Надо заметить, что на эскадре до этого приказа уже были матросские возмущения на “Азове” и на “Александре Невском” (т. е. на тех, которые наиболее отличились в Наваринском сражении). Адмирал Сенявин был глубоко обеспокоен взаимоотношениями офицеров и нижних чинов, поэтому в секретном приказе от 5 августа 1827 года младшему флагману контр-адмиралу Л. П. Гейдену дал исчерпывающий анализ причин матросских волнений и указания по улучшению воспитательной работы с командами: “забота о подчиненных и умение возбудить соревнование к усердной службе в своих подчиненных одобрением отличнейших”. Надо полагать, что подобные документы помогали молодым офицерам, в том числе и Нахимову.
В 1828—1829-м, находясь в Средиземном море, он командовал взятым в плен египетским корветом “Нассабн Сабах” (“Восточная Звезда”), переименованным в “Наварин”. Трофей оказался в крайне убогом состоянии. Пришлось в короткий срок собрать экипаж из многих кораблей эскадры, отремонтировать и переоборудовать корабль. Много усилий потребовалось для отработки корабельной организации и полного курса боевой подготовки. И все это вдали от своих баз, судоремонтных заводов и в условиях военных действий. Но 26-летний командир блестяще справился с этими сложнейшими задачами. После приема корвета в боевой состав нашей средиземноморской эскадры в феврале 1829 года историограф эскадры записал в историческом журнале:
“В результате Адрианопольского мирного договора 14 (2) сентября 1829 г. Греция получила автономию (но обязывалась выплачивать дань султану), автономию получили Молдавия, Валахия и Сербия. К России отошло устье Дуная с островами и все восточное побережье Черного моря от устья Кубани до пристани Святого Николая с крепостями Анапа, Поти, Ахалкалаки и Ахалцых. Турция предоставляла право беспрепятственного прохода всем торговым судам России и иностранных государств через Босфор и Дарданеллы”.
Вернувшись на “Наварине” из Средиземного моря в Кронштадт, весь 1831 год на “Наварине” Нахимов выполнял задачи подвижного дозора на линии Кронштадт — о-в Гогланд и конвойной службы по маршруту Либава — Кронштадт. Дважды на “Наварине” с инспекцией был император Николай Первый и каждый раз выражал монаршее благоволение за отличную службу и высокую боевую готовность корабля. Всего же за 1830—1844 годы Павел Степанович девять раз удостаивался такой высокой чести.
В 1832 году, в возрасте 30 лет, он был назначен командиром строящегося на Охтенской верфи фрегата “Паллада”. Практический опыт новостройки, оснащения, вооружения и ввода в боевую линию нового корабля, помноженный на исключительное усердие, позволил Нахимову не только быстро и качественно решить все эти непростые задачи, но и “превратить фрегат в один из лучших кораблей русского парусного флота”. Вот как писал его сослуживец, капитан 1-го ранга Асланбегов: “Это был такой красавец, что ВЕСЬ ФЛОТ им любовался, и весьма многие приезжали учиться чистоте, вооружению и военному порядку, на нем заведенному”.
До 11 октября 1833 года Нахимов плавал в составе эскадры вице-адмирала Ф. Ф. Беллинсгаузена на Балтике. Ненастной ночью 17 августа, на подходе к Ревелю, определив неверный курс эскадры, фальшфеером дал семафор: “флот идет к опасности” и без ответного сигнала флагмана сменил курс своего корабля. Корабли эскадры успели отвернуть, и лишь головной “Арсис” наскочил на камни, а два корабля получили повреждения. Сей факт свидетельствует не только о высочайшей морской выучке Нахимова, но и его смелости в принятии самостоятельных ответственных решений, так как за такое самоуправство при плавании в ордере не жалуют и до сих пор.
24 января 1834 года по ходатайству главного командира Черноморского флота адмирала М. П. Лазарева он был направлен на Черноморский флот командиром 41-го флотского экипажа. 30 августа того же года ему было присвоено звание капитана 2-го ранга, и в ноябре он вступил в командование строящегося в Николаеве линейного корабля “Силистрия”.