После провала ГКЧП, следуя националистическим веяниям, митрополит Филарет из непримиримого противника украинской церковной автокефалии становится ее ревнителем, тем более что исход выборов Патриарха на Поместном соборе 1990 г. он счел своим провалом. Немаловажное значение имели и публикации в периодических изданиях Киева и Москвы статей о его личной жизни; авторы утверждали, что митрополит Филарет имеет жену и детей, обкрадывает Церковь и связан с КГБ. Священнослужители Украинской церкви обвиняли его в том, что он ответствен за успех униатов в Галиции и за раскол, учиненный бывшим епископом Житомирским, ушедшим в автокефалию во многом, надо полагать, из-за личной неприязни к митрополиту Филарету.
Под давлением митрополита Филарета в начале ноября 1991 года Собор Украинской православной церкви вынес постановление “обратиться к святейшему Патриарху Московскому и всея Руси Алексию II и епископату Русской православной церкви с просьбой даровать Украинской православной церкви полную каноническую самостоятельность”.
Решение Собора Украинской церкви встревожило значительную часть священнослужителей и мирян на Украине, и в Московскую Патриархию из разных епархий стали поступать телеграммы с просьбой оставить их приходы в московской юрисдикции. Более 60 приходов Винницкой епархии прислали даже протоколы своих собраний с подписями от сотни до нескольких тысяч человек под каждым протоколом.
31 марта 1992 года в Свято-Даниловом монастыре открылся Архиерейский собор Русской православной церкви, заседания которого продолжались до 5 апреля. С 1 по 4 апреля Архиерейский собор обсудил ходатайство украинских архиереев о предоставлении Украинской церкви автокефального статуса.
После доклада митрополита Филарета началась дискуссия, в которой участвовало большинство архиереев. На обсуждение вопроса о статусе Украинской церкви не могли не повлиять многочисленные делегации верующих из разных епархий Украины, протестовавших против автокефалии; на территории Свято-Данилова монастыря стояли пикеты с плакатами: “Призываем участников Собора отстаивать единство Церкви”, “Автокефалия — путь к унии”, “Украине нужно чистое православие”, “Владыко Филарет! Ради блага Церкви уйдите, наконец, за штат!” и даже “Отступнику Филарету — анафема”.
Значительное большинство архиереев, выступая на Соборе, говорили о несвоевременности автокефализации Украинской церкви, главным образом из-за того, что при полной самостоятельности Православная церковь на Украине окажется один на один перед лицом униатской агрессии, а раскольники все равно не прекратят своей разрушительной деятельности. Некоторые из выступавших напоминали, что все прошлые попытки автокефализации Украинской церкви приносили церкви беду.
Против предоставления Украинской церкви автокефального статуса высказывались некоторые правящие архиереи украинских епархий. Поворотным моментом в полемике явилось предложение епископа Магаданского Аркадия (Афонина) рассмотреть вопрос о смене главы Украинской церкви, “так как владыка Филарет не соответствует требованиям, предъявляемым к личности, способной объединить вокруг себя всех православных клириков и мирян на Украине”. Предложение епископа Магаданского было поддержано митрополитом Винницким Агафангелом, епископом Уральским Антонием (Москаленко) и некоторыми другими архиереями. В связи с замечанием митрополита Филарета, что он подчиняется только Собору украинских епископов, архиепископ Солнечногорский Сергий (Фомин) вполне резонно возразил: “Украинская православная церковь пока не автокефальная, у нее нет своих закрытых внутренних вопросов, которые не были бы доступны компетенции Архиерейского собора Русской православной церкви”.
Подводя итог состоявшейся дискуссии, председатель Архиерейского собора Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II сказал: “Нас уверяют, что предоставление автокефалии Украинской православной церкви решит все вопросы, как ранее нас уверяли в необходимости независимости в управлении и даровании митрополиту Филарету титула Блаженнейшего. Но титул Блаженнейшего не спас положения, предоставление независимости и “незалежности” тоже не дало результата. Не вернулись ушедшие в неканоническую автокефалию приходы, раскол укрепился. Возьмем ли мы на себя ответственность за разделение, есть ли у нас уверенность в том, что это принесет благо святой Церкви?.. Для того чтобы говорить об автокефалии, нужна спокойная обстановка. Но в наше время, время разрушения экономических, национальных, человеческих связей, разделения и противостояния, от которых так устал народ, желание сохранить единство Церкви является гласом Божиим. Все мы в ответе за то, что происходит на Украине, но с предстоятеля Украинской церкви спрос особый. Мы просим владыку Филарета ради блага православия на Украине, ради нашего единства, во имя спасения Церкви на Украине уйти со своего поста и предоставить епископам Украины возможность выбрать нового предстоятеля”.
Митрополит Филарет выступил с заявлением, которое не могло быть понято иначе, как изъявление готовности оставить пост главы Украинской церкви и подчиниться воле Архиерейского собора, голосу большинства священнослужителей и мирян Украины: “Я чувствую, что нужен пророк Иона, и я готов им быть. Но я прошу, чтобы этого Иону бросили так, чтобы на Украине не взбунтовалось море, поэтому прошу предоставить возможность украинскому епископату провести выборы нового предстоятеля Украинской православной церкви в Киеве. Я даю архипастырское слово, что такой Собор будет проведен, что никакого давления оказываться не будет. Патриарх Алексий своим указом утвердит нового предстоятеля. Украинская православная церковь должна полностью осуществить свои права, данные ей Архиерейским собором 1990 года. Также я прошу дать мне возможность продолжать служение у престола Божия и не отправлять меня на покой”.
Согласие митрополита Филарета на уход с поста главы Украинской церкви обещало благоприятное разрешение церковного кризиса, но события в Киеве стали разворачиваться в ином направлении: митрополит Киевский обманул собратьев-архипастырей и свою паству. Вернувшись в Киев, он 14 апреля провел пресс-конференцию, на которой обвинил Архиерейский собор в давлении на него, заявил, что на Соборе он был как на Голгофе, где его “распинали”, и сообщил, что обещание его уйти с поста предстоятеля Украинской церкви было сделано по дипломатическим соображениям и что он будет возглавлять Украинскую церковь до конца своих дней.
6 и 7 мая состоялось расширенное заседание Священного синода в Москве, но митрополит Филарет, постоянный его член, на заседание не явился. Синод решительно осудил заявления митрополита. В связи с чрезвычайным положением, сложившимся в Украинской православной церкви, Филарету запрещался в период до Архиерейского собора УПЦ действовать в качестве предстоятеля, а именно: созывать синод, рукополагать архиереев, издавать указы и обращения, касающиеся Украинской православной церкви. Исключением является созыв Архиерейского собора УПЦ для принятия его отставки и избрания нового предстоятеля Украинской православной церкви…
Но и это постановление Священного синода было Филаретом проигнорировано. 21 мая Синод обсуждал церковную ситуацию на Украине, и снова без виновника кризиса, который не пожелал явиться на заседание. Старейшему по хиротонии архипастырю Украинской церкви митрополиту Харьковскому Никодиму (Руснаку) Синод поручил созвать Архиерейский собор до празднования Святой Троицы, для того чтобы принять отставку митрополита Филарета и избрать нового предстоятеля Украинской церкви. Временное исполнение обязанностей первого епископа возлагалось на митрополита Никодима. Получив извещение о постановлении Священного синода, митрополит Филарет заявил, что он считает решение Синода “необоснованным и… недееспособным”.
Архиерейский собор, созванный в Харькове 27 мая митрополитом Никодимом в составе 17 архипастырей, но в отсутствие митрополита Филарета, не пожелавшего явиться на Собор, выразил недоверие митрополиту Филарету и уволил его с Киевской кафедры. После этого состоялось избрание нового предстоятеля Украинской церкви тайным голосованием. Перед вторым туром митрополит Харьковский Никодим взял самоотвод. Главой Украинской церкви был избран митрополит Владимир.