку, является одним из наиболее активных членов Общества. Уполномоченный своим комитетом собирать пожертвования в Калькутте и других местах, он готов ходить от дома к дому, прося каждого индуса подать хотя бы рупию на эту благородную цель. Если Кедаранатха Датта не откажется от своего намерения ходить по домам с сумой в руке, то мы уверены, что каждый уважающий себя индус, которого почтит своим посещением такой благочестивый бхакта, обязательно внесет свою лепту, какой бы скромной она ни была, в фонд храма Гауры-Вишнуприи». И действительно, преследуя свою благородную цел!.. Бхактивинода Тхакур посетил многие дома. Он шел даже к тем, к кому раньше никогда бы не обратился. Его усилия не пропали даром, и вскоре было собрано достаточно средств для возведения храма в Майяпуре. При рытье котлована рабочие обнаружили Божество Адхокшаджи (Вишну). Обратившись к писаниям гаудия-вайшнавов, Тхакур обнаружил, что этому Божеству поклонялся сам Джаганнатха Мишра, отец Чайтаньи Махапрабху! Так истинность открытого Бхактивинодой Тхакуром места рождения Господа Чайтаньи получила еще одно подтверждение, на этот раз археологическое.
21 марта 1895 года в Гаура-пурниму, день явления Чайтаньи Махапрабху, Бхактивинода Тхакур пышно отпраздновал открытие нового храма, в котором установили Божества Господа Чайтаньи и Его супруги Шримати Вишнуприи.
«Несметные толпы людей стекались отовсюду, чтобы увидеть грандиозную церемонию установления Божеств. Повсюду разносились звуки киртана, и гости купались в волнах блаженства. Некоторых жителей нынешней Навадвипы очень раздражало то, что обнаружено подлинное местоположение старого города. Они распускали сплетни о почитателях Чайтаньи Махапрабху и осыпали их бранью. Но разве злые языки могут остановить того, кто посвятил лотосным стопам Господа Чайтаньи свою жизнь? Вопреки всем завистникам и недоброжелателям мы воздвигли храм и начали поклоняться там Господу».
С тех пор место рождения Чайтаньи Махапрабху получило официальное признание, и его подлинность и важность стали очевидными для всех. Многие пандиты из Навадвипы, выслушав исчерпывающие доказательства Бхактивиноды Тхакура, наконец, согласились с его точкой зрения. Стараниями Тхакура день явления Господа Чайтаньи вскоре стал самым важным праздником в календаре гаудия-вайшнавов.
В июле 1896 года по приглашению царя Вирачандры Дева, известного своей преданностью Господу Вишну, Бхактивинода Тхакур на четыре дня отправился с проповедью святого имени в горный район Трипуру. Лекции Тхакура, основанные на глубоком философском анализе и изобилующие цитатами из ведических писаний, повергали в изумление придворных пандитов и других просвещенных людей. Многие из них тогда впервые осознали духовную природу святого имени и чистого преданного служения.