В 1900 году по настоянию отца Бхактисиддханта Сарасвати обратился к Гауракишоре дасу Бабаджи за посвящением. Бабаджи отказал, ибо считал Бхактисиддханту Сарасвати великим ученым. Уступая его горячим мольбам, Гауракишора дас Бабаджи ответил: «Надо спросить у Махапрабху. Если Он разрешит, я исполню твое желание». На следующий день Бхактисиддханта Сарасвати снова подошел к нему и спросил: «Каково решение Махапрабху?» Гауракишора дас Бабаджи ответил: «Я забыл спросить Его». Когда Бхактисиддханта Сарасвати пришел в третий раз, Бабаджи Махарадж сказал: «Я спросил. Но не получил никакого распоряжения от Махапрабху». Сердце Бхактисиддханты Сарасвати рвалось на части, и он исполнился решимости покончить с собой, спрыгнув с моста в Гангу. Шрила Гауракишора дас Бабаджи смягчился, велел ему совершить омовение в реке Сарасвати и прийти к нему. При посвящении он дал Бхактисиддханте Сарасвати имя Шри Варшабханави-деви-дайита дас.
Их взаимоотношения поразительно похожи на отношения Нароттама даса Тхакура и Локанатхи Госвами, что показывает, каким огромным желанием и решимостью должен обладать ученик, чтобы получить милость чистого преданного Кришны.
Бхактисиддханта Сарасвати Тхакур провел еще немного времени в Пури, где он открыто выступал против всевозможных искажений учения Господа Чайтаньи. Бхактивинода Тхакур посоветовал ему отправиться в Йогапитху – место рождения Господа Чайтаньи – и заняться там бхаджаном. Так в 1905 году Бхактисиддханта Сарасвати, следуя примеру Харидаса Тхакура, принял великий обет повторения трехсот тысяч (192 кругов) святых имен в день. Он вычислил, что если повторять ежедневно триста тысяч имен, за девять лет он произнесет десять миллиардов святых имен. Он строго следовал своему обету и соблюдал чатурмасью. Спал на голой земле, никогда не пользовался подушкой и постоянно повторял джапу или изучал священные писания. Видя такую отрешенность, его гурудев Гауракишора дас Бабаджи сказал: «Я вижу, как в моем прабху проявляется отрешенность Рупы Рагхунатхи». Он имел обыкновение обращаться к своему ученику «мой прабху».
Когда крыша его бхаджан-кутира прохудилась, то, чтобы не прерывать своей джапы из-за дождя, Бхактисиддханта Сарасвати просто открывал зонтик и продолжал повторять святые имена. Иногда ему приходилось выезжать из Навадвипы, но он всегда строго соблюдал свой обет. В 1906 году он начал принимать учеников.
Путешествуя по всей Индии, Бхактисиддханта Сарасвати очень огорчался, сталкиваясь с ложными учениями разнообразных сект и групп сахаджий. В его сердце разгорался огонь желания широко проповедовать истинную сиддханту в соответствии с наставлениями Шести Госвами Вриндавана и Шри Чайтаньи Махапрабху. Шрила Гауракишора дас Бабаджи, не позволявший никому прикасаться к своим стопам, сам поставил стопы на голову Бхактисиддханты Сарасвати и наказал ему широко проповедовать абсолютную истину, отбросив в сторону все другие занятия. Бхактисиддханта Сарасвати сказал по этому поводу: «Ощутив прикосновение лотосных стоп Шри Гурудева, я утратил сознание внешнего мира. Я не знаю, являлся ли здесь когда-нибудь духовный посланец, столь же великий, как он. Как могут люди этого мира, охваченные страстью и гневом, узнать его?»