Все это подтачивает его здоровье, как и смерть одного за другим родных. 5 августа 1861 года он делится с все тем же М. Ф. Раевским своим горем: “Родные мои сестры не выходят из траурных одежд. Три года сряду смерти: 1859 г. — отец, 1860 г. — брат, 1861 г. — сестра! Маменька очень ослабела... Тяжело, болезнь и кончина сестры помешали мне объявить о моей газете, и хоть я не оставляю такого намерения, но трудно, признаюсь, мне теперь отдаваться газете, когда на руках моих вся семья, и все женщины!”.
Но уже через месяц его письма полны заботой о самом главном деле: “Пусть каждый славянин пишет, что имеет сказать в пользу своей народности”. Иван Сергеевич помышляет о развитии славянского экономического учения, он сближается с группой промышленников, в которую входили И. Ф. и Н. Ф. Мамонтовы, А. В. Третьяков, В. А. Конорев, К. Т. Солдатенков, И. В. Щукин. Он горячо интересуется самобытными сторонами промышленности и сельского хозяйства в славянских странах.
“Положение...” от 19 февраля 1861 года его глубоко разочаровало. Он видел в его половинчатости плевелы будущих бед России. Он замышляет газету, которая помогла бы читателям ориентироваться в происходящих событиях. Он называет ее “День”. Разрешая издание газеты, московский цензурный комитет оговаривал: “Главное управление цензуры разрешило дозволить г. Аксакову издавать означенную газету без политического отдела, чтобы московскому цензурному комитету иметь особенное, в цензурном отношении, наблюдение за этим изданием”. В результате этого “особенного” отношения издание газеты то и дело приостанавливалось, в конце концов в 1868 году она вынуждена была прекратить свое существование. Надо сказать, что издание “Дня” с самого начала представляло собой акт отчаяния. И. С. Аксаков издавал “День” на свои небольшие средства, типографии своей не было, выход газеты зависел от многих случайных причин. Была вынуждена прекратить существование, и по тем же причинам, газета “Москва”, которую он редактировал в 1867—1868 годах: “...г. Аксаков, как видно из всей его литературной деятельности, отличается деспотическим упорством в своих мнениях и своей нескрываемой ненавистью к администрации, которую он старается унизить в глазах общества всякий раз, как распоряжения ее не согласуются с его личными и односторонними воззрениями”.
Особое место в биографии И. С. Аксакова занимает его деятельность как основателя, идейного вождя и руководителя Московского славянского благотворительного комитета, во главе которого он стоял более 30 лет. Под его руководством комитет играл ведущую роль в организации и координации других славянских комитетов страны. И. С. Аксаков чувствует себя счастливым, когда в июне 1867 года ему удается собрать в Москве всеславянский съезд. Во время торжественного приема в честь дорогих гостей он поднял чашу за братство между всеми славянами: “Отныне его братство призвано стать не отвлеченною только, абстрактною, как говорят немцы, идеею, не платоническим только бесплодным чувством, а действительным, деятельным, животворящим фактом. Братство! Братья! Как много сказано этими словами. Невольно повторишь слова Хомякова:
О, вспомнишь ли, что это слово “братья”
Всех слов земных дороже и святей?!
Я прибавлю: оно не только святей, но и сильней. О каком братстве говорим? О братстве полсвета!.. Славянское братство не умещается в рамки географических и политических отношений... Но что такое братство? Братство значит любовь и равенство... В братстве нет ни низших, ни высших; братья — это значит все равны. Кто из них лучше и сильнее, на том лежит и больше ответственности. От того, кто много имеет, больше и требуется. Обязанность сильного — помогать слабому. На России лежит великая обязанность. Россия должна осуществить на земле славянское братство и призвать всех братьев к свободе и жизни. Будем же блюсти это наше братство, как наше величайшее богатство, как наше драгоценное сокровище, как завет истории! ... Мы все здесь — рабочие одного общего дела. Дело это — осуществление славянского братства...”.
И. С. Аксаков принимает активное участие в оказании помощи Сербии и Черногории в их освободительной борьбе против Турции. Он помогает переправить через границу генерала М. Г. Черняева, который должен был возглавить сербскую армию и отряды русских добровольцев, организует заем сербскому правительству и сбор средств на нужды борющегося сербского народа. За четыре месяца Московскому комитету удалось собрать около 600 тысяч рублей. И. С. Аксаков писал: “Две трети пожертвований внес наш бедный, обремененный нуждою, простой народ... Пожертвования по общественной лестнице шли в обратной прогрессии: чем выше, чем богаче, тем относительно слабее и скуднее. Наши денежные знаменитости не участвовали вовсе, а если и участвовали, то в самом ничтожном размере во всероссийской народной складчине”.