После прибытия в Россию, побыв недолго в Петербурге, Тихомиров был вынужден обосноваться в Новороссийске, надеясь, что правительство в скором времени убедится в его благонадежности и снимет с него надзор. При этом Тихомиров просто рассыпается в благодарностях Министерству внутренних дел: “Надеюсь, что поведение мое, во время этого надзора, докажет Министерству, что я — не только вообще человек благонамеренный, но и в частностях своего отношения к современным задачам и деятельности Правительства составляю элемент безвредный или до известной степени — конечно в пределах своих сил — полезный”. В Новороссийске Тихомиров проводит время в работе над статьями, читая церковные книги и общаясь с родными. Его особенно радовало то, что дочери, воспитанные матерью Тихомирова, ходили в церковь. Вскоре был крещен сын Тихомирова Саша, крестной матерью которого стала О. А. Новикова. Помимо обязательств перед своими близкими у Тихомирова были обязательства перед правительством. Он жаждет работать, хочет оправдать доверие властей, но не может развернуться в полную силу, находясь под надзором. 20 марта 1889 г. он сетует на обстоятельства в письме О. А. Новиковой: “На евреев и поляков конечно, действовать нравственно — почти невозможно. Но на русских — да. Только действовать нужно систематически, повторять, с разных концов, с разных точек зрения, и особенно мелкими вещами — легко читаемыми, брошюрами, статьями. А их почти нет”. Тихомиров досадует, что сам действовать не может, так как находится под надзором: “У меня от этого сердце кипит, но что делать? Кроме порчи крови все-таки нет других результатов. А действовать нужно!”. От бездействия он порой впадает в отчаяние. В сентябре 1889 г. Тихомиров писал в дневнике: “Я уже знаю, что сделать в общественном смысле мне ничего не удастся. Я уже понял, что Россия, при всей своей глупости, во мне все-таки не нуждается. Я понял, что мне нужно думать о себе, о своей душе, а затем исполнять текущие маленькие обязанности, которые еле-еле по силам мне, не мечтая о крупных”.
Министр внутренних дел П. Н. Дурново в июне 1890 г. ходатайствовал перед царем об “облегчении участи Тихомирова”. Учитывая заслуги Тихомирова на новом поприще, а также принимая во внимание, что, состоя под гласным надзором полиции в Новороссийске, он фактически отрезан от столичной прессы и не может серьезно заниматься публицистикой, правительство приняло решение освободить Тихомирова от гласного надзора и разрешить ему “повсеместное в империи жительство”. В сентябре 1890 г. он перебрался в Москву. Начинается период сотрудничества с газетой “Московские ведомости”.
Другим близким другом Тихомирова, с которым он спешил поделиться своими идеями, становится известный философ и публицист Константин Николаевич Леонтьев. В письмах Тихомиров подробно обсуждал необходимость “миссионерской деятельности среди молодежи: “Я думал, думаю и буду думать, что нам, православным — нужна устная проповедь. Или лучше — миссионерство. Нужно миссионерство систематическое, каким-нибудь обществом, кружком. Нужно заставить слушать, заставить читать. Нужно искать, идти на встречу, идти туда, где вас даже не хотят. И притом… важно не вообще образованное общество, важна молодежь, еще честная, еще способная к самоотвержению, еще способная думать о душе, когда узнает, что у ней есть душа. Нужно идти с проповедью в те самые слои, откуда вербуются революционеры”. Роль своеобразного вождя отводилась Леонтьеву: “С Вами, под Вашим влиянием или руководством пойдет, не обижаясь, каждый, так как каждый найдет естественным, что первая роль принадлежит именно Вам, а не ему. Наоборот, если… взять меня, то никто, во-первых, не обратит внимания на мои слова, а если ж — паче чаяния — я бы и имел успех — это самое и оттолкнуло бы многих. Ведь люди все такие свиньи, с этим нужно считаться. А то, знаете, от этих писаний (имеется в виду публицистическая деятельность. — А. Р.) польза очень минимальная. Никто все равно не читает. Да еще хорошо Вам, по крайней мере пишете что хотите. А мне, например, даже и развернуться нельзя. Везде свои рамки, и как дошел до этой рамки, стукнулся и молчи. Какая же это работа мысли?”. К сожалению, дружеским отношениям двух мыслителей был отмерен короткий срок. Ни один из задуманных совместных проектов так и не был осуществлен. Последний месяц их общения был посвящен заботе о “духовных запросах” Тихомирова, а в ноябре 1891 года К. Н. Леонтьева не стало. Узнав о кончине своего друга и единомышленника, Тихомиров записал в дневнике: “У меня еще не умирало человека так близкого мне не внешне, а по моей привязанности к нему. Судьба! Мне должно быть одиноким, по-видимому. Он мне был еще очень нужен. Только на днях предложил учить меня, быть моим катехизатором. И вот — умер… Меня эта смерть гнетет. Так и хочется написать ему: “Константин Николаевич, неужели вы серьезно таки умерли?.. Тоска ужасная”.
18 ноября того же года Тихомиров писал Новиковой: “У меня и еще неприятность: смерть К. Н. Леонтьева, с которым я последнее время сошелся очень сердечно”. 11 января 1892 г. он еще раз вспомнил о Леонтьеве: “Не поверите, какую пустоту я чувствую по смерти Леонтьева. Это был здесь единственный человек, с которым я почти уже столковался, чтобы что-нибудь делать. Все мои люди умирают: Толстой, на которого я рассчитывал, Пазухин, который на меня рассчитывал, наконец, Леонтьев”.