В это время Чижевский в Москве проводит опыты по влиянию ионизированного воздуха на экзотических животных (обезьян, бегемотов, слонов и т. д.) в Практической лаборатории по зоопсихологии в уголке Дурова.
Работам Чижевского в области аэроионизации и гелиобиологии придают большое значение за рубежом. В 20—30-е годы он избирается почетным и действительным членом более 30 академий, институтов, научных обществ Европы, Америки, Азии.
Патент на его изобретение аэроионизатора пытаются купить англичане. Американцы приглашают Чижевского на 8 месяцев для совместной работы в Саранакской лаборатории по лечению туберкулеза и для чтения лекций в университетах США. Конечно, Александр Леонидович мечтает о такой поездке, ведь там ему придется поработать совместно с выдающимися учеными Америки, с которыми он состоял в переписке, они ждут его. Но в очередной раз в поездке за границу ему отказывают.
В эти годы его заслуги в науке получают признание и в СССР. В 1931 году вышло “Постановление Совнаркома СССР о работе проф. А. Л. Чижевского”, его награждают премией Совнаркома СССР и Наркомзема СССР. Одновременно с постановлением учреждается Центральная научно-исследовательская лаборатория ионификации (ЦНИЛИ) с целым рядом филиалов и опытных станций. Директором ее назначается А. Л. Чижевский.
Успехи лаборатории были отражены в четырех томах “Трудов ЦНИЛИ”, из которых два (I и III) увидели свет, а два других (II и IV), бывших уже в наборе, по указанию свыше были рассыпаны. Несмотря на то, что исследования подтвердили благотворное действие аэроионов отрицательного знака на животных и растения, в 1936 году она была закрыта.
Неблаговидную роль в этом сыграл противник теории Чижевского, тогдашний директор Всесоюзного института животноводства Б. М. Завадовский. С момента организации ЦНИЛИ он мешал ее работе, создавал разные комиссии, деятельность которых заканчивалась буквально погромами лаборатории. А. Л. Чижевскому приходилось не столько работать, сколько отбиваться от нападок на деятельность коллектива лаборатории. Он насчитал за шесть лет ее существования семь таких погромов, в результате которых каждый раз работа приостанавливалась на несколько месяцев. Кроме того, Б. М. Завадовский печатает в газете “Правда”, где у него, очевидно, были “свои люди”, статьи, порочащие идею Чижевского, и обвиняет его в лжеучении. В 1935 году в этой газете появилась очередная его статья “Враг под маской ученого”, где Чижевский обвиняется в контрреволюции. Это уже была “галилеева ситуация”.
Только в 1938 году А. Л. Чижевский вновь приглашается на работу в качестве научного руководителя по аэроионификации Дворца Советов. А в сентябре 1939 года в Нью-Йорке состоялся I Международный конгресс по биологической физике и космической биологии, на котором Чижевский избирается Почетным президентом. Он вновь приглашается в Америку, но и на этот раз в поездке за рубеж ему отказывают.
Летом 1941 года Чижевский со своей семьей уезжает в дом отдыха Щелыково. Там и застала его война. Надежды на скорое окончание войны и разгром фашистов не оправдались. Война затягивалась, враг подошел к Москве. Семья Чижевского вместе с артистами Малого театра, с которыми Александр Леонидович дружил и вместе отдыхал, поздней осенью 1941 года эвакуировалась в Челябинск, где над ним снова сгущаются тучи.
На этот раз доносы о его неблагонадежности: “восхваление гитлеровской армии и критические высказывания в адрес научного и политического руководства СССР”. 21 января 1942 года Чижевский был арестован, осужден на 8 лет, которые вначале отбывал в Ивдельлаге Свердловской области, а с 1945 года — в Карлаге, в степях Казахстана.
После освобождения еще 8 лет находился в ссылке в Караганде. Полностью реабилитирован был только в 1962 году.
Но и в условиях заключения он оставался ученым, художником, поэтом. Продолжал свои исследования, писал стихи и картины. Правда, картины и рисунки лагерного периода невелики, выполнены подчас на отработанной бумаге акварелью, гуашью, иногда цветными карандашами, но какая в них сила и красота! Беглыми мазками темперы или гуаши, тонкими слоями светоносной акварели, легкой прописью цветных карандашей он позволяет увидеть в рисунке пространство и движение мира, многообразие связей в природе.
Органическая потребность познавать, отображать мир в стихах и красках помогали ему выстоять в нечеловеческих условиях, в которых он оказался. Не случайно между строк его стихотворения “Гиппократу” появляется такая запись: “5.1.43 г. Холод +5°С в камере, ветер дует насквозь. Жутко дрогнем. Кипятку не дают”.
Стихи и пейзажи, на которых он по памяти изображал любимые им с детства пейзажи, согревали его душу, помогали отвлечься от мрачной действительности. “Ничто так не утешает душу, ничто так не успокаивает, как чарующие взгляд пейзажи родной земли”, — писал Александр Леонидович. Работа его души и мозга продолжалась.
Именно в эти годы он делает новые открытия в области гематологии: исследует электрические и электромагнитные свойства эритроцитов — красных кровяных телец. Он исследует кровь в движении и находит электрические особенности реакции оседания эритроцитов. Впервые в истории медицины, благодаря его исследованиям, кровь предстала как целостная динамическая система. Работы Чижевского по электрогемодинамике открывали новые возможности для постановки более точных диагнозов многих заболеваний и для поисков новых терапевтических методов.
В 1959 году издательством Академии наук СССР был опубликован фундаментальный труд А. Л. Чижевского “Структурный анализ движущейся крови”, а через год (в 1960 г.) в издательстве “Госпланиздат” — еще одна монография “Аэроионификация в народном хозяйстве”.
Вернувшись в 1958 году в Москву, он вновь организует лабораторию ионификации в тресте “Союзсантехника” при Госплане СССР и становится ее научным руководителем. Но судьба не оставляет ему времени для новых дел, хотя в эти годы он работает по усовершенствованию своих аэроионизаторов с целью использования их в кабинах самолетов и космических кораблей, для чего устанавливает связь с Главным конструктором космических кораблей С. П. Королевым и конструктором самолетов О. Г. Антоновым.
Здоровье А. Л. Чижевского с каждым днем становится хуже, последние два года жизни он не работает официально, но ежедневно пишет по 25 страниц, такую норму он определил себе сам. Зная о неизлечимой болезни, спешит написать воспоминания о прадеде Никите Васильевиче Чижевском, прожившем 111 лет, пережившем пять царствований, участвовавшем более чем в ста сражениях, имевшем все ордена, какие полагались по его чинам; а главное — о своем старшем друге и учителе К. Э. Циолковском; приводит в порядок свой научный архив. Помогает ему в этих делах его верный друг и жена Нина Вадимовна. Впервые эти воспоминания, подготовленные Н. В. Чижевской, в сокращенном варианте вышли под заголовком “Вся жизнь” в 1974 году, и только в 1995 году они увидели свет в полном объеме под названием “На берегу Вселенной. Годы дружбы с Циолковским”.
В 1964 году 20 декабря в 8 часов утра А. Л. Чижевского не стало. Похоронен он на Пятницком кладбище в Москве.
Давно уже нет с нами Александра Леонидовича Чижевского, но свет его идей, его прекрасных поэтических произведений еще долго будет служить людям. Человек большой и щедрой души, твердо веривший в победу Солнца над Мраком, Добра над Злом, он оставил нам замечательное духовное наследие, которое учит ценить Прекрасное, любить Жизнь и Человека.
Крупному советскому ученому-физику, организатору науки, человеку неравнодушному к художественному творчеству — Д. И. Блохинцеву принадлежит, пожалуй, наиболее верная оценка масштаба творческой личности А. Л. Чижевского:
“Многие из его акварелей просто прекрасны, другие хороши. Но, быть может, самое главное, о чем говорят эти картины... как и стихи... заключается в том, что они раскрывают перед нами образ истинно великого русского человека в том смысле, в котором он всегда понимался в России.