Затем был громкий судебный процесс и расстрел Шмидта на пустынном острове Березань. Небезынтересен доклад премьер-министра С. Витте Николаю Второму о психической ненормальности Шмидта: “Мне со всех сторон заявляют, что лейтенант Шмидт, приговоренный к смертной казни, психически больной человек, и что его преступные действия объясняются только его болезнью... Все заявления мне делаются с просьбой доложить о сем вашему императорскому величеству...” На письме резолюция Николая Второго: “У меня нет ни малейшего сомнения в том, что если бы Шмидт был душевнобольным, то это было бы установлено судебной экспертизой”. Но дело в том, что психиатрической экспертизы произведено не было. Ни один из психиатров не согласился ехать в Очаков для освидетельствования Шмидта. Почему? Скорее всего, потому, что за создание мифа о герое взялись эсеры, а с их боевиками шутки были плохи. Живой Шмидт был одесскому комитету теперь не только не нужен, а даже опасен. Зная психическое состояние Шмидта, от него можно было ожидать чего угодно. Шмидт свое дело сделал и теперь должен был уйти. Однако Петр Шмидт все-таки добился своего — о нем заговорил весь мир!
Расстрелом “мученика совести” руководил бывший однокашник Шмидта по Морскому корпусу старший офицер канонерской лодки “Терец” капитан 2-го ранга Ставраки. Понять его в общем-то, видимо, можно... Судебный процесс вызвал много шума среди тогдашних демократов. Пресса вовсю поносила за жестокость официальную власть, а Шмидта объявили совестью нации и буревестником грядущих потрясений. Одновременно эсеры вынесли и свой смертный приговор вице-адмиралу Чухнину. Во время судебного процесса объявилась и недавняя знакомая Шмидта госпожа Ризберг, которая, узнав о происшедшем, немедленно приехала в Очаков из Киева и вела переписку со Шмидтом до последнего дня. Ну а как отнеслась к случившемуся родня Шмидта? Позор произошедшего был настолько велик, что сводный брат Шмидта, герой Порт-Артура, был вынужден сменить фамилию и отныне писался везде как Шмитт. Что касается дяди-адмирала, то старого сенатора известие о содеянном его непутевым племянником полностью парализовало.
Из отчета вице-адмирала Г. Чухнина императору Николаю Второму: “Мятеж подавлен благодаря своевременно принятым мерам, но это далеко не значит, что все уничтожено на корню. Вне сомнений, начнется новая работа тайных партий... Мы победили здесь революцию, за что на наши головы посыпятся проклятья со всех сторон, во всех газетах и устно на всех перекрестках. Но не возвысятся русские голоса в одобрение или поддержку борцов за целостность государства. Все русское общество парализовано, в этом вся опасность. Деятельны и не покладая рук работают для разрушения государства одни инородцы при помощи русских же людей... Русских людей... евреи ведут к междоусобной войне, к самоуничтожению, на чем они хотят устроить свою силу. Все это понимают, но нет величия духа для противодействия. Необходимо открыть карты, чтобы государство знало, куда идет. Надо объявить государство в опасности...” Что и говорить, очень неглупым и очень дальновидным человеком был вице-адмирал Григорий Иванович Чухнин! А такое не прощается. Именно потому дни Чухнина были уже сочтены.
Вскоре произошло первое покушение на Чухнина. Еврейка-террористка пришла к нему на прием, выдавая себя за дочь отставного адмирала, и в упор выстрелила в Чухнина четыре раза из пистолета, но тот успел в последний момент прикрыться рукой. И хотя все пули в него попали, Чухнин чудом остался жив. Второй раз в еще не оправившегося от ранее полученных ран вице-адмирала стреляли несколько месяцев спустя на даче из винтовки. На этот раз обе нанесенные раны оказались смертельными. По свидетельству очевидцев, Чухнин умирал в полном сознании и до последнего дыхания держался очень мужественно. Как командующего флотом, погибшего при исполнении воинского долга, вице-адмирала погребли в знаменитом Владимирском соборе, усыпальнице многих знаменитых адмиралов. Там же во Владимирском соборе в 1909 году, как герой обороны Севастополя, будет похоронен и престарелый адмирал Владимир Петрович Шмидт, так и не оправившийся после позора, доставшего ему благодаря старшему племяннику.