Альянс между украинскими националистами и руководством УАПЦ был весьма прочным. Однако в итоге это отразилось на отношении немецких властей к УАПЦ. После того как к 1943 году бандеровцы убедились в том, что гитлеровцы не помышляют на деле ни о каком “самостийном” Украинском государстве, сепаратисты стали действовать против немецких оккупационных войск. В таких условиях германские власти Украины вынуждены были отказаться от всемерной поддержки, прежде оказываемой раскольникам-автокефалистам.
Успешное наступление Красной Армии и освобождение Украины от гитлеровцев в 1943-1944 годах положило конец автокефалистскому расколу на канонической территории Русской православной церкви. После бегства “иерархов” УАПЦ за границу на территории Украины не осталось ни одного раскольничьего прихода, все они вошли в юрисдикцию Русской православной церкви.
После Второй мировой войны на территории Западной Украины были созданы православные епархии: Львовско-Тернопольская, Ивано-Франковско-Коломыйская и Ужгородско-Мукачевская. Церковная жизнь в них была весьма оживленной. Хрущевские гонения задели западно-украинские епархии не в такой степени, как другие. Даже после хрущевской волны закрытия храмов на территории СССР в одной только Львовско-Тернопольской епархии, крупнейшей в составе Московского Патриархата, в 1960-1980-х годах насчитывалось почти 2 тысячи приходов, то есть свыше четверти всех общин Русской церкви.
Большинство из них было сосредоточено на западе Украины, которую, как уже было сказано, почти не затронули антицерковные репрессии. Это было связано в первую очередь с тем, что западноукраинские области вошли в состав СССР только в 1939 году, а вскоре началась Великая Отечественная война. Естественно, что советские преобразования начались в Галичине только в послевоенные годы, когда антирелигиозная пропаганда на некоторое время угасла и кампания по закрытию храмов прекратилась. Поэтому церковная жизнь не подверглась в западноукраинских областях столь сокрушительному разгрому, как в России или на востоке Украины в довоенные годы. В немалой степени этому способствовало самоупразднение униатской церкви на Львовском соборе 1946 года.
Появление третьей генерации автокефалистов также было связано со взрывом националистических настроений на Западной Украине и совпало по времени с возрождением униатства. Зачинатели нового раскола часто в те годы объясняли свои действия необходимостью поставить заслон греко-католикам. Идея автокефалии, по их словам, лишала униатство наиболее веского аргумента в его пользу — характера “национальной” украинской церкви. Однако очень скоро стало ясно, что и уния, и автокефалия — это порождение одного и того же явления украинского сепаратизма. Правда, ориентированы они оказались на разные слои населения. И те, кто традиционно воспринимал униатство, имеющее на западе Украины трехвековую историю, как свою национальную религию, и те, кто считал верой отцов православие, в итоге оказались общими заложниками национализма, но никак не догматических, богословских, вероучительных или даже обрядовых споров и несогласий.
В этой связи важно отметить, что программа “Народного Руха” Украины имела специальный религиозный раздел, в котором были слова о необходимости борьбы “за нормализацию правового статуса разрушенных сталинщиной Украинской католической церкви (имелась в виду УГКЦ, называвшаяся так в 1989-1990 годах) и УАПЦ”. Причем перспектива возрождения УАПЦ многим политикам Галичины представлялась еще более заманчивой, чем реанимация унии: можно было ожидать потенциального экспорта автокефалистского раскола на восток Украины, где население традиционно было исключительно православным и униатство заметного отклика найти не могло.
Именно галицийское церковно-сепаратистское движение, тесно связанное с правыми политиками, реанимировало идею автокефалии Православной церкви на Украине 1921 года. Новый раскол начался под своеобразными девизами: “Рим нам не отец, но и Москва не мать” или “Самостийной державе — самостийную церковь”.
В феврале 1989 г. при активной поддержке того же “Руха” в Киеве стал действовать инициативный комитет по восстановлению УАПЦ, подтвердивший преемственную связь с УАПЦ 1921 года и призвавший украинские приходы выходить из юрисдикции Патриарха Московского.
Раскол стал набирать силу только после того, как в августе 1989 года о своем выходе из юрисдикции РПЦ вместе с приходом объявил протоиерей Владимир Ярема, настоятель львовского храма Петра и Павла. Они решили действовать в двух направлениях: искать архиерея-перебежчика среди епископата Русской церкви и одновременно завязывать контакты с эмигрантскими кругами и сохранившейся за границей “церковью”.
Но особого сотрудничества между “двумя ветвями Церкви святого Владимира”, как зачастую украинские националисты именовали УАПЦ и УГКЦ, не получилось. УГКЦ первоначально крайне негативно отнеслась к автокефалистскому расколу, видя в нем конкурента своей монополии на националистическую идею.
Для поднятия своего авторитета раскольникам был крайне необходим архиерей. Без него просто невозможно было создать хотя бы видимость каноничности и расширять свои ряды. В итоге такой архиерей-ренегат был найден в лице бывшего епископа Житомирского и Овручского Иоанна (Боднарчука), который был весьма обижен на Московский Патриархат. Это обусловило его согласие примкнуть к расколу.
В ноябре Боднарчук телеграммой объявил о своем выходе из состава епископата Русской церкви. С ним велись переговоры, однако это не возымело действия. Иоанн приглашался на заседание Священного синода РПЦ в ноябре 1989 года, но он дважды телеграфировал о своем отказе прибыть в Москву на рассмотрение своего дела. После этого за свои раскольничьи действия Иоанн определением Священного синода Русской православной церкви был лишен архиерейского сана и монашества.
Тем не менее Боднарчук никак не реагировал на это и продолжал участвовать в расколе. Автокефалисты, уже успевшие зарекомендовать себя столь же яростными поборниками национальной идеи, как и униаты, постепенно начинают завоевывать популярность среди галичан. Это позволяет раскольникам в скором времени перейти к той же практике насильственного захвата храмов Русской православной церкви, которую уже отработали греко-католики.
Архиерейский собор Русской православной церкви, проходивший в Москве 30-31 января 1990 года, уделил значительное внимание проблеме межконфессионального противостояния на западе Украины. Собор направил в адрес Председателя Верховного Совета СССР М. Горбачева телеграмму с призывом “способствовать немедленному прекращению актов насилия и беззакония” со стороны униатских и раскольничьих экстремистских кругов. Собор дал расколу наряду с унией однозначную оценку как явлению не религиозного, а политического порядка.
Важно отметить, что наряду с откровенными приверженцами украинского национализма в западноукраинских епархиях было немало клириков, которые, будучи искренними в своем православии, тем не менее полагали, что предоставление Украинскому экзархату Русской православной церкви канонической автокефалии сможет предотвратить наступление униатства.
В адрес Святейшего Патриарха Пимена и тогдашнего митрополита Киевского, Патриаршего экзарха Украины Филарета (Денисенко), стали поступать многочисленные послания от клириков из западноукраинских епархий с призывами даровать автокефалию экзархату. Ответом на это стало предоставление Архиерейским собором РПЦ 30-31 января 1990 года Украинскому и Белорусскому экзархатам более широкой автономии.