Оказавшись в безвыходном положении, директора НИИ и ректоры вузов постепенно свыклись с двумя новыми видами хозяйственной деятельности. Один представлял собой практику сдачи в аренду объектов недвижимости – кафе, гостиниц, медицинских и рекреационных учреждений, благо такого добра на балансе разных «управлений делами» и отдельных учреждений накопилось немало. Этот род коммерции быстро стал рассадником злоупотреблений, при этом пользуясь неизменной поддержкой научной бюрократии включая руководство Российской Академии наук.
Одновременно начали развиваться внебюджетные источники финансирования за счет грантов зарубежных и отечественных фондов, а также коммерческого внедрения результатов исследований. На арендованных площадях стали возникать компактные высокотехнологичные частные предприятия, деятельность которых соответствовала профилю арендодателей, а источники финансирования находились вне этих учреждений, часто за границами Российской Федерации. Руководители вузов и НИИ к своим потенциальным конкурентам с самого начала относились с подозрением, но деньги за аренду (в том числе, свой персональный «откат» наличными в конвертах), до поры до времени принимали.
Модернизация научно-образовательного комплекса происходила недопустимо медленно, при полнейшем равнодушии и отсутствии поддержки со стороны властей. Устаревшие советские формы организации, включая архаичную систему присвоения ученых степеней и знаний, к прогрессу не располагали. Это в немалой степени способствовало эмиграции либо уходу из профессии молодых способных исследователей. За 1990–2005 годы численность ученых в Российской федерации уменьшилось примерно вдвое. При этом, лишь около 80 тысяч (примерно 2% от общего числа научных работников) навсегда покинули страну. Из них на 2002 год около трех тысяч все еще числились в долгосрочных командировках, оставаясь сотрудниками российских учреждений. Значительно больше ученых было потеряно внутри страны не столько из-за низких окладов, сколько из-за того, что им не позволяли внести в профессиональную деятельность даже отдельные элементы рыночных отношений. Руководители вузов и НИИ занимались тем, что они называли «сохранением научных школ и коллективов» Малейшие попытки привести индивидуальные творческие планы и направления научных исследований в соответствие с экономическими реалиями наталкивались на стандартный ответ: «не нравится – уходите». Следуя этой рекомендации, перспективные специалисты, которые могли бы на рабочем месте сделать Россию технологически современной, постиндустриальной страной, меняли профессию или уезжали за рубеж.
Солдафонский стиль руководства образовательными и научно-исследовательскими учреждениями с годами только укреплялся. «В России бюрократия совершенно не считается со временем, чувством достоинства и регалиями научных работников – говорит известный российско-израильский физик, лауреат Гумбольдтовской премии профессор Мирон Амусья – давно и напрочь забыто, что не будь этих людей, бюрократия научно-образовательного комплекса просто осталась бы без работы. Сейчас она процветает, растёт численно и территориально, занимая всё большие и лучшие помещения, претендуя и получая сопоставимую с остепенённым научным сотрудником зарплату, а нередко и намного её превосходящую. При этом бюрократия выполняет в основном контрольно-ограничительную работу, проводя в жизнь идущие сверху распоряжения, иногда просто абсурдные, абсолютно ничем не способствуя реализации тех целей, во имя которых созданы университеты и исследовательские центры».
Международное сотрудничество является обязательной частью научной работы. Оно особенно важно для России, поскольку оснащение наших лабораторий устарело, изношено и на его обновление понадобятся долгие годы и огромные деньги. После крушения «железного занавеса» в стране появилась генерация ученых, способных самостоятельно выходить с предложениями на международный рынок. Многие из них почти постоянно работают за границей, другие большую часть времени проводят в России, а третьи переезжают из страны в страну в зависимости от условий очередного контракта. Именно такие люди во всем мире определяют лицо нашей науки.