В то же время некоторые стороны новой жизни вызывали недовольство и среди тех, кто на первых порах горячо поддерживал свержение прежних режимов. Поскольку в условиях предвоенного 1940 года в СССР были приняты жесткие меры борьбы с нарушениями трудовой дисциплины, они были распространены и на Прибалтику. Как отмечали американские историки Р. Мисиунас и Р. Таагепера, на ряде предприятий происходили выступления рабочих против новых порядков. Так, в декабре 1940 года сотрудники фабрики “Красный Крулл” в Таллине объявили трехдневную забастовку протеста против нехватки товаров, жесткого распорядка труда и сверхурочных работ. Рабочие добились двухдневных рождественских каникул, которые к этому времени были повсеместно упразднены.
Хотя, как свидетельствовали Р. Мисиунас и Р. Таагепера, в Прибалтике “церковь не трогали”, были отменены религиозные праздники. “Начались вторжения в церковные службы “атеистических бригад”, очевидно, перевыполнявших свои планы”. В ответ многие католические священники развернули антисоветскую пропаганду. К ним присоединилась и часть местной интеллигенции.
Глухое сопротивление, переходившее в прямой саботаж, оказывали и многие государственные служащие, остававшиеся в системе управления со времен авторитарных режимов Пятса, Ульманиса и Сметоны.
Такая обстановка облегчала работу германской агентуры, активизировавшейся по мере подготовки к войне против СССР. 17 ноября 1940 года в Берлине был создан “Летувю активисту фронтас” (Фронт литовских активистов, или ФЛА). Руководство ФЛА засылало своих агентов в Литву. Признавая эти факты, Р. Мисиунас и Р. Таагепера писали: “Фронт планировал восстание к моменту начала советско-германской войны. В 1941 году ФЛА насчитывал 36 тысяч человек. В марте 1941 года были созданы антисоветские подпольные центры в нескольких литовских городах”.
Как сообщалось в “Истории Литовской ССР”, “весной 1941 года органы государственной безопасности раскрыли несколько гнезд гитлеровских шпионов и диверсантов, в том числе в частях 29-го (литовского) территориального стрелкового корпуса Красной Армии. За несколько дней до начала войны была обезврежена группа офицеров, поддерживавшая связь с Вильнюсским центром ФЛА”.
Аналогичные меры осуществлялись и в других прибалтийских республиках. Леонид Барков в своей книге “В дебрях абвера” писал: “В 1940 году и первом квартале 1941 года советские органы государственной безопасности нанесли ряд чувствительных ударов по осевшей в Эстонии немецко-фашистской агентуре… Чекисты в этот период ликвидировали также многие подпольные антисоветские группы: “Легионерское движение Востока”, “Комитет спасения”, “Эстонская военно-разведывательная организация” и другие. И все же, несмотря на принятые меры, нашим органам государственной безопасности не удалось в полной мере очистить Советскую Эстонию от немецко-фашистских шпионов и диверсантов. Большая часть фашистской агентуры продолжала наносить ощутимые удары”.
Огрехи работы контрразведки были вызваны во многом тем, что работники НКВД, командированные из центра или спешно набранные из местного населения, плохо владели обстановкой. Р. Мисиунас и Р. Таагепера имели основание писать о том, что “скорее всего, чиновники НКВД выполняли свою работу наугад… Главный порок НКВД… состоял в подготовке списков на основе плохой и не обязательно аккуратной системы разведки”.
Объясняя меры, принятые советскими властями для обезвреживания антисоветского подполья, авторы “Истории Литовской ССР” писали: “Активизация контрреволюции потребовала от правительства Литовской ССР принятия самых решительных мер. За несколько дней до вероломного нападения гитлеровской Германии на СССР часть контрреволюционных элементов была выслана за пределы Литвы, что ослабило, но не ликвидировало их полностью. Некоторые ярые контрреволюционеры успели укрыться и продолжали свою подрывную деятельность. Переселение классово чуждых элементов ввиду непосредственной угрозы войны было проведено спешно. Поэтому в число высланных попали и люди, чье поведение не требовало применения к ним такой меры”.
В современных публикациях, в том числе, к сожалению, и российских, дело представляют так, будто депортации начались сразу же после вступления советских войск в Прибалтику. Дескать, большевики обнаружили “свое звериное нутро”. Возмутительная ложь! Аресты и депортации начались в ночь с 13 на 14 июня 1941 года - за неделю до нападения Германии на СССР. Совершенно очевидно: это была превентивная мера, призванная обезопасить ближние тылы советских войск накануне возможного вторжения. Из Эстонии было выслано 60 тысяч человек, из Латвии - 35 тысяч, из Литвы - 34 тысячи. Как писали Р. Мисиунас и Р. Таагепера, “членов семей разлучали. В то время как мужчин, которых считали арестованными, направляли в трудовые лагеря… женщин и детей просто ссылали… Депортации… усилили ненависть к режиму со стороны тех, кто в противном случае остался бы нейтральным”.