Новое положение об экзархатах давало им весьма значительную автономию в пределах Русской православной церкви, частью которой они продолжали оставаться. Экзархаты получили помимо нового наименования право иметь собственный синод, которому принадлежала бы высшая судебная, законодательная и исполнительная церковная власть. Экзархаты получили также огромную финансовую самостоятельность, что было весьма важно в условиях, когда раскольники постоянно утверждали, будто средства украинских приходов изымаются Москвой. По сути, экзархаты становились автономными церквами в пределах Патриархата.
Между тем религиозная война в Галичине разгоралась все более остро. В Тернополе к середине 1990 года в юрисдикции Русской православной церкви уже не оставалось ни одного храма: большинство было в руках униатов, в том числе и церковь, построенная в 1540 году, задолго до Брестской унии.
3 мая 1990 года скончался Святейший Патриарх Московский и всея Руси Пимен (Извеков). Первосвятитель почил на 80-м году жизни. Вероятно, автокефалисты опасались того, что новый предстоятель Русской церкви окажется молодым и энергичным и сможет успешно противостоять распространению раскола. Поэтому они решают действовать незамедлительно, пока Московский Патриарший престол остается вдовствующим.
В июне 1990 года раскольники собираются в Киеве на так называемый “Всеукраинский собор УАПЦ”. На “соборе” амбиции раскольников разгулялись до такой степени, что решено было не только провозгласить автокефалию, но и избрать “патриарха Киевского”. Им стал престарелый Мстислав Скрипник, глава американских автокефалистов, которого к тому времени раскольники сделали знаменем своего движения. Иоанн (Боднарчук) стал “местоблюстителем Патриаршего престола”. Патриарх был избран заочно, так как Мстислав Скрипник оставался в США.
О том, что власти Советской Украины отнюдь не препятствовали деятельности раскольников, свидетельствует тот факт, что участникам раскольничьего “собора” впервые была предоставлена возможность совершить кощунственное “богослужение” в святыне Русской православной церкви — в храме Святой Софии в Киеве, который до сих пор остается музеем-заповедником.
Среди причин, побудивших Русскую православную церковь безотлагательно приступить к выборам нового предстоятеля еще до истечения сорока дней с момента кончины Патриарха Пимена, была возникшая церковная смута на Украине.
Поместный Собор, проходивший в Троице-Сергиевой лавре 7-8 июня 1990 г. и избравший новым предстоятелем Русской православной церкви митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия (Ридигера), в своих определениях коснулся и чрезвычайно осложнившейся религиозной ситуации на Украине. Собор отметил, что униатская проблема до крайности обострила взаимоотношения Русской православной церкви и Ватикана, подорвала надежду на успешное продолжение православно-католического диалога.
Собор также осудил действия украинских раскольников-автокефалистов, нарушивших церковный мир в Западной Украине. Собор отмечал, что “справедливое стремление к самоуправлению Православной церкви на Украине, вместо того чтобы осуществляться в рамках церковных канонов с сохранением церковного единства, пошло по ложному пути разделения, со всеми вытекающими из этого пагубными последствиями”. Поместный Собор подчеркнул, что Украинская православная церковь, обладая широкой самостоятельностью, сохраняет законную каноническую связь как с Московским Патриархатом, так и со всеми другими поместными православными церквами.
К дальнейшей судьбе автокефалистского раскола косвенно имело отношение и избрание нового Патриарха Московского и всея Руси. После кончины Патриарха Пимена местоблюстителем Патриаршего престола 3 мая 1990 года стал в ходе голосования митрополит Киевский и Галицкий Филарет, Патриарший экзарх Украины. Митрополит Киевский считался вторым по значению после Патриарха архиереем Русской православной церкви и самым влиятельным из постоянных членов Священного синода. По традиции полагали, что местоблюститель является наиболее вероятным кандидатом в будущие патриархи.
Однако в прессе все чаще и настойчивее стала появляться информация о далеко не безупречном нравственном облике митрополита Филарета. Не нравился многим, особенно украинскому духовенству, стиль управления митрополита, властный и грубый, присущий скорее недалекому начальнику, нежели архиерею. Многие уклонившиеся в раскол также свидетельствовали, что единственным мотивом их действий было желание уйти из той удушающей атмосферы, которую насадил в Украинской церкви Филарет.
В то же время было заметно стремление Филарета стать Патриархом Московским и всея Руси. На Поместном Соборе 1990 года экзарх Украины фигурировал в избирательных бюллетенях на первом месте. За него при выборах Патриарха было подано 66 голосов. Однако новым предстоятелем Русской православной церкви стал не Филарет, а митрополит Алексий. Можно предположить, что это обстоятельство также отразилось на дальнейшей деятельности митрополита Филарета.
Огромное значение в жизни Украинской православной церкви имел визит святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II на Украину 27 июля — 6 августа 1990 года. Тем самым была оказана весьма значительная моральная поддержка православному населению Украины, подвергшемуся в это время агрессии со стороны униатов и автокефалистов. Приезд первосвятителя, посетившего Украину вскоре после своей интронизации, свидетельствовал о том, что преодоление религиозного конфликта на Украине являлось одной из важнейших задач, стоявших перед Московским Патриархатом. Обращаясь к молящимся после богослужения в Киевском кафедральном соборе во имя святого равноапостольного князя Владимира, проходившего в день памяти Крестителя Руси, Патриарх Алексий сказал: “Нас не может не тревожить распространение так называемой автокефалии, а по сути раскола в Церкви. Мое посещение Украины является свидетельством того, что мы едины с епископатом, клиром и верующими Украинской православной церкви в радостях и скорбях”.
Но несмотря на все принимаемые Русской православной церковью меры, все более усиливалась политизация межконфессионального конфликта.
Следует отметить, что абсолютное большинство православного населения центральных и восточных областей Украины было настроено против любой формы церковной “самостийности” и выступало за тесное единство с Русской православной церковью в составе Московского Патриархата.
25-27 октября 1990 года в московском Свято-Даниловом монастыре собрался Архиерейский собор Русской православной церкви. В числе вопросов, предложенных на рассмотрение иерархов, главным в повестке дня значился вопрос о предоставлении Украинской православной церкви независимости и самостоятельности в управлении.
Фактически УАПЦ получала полную независимость, сохраняя лишь каноническое единство с московским Патриархатом. Сходный статус имела до конца XVII века Киевская митрополия в составе Константинопольского Патриархата. Причем характерно, что автокефалисты, говоря об этом домосковском периоде истории Украинской церкви, именовали его временем независимости. Оценивая же положение Украинской православной церкви после дарования ей независимости в 1990 году, они непременно указывали, что это фикция и ни о какой самостоятельности УПЦ нет и речи.
Многим на Украине вполне искренне казалось, что получившая самостоятельность УПЦ сумеет теперь дать должный отпор притязаниям автокефалистов и униатов. Свидетельствовали о перевесе сил у УПЦ и статистические данные: к лету 1991 года на Украине было свыше 5 тысяч приходов канонической юрисдикции против 1,8 тысячи униатских и 1,1 тысячи раскольничьих, многие из которых к тому же являлись фиктивными.
В 1991 году произошли очень резкие изменения в расстановке политических сил на Украине. После того как в июне 1990 года Верховным Советом УССР была принята Декларация о государственном суверенитете, все очевиднее намечалась тенденция к распаду СССР. В таких условиях большая часть партийной номенклатуры в целях сохранения своего влияния вступает в сговор с националистическими кругами и резко меняет свою политическую ориентацию. Сепаратизм становится уже не только достоянием галицийских депутатов-диссидентов, но и официальной политикой Киева. Наиболее отчетливо возобладали подобные тенденции в деятельности Председателя Верховного Совета Украины Л. Кравчука. Вскоре Украина объявила в одностороннем порядке о своем выходе из состава СССР. Вовремя сменившие политические ориентиры представители партноменклатуры поделили власть с галицийскими националистами.