Недооценка роли Генштаба, частые изменения в его организации не могли не отразиться на подготовке страны и ее Вооруженных Сил к отражению агрессии. Негативное влияние на решение этого вопроса в немалой степени оказывала и частая смена начальников Генштаба. В отличие от практики Генеральных штабов зарубежных государств, где пребывание на таком ответственном посту до десяти лет считалось вполне нормальным, целесообразным и даже необходимым явлением, военно-политическое руководство Советского Союза не считало этот вопрос проблемным. С мая 1937 г. по август 1940 г. (более трех лет) Генштаб возглавлял Б. М. Шапошников. Его на этом посту сменил К. А. Мерецков, но уже через пять месяцев на пост начальника Генштаба был назначен Г. К. Жуков. Смена начальников Генштаба, как правило, сопровождалась малообоснованными перемещениями начальников управлений, отделов и их заместителей. Например, с осени 1940 г. и до начала Великой Отечественной войны сменилось четыре начальника ведущего — Оперативного управления Генерального штаба.
Г. К. Жуков в своих мемуарах отмечал: „Ни мои предшественники, ни я не имели случая с исчерпывающей полнотой доложить И. В. Сталину о состоянии обороны страны, о наших военных возможностях и о возможностях нашего потенциального врага. И. В. Сталин лишь изредка и кратко выслушивал наркома или начальника Генерального штаба. Не скрою, нам тогда казалось, что в делах войны, обороны И. В. Сталин знает не меньше, а больше нас, разбирается глубже и видит дальше. Когда же пришлось столкнуться с трудностями войны, мы поняли, что наше мнение по поводу чрезвычайной осведомленности и полководческих качеств И. В. Сталина было ошибочным“{62}. И далее Георгий Константинович добавляет: „Как начальник Генерального штаба, принявший этот пост 1 февраля 1941 г., я ни разу не был информирован И. В. Сталиным о той разведывательной информации, которую он получал лично“{63}.
Советская разведка располагала определенной, но не всей, информацией о подготовке к нападению на СССР. Противник умело скрывал свои приготовления. По указанию Гитлера начальник Генерального штаба Верховного Главнокомандования генерал-фельдмаршал В. Кейтель подписал 15 февраля специальную „Директиву по дезинформации противника“. Чтобы скрыть подготовку к операции по плану „Барбаросса“, отделом разведки и контрразведки штаба были разработаны и осуществлены многочисленные акции по распространению ложных слухов и сведений. Перемещение войск на восток подавалось „в свете величайшего в истории дезинформационного маневра с целью отвлечения внимания от последних приготовлений к вторжению в Англию“. Были напечатаны в массовом количестве топографические материалы по Англии. К войскам прикомандировывались переводчики английского языка. Подготавливалось „оцепление“ некоторых районов на побережье проливов Ла-Манш, Па-де-Кале и в Норвегии. Распространялись сведения о мнимом авиадесантном корпусе. На побережье устанавливались ложные ракетные батареи. В войсках распространялись сведения в двух вариантах: в первом — что они идут на отдых перед вторжением в Англию, во втором — что немецкие соединения будут пропущены через советскую территорию для выступления против Индии. Чтобы подкрепить версию о высадке десанта в Англию, были разработаны специальные операции под кодовыми названиями „Акула“ и „Гарпун“. Пропаганда целиком обрушилась на Англию и прекратила свои обычные выпады против Советского Союза. Как всегда, в работу включились дипломаты. В связи с решением Гитлера расширить масштабы операции „Марита“ (нападение на Грецию) в план операции „Барбаросса“ 7 апреля были внесены изменения, предусматривавшие перенесение ее начала на более поздний срок и завершение всех подготовительных мероприятий приблизительно к 22 июня 1941 г.{64}.
В марте 1941 г. советский военный атташе в Белграде сообщал, что Германия отказалась от атаки английских островов и ближайшей задачей поставлен „захват Украины и Баку, которая должна осуществиться в апреле — мае текущего года“{65}. Начальник Главного разведывательного управления генерал Ф. И. Голиков 20 марта представил И. В. Сталину доклад, в котором излагались варианты возможных направлений ударов войск вермахта при нападении на Советский Союз. Как потом выяснилось, они отражали наметки действий по плану „Барбаросса“, а в одном из вариантов отражена была суть этого плана. Однако выводы, сделанные Голиковым из приведенных в докладе сведений, по существу, обесценивали все их значение и вводили Сталина в заблуждение: