27 августа 1938 года Ф. Гальдер был назначен на должность начальника Генерального штаба Сухопутных войск вместо уволенного в отставку генерала Л. Бека с производством в генерал-полковники. (В этот день А. Гитлер стал Верховным Главнокомандующим вооруженными силами Германии.) Он стал первым баварцем и католиком, получившим должность начальника Генерального штаба в германской армии. Это было серьезным отступлением от традиций прусского офицерского корпуса, опиравшегося на протестантизм.
Надежды Бека в 1938 году имели свое основание. Ф. Гальдер разделял убеждения своего шефа и всячески помогал ему. И, став начальником Генерального штаба, Ф. Гальдер не перестал критически относиться к тому, что предлагал фюрер. От своих источников Гитлер знал об этом, но он был вынужден смириться с присутствием Ф. Гальдера исключительно ввиду его высокого профессионализма, который так нужен был фюреру для реализации его агрессивных замыслов.
В 1938 году в ряды оппозиции вступили и некоторые немецкие генералы. Кроме Ф. Гальдера в нее вошли командующий третьим военным округом, включавшим Берлин и прилегающие территории, генерал Эрвин фон Вицлебен, начальник Потсдамского гарнизона генерал Эрих фон Брокдоф-Алефельд и командир танковой дивизии, расположенной в Тюрингии, генерал Эрих Гёпнер. Заговорщики дошли до того, что даже составили план отстранения Гитлера от власти сразу же после того, как он отдаст приказ о нападении на Чехословакию. Но уступничество Гитлеру со стороны Англии и Франции помешало реализации этого плана.
Вынашивая антигитлеровские планы, в то же время Ф. Гальдер как начальник Генерального штаба продолжал работать над планированием военной операции по вторжению в Чехословакию и, по мере того как приближался день «Х», все более увлекался этой работой. Подстегивал и постоянный контроль со стороны фюрера.
9 сентября 1938 года Гитлер вызвал Кейтеля, Браухича и Гальдера в Нюрнберг на совещание, которое началось в 10 часов вечера, а закончилось в 4 часа утра. Это совещание проходило очень бурно. Ф. Гальдер оказался в очень щекотливом положении. Ему, главному заговорщику против Гитлера, приходилось в деталях докладывать фюреру план нападения на Чехословакию. При этом Гитлер постоянно упрекал Гальдера и Браухича в трусости и неспособности руководить подготовкой операции.
Но и после посещения Нюрнберга Гальдер продолжал работу, направленную против агрессивных планов Гитлера. С целью более глубокого изучения обстановки он поручил сотруднику абвера полковнику Остеру постоянно информировать его о политических шагах фюрера и через надежных людей предупредил руководителей Англии и Франции о подготовке вторжения в Чехословакию. Затем он встретился с Шахтом и еще раз детально уточнил план выступления против Гитлера.
Переворот был назначен на 13 сентября 1938 года, сразу же после того, как Гитлер вернется в Берлин с партийного съезда, проходившего в Нюрнберге. Но фюрер, словно почуяв опасность, в Берлин не вернулся, а поехал сначала в Мюнхен, а затем в Берхтенсгаден, где должен был встретиться с британским премьером.
Затем дата путча была перенесена на 28 сентября. Позже в своих показаниях на Нюрнбергском процессе Ф. Гальдер по этому вопросу сообщил следующее: «В полдень 26 сентября ко мне в кабинет зашел Вицлебен. Мы обсуждали положение дел. Он хотел, чтобы я отдал приказ действовать. Мы обсудили, сколько ему понадобится времени и т. д. Во время нашего разговора пришло известие о том, что что британский премьер-министр и французский премьер согласились приехать к Гитлеру для дальнейших переговоров. Тогда я отменил приказ, так как полученные новости лишали наш план всякого смысла…»
Таким образом, политическая победа Гитлера в отношении Чехословакии не только спасла его от свержения генералами, но и сильно повысила авторитет фюрера в глазах германского народа и Вермахта. Была выбита идеологическая почва из-под ног Гальдера и его товарищей-заговорщиков, а сторонники Гитлера получили новые козырные карты в свои руки. В эти дни генерал Йодль в своем дневнике записал: «Фюрер с его гением и целеустремленностью, которую не поколебала даже опасность возникновения мировой войны, опять одержал победу без применения силы. Остается верить, что те, кто не верил в его гений, теперь побеждены навечно».
В 6 часов утра 15 марта немецкие войска вошли на территорию Богемии и Моравии. Им не было оказано сопротивления. К вечеру того же дня Гитлер с триумфом прибыл в Прагу. Чехословакия перестала существовать как самостоятельное государство.