К концу года, в результате достигнутой экономической самостоятельности Литвы, Латвии и Эстонии, начался выход местных коммунистов из состава КПСС. Все эти акции дополнялись идеями выхода прибалтийских республик из состава СССР на основании незаконности их присоединения к СССР в 1940 году.
Эта проблема стала предметом обсуждения на II Съезде народных депутатов СССР, который проходил с 12 по 24 декабря. Договор между СССР и Германией, известный как пакт Молотова-Риббентропа от 23 августа 1939 г., подвергся переоценке в контексте общей переоценки советской истории. Для части политической элиты Прибалтики интерпретация этого договора (и секретного протокола к нему) как сговора двух агрессоров – СССР и Германии – послужила в качестве национальной идеи и обоснования выхода из состава СССР. Еще с 1987 года общественное мнение по поводу этого договора формировалось в республиканской прессе. Теперь оценку этого документа и сами события предвоенной истории СССР предлагалось дать на союзном уровне. В этом депутаты из Прибалтики нашли поддержку у российских демократов. В конечном итоге, Съезд осудил не только сам документ, но и признал его юридическую несостоятельность, чем обеспечил юридическое обоснование выхода республик из Союза. Фактически была легализована сама проблематика сепаратизма как некой естественной составляющей общедемократического процесса Перестройки.
Поставив под сомнение правовую сторону существования СССР, депутаты обеспечили бесспорный аргумент для сепаратизма остальных республик.
По накалу страстей, митинговой активности депутатов II Съезд мало отличался от I. Он принял Закон об изменениях и дополнениях Конституции по вопросам избирательной системы в связи с предстоящими выборами народных депутатов в республиках и на местах, Закон о конституционном надзоре СССР и образовал соответствующий комитет.
Тон на Съезде задавали радикалы. В публичную политику были введены новые идеи, противоречившие всей стратегии советского реформаторства – об отмене 6-й статьи Конституции СССР, о руководящей роли КПСС, демонтаже унитарного государства СССР. И в этом контексте – о переходе экономики к свободному рынку.
На внеочередном Пленуме ЦК КПСС (25–26 декабря 1989 г.) по итогам II Съезда Горбачев еще утверждал, что Литва – неотъемлемая часть СССР, что «второго Тбилиси» не повторится, что запрещать «Саюдис», исключать из партии Бразаускаса и пр. он не намерен. Но реальная обстановка на Пленуме свидетельствовала о том, что Горбачев терял власть. Около 200 высших партийных функционеров высказывали реплики с мест, «захлопывали» выступления членов Политбюро – сторонников генерального секретаря. В КПСС нарастала консервативная волна.
Деятельность первых съездов народных депутатов во многом демонстрировала незавершенность реформы политической системы. Об этом уже тогда говорили сторонники продолжения политической реформы, определяя сущностное предназначение съездов, как предшественников полноценного демократического парламента, способного выявлять действительную волю избирателей, вести текущую законодательную политику, учитывать баланс интересов и осуществлять контроль за исполнением законов.
Перенос центра власти из кабинетов ЦК в Кремлевский Дворец, таким образом, оказался не только географическим и политическим фактом советской истории, но и началом парламентаризма российской постсоветской истории. Сам 1989 год стал тем временем, когда в общественной жизни приобрели необратимый характер процессы политизации, вылившиеся в создание различных движений и организаций, составивших основу для формирования протопартий, вобравших в себя огромный спектр идеологических воззрений. Часть этих движений и организаций объединялась на идеях антикоммунизма, антисоветизма, национализма и либерализма – антиподных союзному реформаторскому проекту. КПСС вступила в фазу открытого раскола и создания различных идейных платформ и фракций, что привело, в конечном счете, к массовому выходу из ее рядов с лета 1989 г. по лето 1991 г. 2 млн. человек, или более 10% общего состава.
Наконец, с этого времени начали формироваться программы преобразований, основанные на либерально-капиталистических идеях. В первую очередь – это национальные проекты России и республик Прибалтики.
27 октября 1989 г. были внесены изменения в Конституцию РСФСР и приняты новые законы РСФСР о выборах, что открывало дорогу уже российскому парламентаризму. Именно в конце этого года начался стремительный взлет политической карьеры Б. Ельцина, когда он принял решение баллотироваться в российский парламент с намерением стать его председателем.