Партийная тема на съезде переплеталась с текущей политикой, существенно осложненной ростом сепаратизма и национализма в республиках союзного государства. В ночь на 4 июня 1989 г. вблизи перегона железной дороги Челябинск – Уфа в результате аварии произошла утечка сжиженного газа. При прохождении двух встречных поездов прогремел взрыв страшной силы, было много человеческих жертв. Событие это потрясло всю страну, продемонстрировало некомпетентность, безответственность должностных лиц на местах. Еще раз эта катастрофа напомнила о тревожной экологической обстановке.
Съезд не только не консолидировал общество вокруг «перестроечного» руководства КПСС, но, наоборот, развел депутатов на непримиримых сторонников и противников КПСС и Советского Союза в существовавшем тогда виде, придав публичность вопросам незаконности монополии КПСС на управление страной, и поставив под сомнение федеративное устройство самого СССР.
После Съезда политический процесс в стране начал развиваться по конфронтационному сценарию борьбы между радикально настроенными демократами и Горбачевым за лидерство.
Организационно демократы оформились в Межрегиональную депутатскую группу народных депутатов (МДГ). Она насчитывала около 300 человек. Был создан Координационный совет в количестве двадцати с лишним человек, и избрано пять его сопредседателей: Б.Н. Ельцин, Ю.Н. Афанасьев, Г.Х. Попов, А.Д. Сахаров и В.А. Пальм.
Летом 1989 года демократы получили нового союзника в своей борьбе с горбачевцами. Это были шахтеры Кузбасса, Донбасса, Воркуты и Караганды. Шахтеры создавали стачечные комитеты, учредили Союз стачечных комитетов Донбасса и требовали от власти решения давно накопившихся проблем. Объективной основой для этого союза была неприязнь к центральным властным структурам.
В сентябре 1989 г. МДГ сформулировала свою политическую программу в «Тезисах к платформе МДГ». Ключевым требованием группы была отмена 6-й статьи Конституции СССР. После скоропостижной смерти А.Д. Сахарова 14 декабря 1989 г. лидером МДГ стал Б.Н. Ельцин. У демократов была репутация противников партократов, к которым сами демократы относили и реформаторов во главе с М.С. Горбачевым и консерваторов. Позже по отношению к демократам стал употребляться термин «радикалы» – сторонники полного изменения общественного строя в СССР.
На общем фоне дефицита продовольствия и иных товаров, в условиях гласности и непрекращающейся полемики в СМИ расширялись зоны национальных конфликтов, политических митингов, забастовок.
В Узбекистане в результате конфликта на национальной почве погибло 100 турок-месхетинцев, в Абхазии начались вооруженные столкновения между грузинами и абхазцами. Верховный Совет Азербайджанской ССР принял закон о суверенитете республики. Демонстрация в Кишиневе вылилась в беспорядки.
Под давлением всё ухудшающегося положения дел, в правительстве возобладал подход к плавному, эволюционному реформированию хозяйственной системы. Летом 1989 г. Заместителем премьер-министра был утвержден академик Л.А. Абалкин – сторонник именно такого подхода. Однако все попытки правительства стабилизировать обстановку не удавались. Бюджетный голод, сокращение импорта продовольствия и товаров, падение производства и структурная ломка экономического пространства вызвали сокращение товарных запасов, что вело к дефициту даже товаров первой необходимости. На колхозном рынке цены превышали государственные розничные цены уже в 3 раза. Давление избыточной денежной массы стало сказываться и на уровне государственных цен. Несмотря на сохранявшийся еще государственный контроль за ценами, все явственнее стала проявляться инфляция.
Политика правительства подверглась резкой критике теперь уже не только по экономическому, но и политическому реформированию и по внешнеполитическому курсу Горбачева.
С осени 1989 г. процесс политической дестабилизации вступил в новую фазу. В рамках самой партии он выразился в том, что партия фактически раскололась не только по идеологическим признакам – сталинисты, ленинцы, марксисты, реформисты, но и по национально-республиканскому.
В начале декабря 1989 г. Верховные Советы прибалтийских республик отменили 6 статью Конституции СССР. Между Арменией и Азербайджаном до предела обострились отношения из-за Нагорного Карабаха. Если в начале года союзные власти ввели там прямое союзное управление, надеясь таким образом разрешить проблемы, то в конце года вернули Нагорный Карабах под юрисдикцию Азербайджана. Верховный Совет Армении ответил на это принятием резолюции об объединении Нагорного Карабаха с Арменией. Конфликт из-за Нагорного Карабаха перерос в полномасштабную войну между военными формированиями Азербайджана и Карабаха, при активной поддержке последнего Арменией.