Не случайно прогрессивный А. И. Герцен иронично замечал по поводу этих строк: “Я предвижу, как возвеселятся православные души московских славян при чтении этого спора; они должны непременно в родительскую субботу помянуть блинами с постным маслом нашу княгиню”.
В 1782 г. Дашкова приехала в Петербург. Екатерина II сменила холодность по отношению к княгине на милость: императрица “прониклась мыслью” поручить ей управление Академией наук.
Дашкова решила отказаться и сгоряча писала императрице: “...Сам Господь Бог, создавая меня женщиной, этим избавил меня от должности директора Академии наук; считая себя круглой невеждой, я никогда не мечтала попасть в ученую корпорацию, даже в общество Аркадии в Риме, куда я могла быть зачислена за несколько дукатов”.
Уговорил Екатерину Романовну Потемкин: он беседовал с Дашковой “как преданный” ей человек. “Полудержавный” фаворит дипломатично утверждал, что императрица смотрит на это назначение как на средство приблизить княгиню к себе и удержать в Петербурге: “ей надоели дураки, окружающие ее”.
В тот же день после получения копии с указа, уже отправленного в Сенат, которым Дашкова назначалась директором Академии наук, она приказала прислать ей сведения о всех отраслях деятельности академии, о типографии, “словолитне” и т.п., список фамилий всех лиц, заведующих кабинетами, библиотекой и т.п.; кроме того, она попросила лиц, стоящих во главе различных отделов, приготовить подробный рапорт о состоянии вверенных им отделов. Одновременно комиссия должна была сообщить Дашковой все нужные сведения и инструкцию или устав, определяющие права и обязанности директора, чтобы она смогла их хорошо освоить, прежде чем приступит к выполнению своих должностных обязанностей.
На первом заседании в Академии наук Екатерина Романовна уверила “господ ученых”, что считает “своим священным долгом платить им дань уважения, столь заслуженного их талантами и учеными трудами...”.
Ко времени назначения Дашковой в типографии царил полный беспорядок, и она была очень скудно оборудована, за неимением шрифтов перестали печататься Комментарии (труды Академии). Екатерина Романовна быстро привела ее “в прекрасный вид; достала отличные шрифты и выпустила два тома Комментариев”.
Академия была обременена долгами, она должна была за книги русским, парижским и голландским книгопродавцам. Не желая просить денег у императрицы, Дашкова понизила цену печатаемых в Академии книг на тридцать процентов, вследствие чего они в короткое время разошлись в значительном количестве. Полученные суммы были употреблены на уплату долгов Академии. Отчитавшись пред государственным казначейством по расходованию казенных сумм за прежние годы, Дашкова оговорила специальные суммы, в будущем состоявшие бы в исключительном ведении директора, на непредвиденные ранее расходы, в том числе награды, тем самым покрывался ежегодный дефицит, вызванный постоянным подорожанием необходимых Академии предметов.
При Дашковой число учеников в гимназии, содержавшихся за счет Академии, повысилось с семнадцати до пятидесяти, а “подмастерьев” — с двадцати одного до сорока. Через год было увеличено содержание всем профессорам и были открыты три бесплатных курса: математики, геометрии и естественной истории, которые читались русскими профессорами. Дашкова часто присутствовала на этих лекциях и “с удовольствием видела, что ими пользовались для пополнения своего образования дети бедных русских дворян и молодые гвардии унтер-офицеры”. По настоянию Екатерины Романовны в 1784—1789 годах было построено архитектором Дж. Кваренги главное здание Академии наук.
В Академии издавался новый журнал “Собеседник любителей российского слова, содержащий разные сочинения в стихах и в прозе некоторых российских писателей” — с 1783 по 1784 год, в шестнадцати частях. Редакторами были Дашкова и О. П. Козодавлев. В нем также принимали участие почти все русские писатели того времени: Г. Р. Державин, М. В. Ломоносов, В. В. Капнист, Я. Б. Княжнин, И. Ф. Богданович, Д. И. Фонвизин и Екатерина II, не чуравшаяся литературного труда. Журнал, в котором публиковались “только одни подлинные российские сочинения”, сыграл важную роль в формировании русской литературы конца XVIII века.