Как только транспорт вышел в море, команда разделилась на бунтарей и конформистов. Назревшую вспышку недовольства команды из-за жестокого обращения офицеров с матросами и плохого питания предотвратило открытие небольшого острова, внешне похожего на Таити. Затем судно зашло на острова Дружбы, где Блай уже бывал с Куком в 1777 году. На одном из островов запаслись дровами и пресной водой и, заменив засохшие деревья свежими, вышли в океан.
И тогда вспыхнул настоящий бунт. Заговор возглавил помощник штурмана Кристиан Флетчер. На его стороне было большинство команды. 28 апреля 1789 года перед восходом солнца Блай был схвачен, связан и брошен в баркас, куда принудили сесть еще 18 человек, включая нескольких офицеров. А взбунтовавшиеся моряки вернулись на Таити. Позже Кристиан Флетчер и восемь членов команды с женами-таитянками и детьми отправились на остров Питкэрн. В укромной бухте они сожгли «Баунти», чтобы замести следы, и остались на острове навсегда.
История с «Баунти» со временем обросла разноречивыми легендами. Кристиана Флетчера и других моряков долго считали пропавшими без вести. Но через 25 лет два английских фрегата — «Бретон» и «Тангус» — случайно подошли к безлюдному, как тогда показалось, острову Питкэрн. Навстречу им вышли высокие голубоглазые люди, довольно хорошо говорившие по-английски. Это были дети уже умерших моряков. Но один из матросов «Баунти» — Джон Адамc — был еще жив и возглавлял небольшую общину, состоявшую из детей его товарищей и их жен. Вскоре это известие достигло берегов Англии. На Питкэрн зачастили гости, миссионеры и даже сама королева Англии Виктория отправила общине в дар пианино. Слава об острове Питкэрн разнеслась по всей Европе.
Луис Марден в составе подводной экспедиции прибыл на Питкэрн в январе 1957 года на борту яхты «Янки». Он знал, что с 23 января 1790 года сожженный корабль находится на дне бухты Баунти, но никто еще точно не установил местонахождения остатков судна.
Марден понимал, что найти сожженный, разрушенный морем корпус корабля — дело трудное. Вычислив приблизительное положение «Баунти», он вскоре на глубине десяти метров нашел корабельные железные балластные чушки. Тогда Марден прошел вдоль предполагаемого киля корабля и обнаружил бронзовые и медные детали крепления такелажа, обшивочные гвозди, потом один из якорей «Баунти». Но он лежал далеко, у входа в бухту. Очевидно, мятежники сначала бросили кормовой якорь, а затем протянули от него швартов до берега и привязали к дереву. Так корабль и стоял носом к берегу, пока с него снимали все самое необходимое и ценное перед тем, как сжечь. Якорных цепей в то время еще не было, а пеньковый канат сгнил. До этого подобный якорь был найден в бухте Матаваи на Таити. На острове считают, что и он был с «Баунти». Теперь якорь находится в Оклендском военном мемориальном музее в Новой Зеландии. Он имеет характерную форму с прямыми лапами. Закругленные якоря появились лишь в 1810 году.
Итак, Луис Марден нашел вещественные доказательства гибели «Баунти». Цель экспедиции была достигнута. Но Марден не спешил покинуть приветливый остров. Теперь его интересовала и «Пандора», посланная адмиралтейством на поимку мятежников. Главным действующим лицом в ее судьбе оказался все тот же лейтенант Блай. Оставленный в море на баркасе почти без воды и пищи, он с верными членами команды, имея из навигационных инструментов только компас, дошел до голландского поселения на острове Тимор. Надо отдать, лейтенанту должное — он прошел расстояние в 3618 морских миль всего за 41 день. Сегодня такое плавание в лодке можно было бы расценить как подвиг. В конце концов Блай с помощью голландцев добрался до Англии, где официально сообщил об обстоятельствах бунта на «Баунти».
В ноябре 1790 года адмиралтейство отправило для поиска и захвата мятежников фрегат «Пандора» под командованием капитана Эдвардса. Корабль подошел к Таити в марте 1791 года. На острове «Пандору» первыми заметили мичманы Хэйвуд и Стюарт. Чувство вины, тоска по родине заставили их подплыть к кораблю и подняться на борт, рассчитывая на снисхождение, тем более что активного участия в бунте они не принимали. Но надежды их оказались тщетными. Эдварде приказал заковать их в кандалы и бросить в трюм. Вскоре разосланные по острову вооруженные группы разыскали и доставили на борт корабля еще 12 мятежников. Пленников посадили в большую решетчатую клетку, выстроенную плотниками на юте «Пандоры». 14 участников мятежа на «Баунти» в последний раз видели своих таитянских жен и детей, оставшихся на берегу. Многие женщины рвали волосы и рыдали от отчаяния. Скоро корабль отошел от Таити. Еще три месяца «Пандора» безуспешно осматривала близлежащие острова в поисках «Баунти». Наконец в августе 1791 года капитан Эдварде направил корабль на поиски прохода через Большой Барьерный риф в Торресов пролив. Тут и случилось несчастье, описание которого Луис Марден нашел в Сиднее в библиотеке Митчела.