Изменилась и система образования. Конвент упразднил университеты с их многовековой историей – они ведь были учреждениями "старого режима", создавались королями и папами и благодаря автономии от местных светских и духовных властей имели возможность развивать дух свободного мышления, научного поиска. Но Конвент, полагавший себя олицетворением чистого разума и воплощенной рациональности, не мог терпеть какую-либо автономию от себя. Прежде всего – интеллектуальную.
Спекулянтам Директории было не до наук. Зато сместивший их артиллерист, Первый консул Наполеон, ученых ценил высоко. Во время битв с мамелюками размещал их, вместе с ослами, в самом безопасном месте – сердцевине боевого порядка. Ученые ведь были нужны. Химики – для добычи необходимой при производстве черного пороха селитры из земли скотных дворов. Геометры – для картографирования завоеванных земель. Египтологи – для прославления Наполеона, ибо наука эта была заложена в Египетском походе. Могли пригодиться даже астрономы – летом 1812 года из Витебска, из Русского похода, Наполеон писал Лапласу, радея о том, чтобы открытия ученого служили "славе Империи"!
Поэтому на месте университетов Наполеон создал отдельные факультеты. Имя Univercite de France, Французский университет, было присвоено департаменту народного просвещения, в состав которого входили все учебные заведения страны, за исключением нескольких военных и специальных. Выпускники лицеев могли поступить на гражданскую службу чиновниками. Или же, окончив военные или технические высшие школы, стать офицерами, гражданскими чиновниками более высокого ранга. Приобретший преподавательский опыт Ампер в 1801 году занимает кафедру физики в Центральной школе города Бург-ан-Брес. В 1805 году возвращается в Политехническую школу – профессором математики, а затем – математического анализа и механики.
Фейерверк важнейших трудов – электродинамическая теория, давшая Амперу славу "Ньютона электричества", работы по теории вероятностей, приложению вариационного исчисления к задачам механики и ряд исследований по математическому анализу. Мемуар по теории игр. Атомистические этюды. Гипотеза о происхождении Земли. Спор с Кювье (в личной жизни – большим другом) в защиту эволюционистских взглядов Этьена Жоффруа-Сент-Илера.
Но карьера дается нелегко. Мешает клеймо сына "врага народа", хотя к перебежавшим на сторону императора роялистам правительство Наполеона скорее благоволило. Но Ампер был неудобен. Будь он узкий специалист… а он задумывался о главных проблемах современности, что отнюдь не поощрялось императором. Наполеон очень не любил историю, особенно Тацита – слишком уж беспощадно говорил римский историк (сам занимавший консульскую магистратуру) о механизмах власти, неизменных за тысячелетия писанной истории. Не любил Наполеон и политэкономов. И философов. Иммануила Канта ставил в один ряд с мошенником Калиостро. А Ампер размышлял над самыми общими вопросами мироустройства, читал по памяти древние тексты, где упоминались герои античных республик.
Да еще, преподавая в Бурге, в своей вводной лекции по физике, читанной в марте 1802 года, Ампер рассуждал о том, что физика может сделать "для славы и счастья человечества", а отнюдь не для Империи и Наполеона. Естественно, превосходно функционирующее министерство полиции Фуше не могло не зафиксировать акт свободомыслия.
Но постепенно, несмотря на неудобность, скромность и равнодушие к славе, к Амперу приходит заслуженное признание.
Наполеон "додразнил другие народы до дикого отпора, и они стали отчаянно драться за свои рабства и своих господ" (А. И. Герцен. Собр. соч. в 30 тт. М., 1954-65, т.11, с.244). Русские войска берут Париж, возвращая к власти Бурбонов. Главный рабовладелец Российской империи Александр I заставляет Луи XVIII, Louis le Desire, дать французам конституцию. Оживает интеллектуальная жизнь, начинают выходить газеты и журналы, возобновляются выборы. Ампер в 1814 году избирается во Французский институт и становится кавалером ордена очетного легиона.
Деятельность столь яркой фигуры, как Наполеон, повлияла даже на богословие. Вскоре после заключенного в 1803 году конкордата между Наполеоном и Римским престолом католическое духовенство ввело во всех школах Франции обязательный катехизис, в котором говорилось, что 1) "Бог… сделал императора Наполеона орудием своей власти и образом своим на земле" и 2) "Кто противится императору Наполеону, тот противится порядку, установленному самим Господом, и достоин вечного осуждения, а душа противящегося достойна вечной гибели и ада".