Известие о разгроме голландского отряда на Ломбоке, захвате мятежниками обоза, четырех орудий явилось для голландцев страшным позором.
Малыгин понимал, что вскоре на острове появятся мощно вооруженные голландские отряды. День и ночь ломбокцы под его руководством строили укрепления, приводили в порядок брошенные голландцами орудия.
На этот раз к экспедиции на Ломбок голландцы готовились особенно тщательно. В походе против мятежников участвовали «4 батальона, эскадрон, 4 взвода артиллерии (полевой и горной), команда крепостной артиллерии, 4 мортиры — всего 108 офицеров, 2270 нижних чинов и 1800 каторжников из туземцев» (секретное послание в Тайную канцелярию МИД России от 1895 г., дело 65).
Сильные артиллерийские обстрелы, ожесточенные бои велись вокруг хорошо укрепленной крепости Чакранегары почти два месяца. «Сражались все, — сообщал в МИД России Бакунин. — Осажденные поклялись драться до последнего и уже готовили костры, на которых сожгут своих жен и детей, дабы они не попались живыми в руки голландцев...
Накопленные в течение веков сокровища, бесценные изделия ремесла и искусства, уникальные летописи и книги на пальмовых листах, составленные в одном экземпляре, попали в руки голландцев. Кроме того, они завладели сокровищами султана, зарытыми в землю, в числе до 400 кг золота и до 4200 кг серебра. Словом, успех был полный»,
Но человека, чья вина на весах колониальной Фемиды представлялась наиболее тяжкой, не было ни среди мертвых, ни среди раненых. Феттер отправил на его розыски солдат во все концы острова. Шли дни, но о Малыгине ничего не было слышно. Генерал удвоил объявленное за поимку «русского бандита» вознаграждение.
Малыгина предал советник раджи, бежавший вместе с ним. Он давно завидовал особому расположению раджи Агунга к иноземцу.
В январе 1895 года Малыгина в оковах доставили в Сурабайю, где должен был состояться суд. Это событие стало сенсацией не только для голландской прессы. Газеты многих стран запестрели статьями о «русском злодее, главном зачинщике восстания на острове Ломбок».
Следствие было путаным, велось долго. Даниельсон, помогавший Малыгину переправлять оружие, умер во время предварительного заключения в тюрьме. Холмса и Пейджа найти не удалось. Голландцы неоднократно спрашивали Малыгина: «Откуда вы получали такие большие суммы денег?» Ответ был всегда один и тот же: «Я их не украл». Описывается и как выглядел Малыгин: «Русский был одет в серый костюм, вел себя корректно, очень хорошо говорил по-английски. Он сильно похудел за время следствия и часто направлял письма к консулу Бакунину, жалуясь на ужасное с ним обращение в тюрьме».
После четырех месяцев следствия крайне истощенного Малыгина поместили в тюремный лазарет. Он едва передвигался, и его болезненное состояние не вызывало сомнений. Но на следующее утро охрана лазарета обнаружила в палате Малыгина сломанную решетку. Арестант сбежал. В голландских газетах того времени высказывалось предположение, что ему помогла бежать женщина, но имени ее не называлось.
Далеко уйти Малыгину не удалось. Его поймали, заковали в кандалы и до самого приговора держали в них.
Русский консул явно не желал быть причастным к делу своего соотечественника и потому неоднократные просьбы Малыгина игнорировал. Но не посмел ослушаться директора Департамента внутренний сношений МИД Остен-Сакена, который настойчиво «рекомендовал»: «Недурно, если бы русский представитель выказал участие к судьбе русского уроженца, какой бы он ни был... Ваш визит должен произвести некоторое впечатление на голландские власти, и он, быть может, не останется без последствий для судьбы Малыгина».
В ответ Бакунин сообщал: «...Быть может, моя поездка оказалась в конце концов вовсе не бесполезной: смертной казни Малыгин избегнул и приговорен к 20 годам заключения».
Напрасно Бакунин приписал себе лавры освободителя Малыгина. На самом деле, его истинным освободителем от смертной казни явился голландский адвокат ван Гроот. Из материалов, которые впоследствии голландские ученые переслали Е.И.Гневушевой, совершенно очевидно честное и благородное поведение ван Гроота. Основной акцент адвокат сделал на том, что Малыгин — иностранец, российский подданный, и потому судить его за государственную измену нельзя.
После суда российское правительство неоднократно обращалось к голландским властям с нотами о депортации Малыгина в Россию и отбытии им наказания на родине. Два года прошения упорно отклонялись. Все это время «Дело Малыгина» оставалось сенсацией для голландской прессы. В одном из голландских журналов я увидела фотографию Василия Малыгина. Даже не зная его истории, понимаешь, что это неординарная личность. Особенно поражал взгляд — острый и в то же время необычайно добрый и открытый.
Более 700 дней Малыгина держали в кандалах в переполненной зловонной камере в одной из самых ужасных тюрем в Сурабайе.
В августе 1898 года последовала амнистия по случаю совершеннолетия голландской королевы Вильгельмины. Только тогда благодаря настойчивым запросам российского правительства «злокозненного русского» амнистировали с условием, что он навсегда покинет Нидерландскую Ост-Индию. В тот же день его посадили на пароход, уплывавший в Порт-Саид. Оттуда Малыгина доставили, на другом пароходе, в Одессу, а затем — в его родное село Пашканы.
В долгом пути на родину Малыгина сопровождали негласные уведомления о его передвижении.
По прибытии в село Пашканы над Малыгиным был учрежден негласный полицейский надзор...
Наконец я получила ответ на свой запрос из посольства Молдавии: меня ждали в селе Пашканы. Село, где родился Малыгин, лежало в той местности, которую называют «кодры» — в переводе с молдавского «чаща». Пашканы расположились в долине, утопающей в садах. Крутые склоны покрывали густые виноградники.
Бывший директор Пашканской школы Василий Кожохарь охотно согласился помочь мне в нелегких поисках. Он хорошо помнил рассказы современника Малыгина — Ивана Дмитреску. Отец Василия — Пантелеймон Мамалыга (это подлинная фамилия Малыгина) был приходским священником. В полицейских документах того времени написано: «Василий Мамалыга родился 20 мая 1865 года. У него был брат Дмитрий».
— Василия Мамалыгу в селе уважали за грамотный разговор и диковинные рассказы. Знали, что за ним следят жандармы. Три года он прожил у брата Дмитрия. Потом как-то вечером пришел к нам и уговорил моего отца отвезти его в Кишинев. Просил, чтобы никто об этом не знал.
Наутро к нам пришли жандармы и долго допытывались: «Куда делся Мамалыга?» Но ни мы, в селе ничего им не сказали.
Так из Пашкан «Секретно. В Департамент полиции» поступило первое тревожное сообщение: «Малыгин скрылся в неизвестном направлении».
Прошло шесть лет со дня драматических событий на острове Ломбок. В Сингапур был назначен новый консул, представляющий Россию, — барон Кистер.
14 августа 1901 года он сообщил: «Два месяца тому назад, на пароходе Российского общества промышленности и торговли «Диана» из Одессы прибыл в Сингапур русский подданный Василий Малыгин, поступивший на «Диану» в качестве повара».
В ответ в адрес консула Кистера стали поступать телеграммы с требованием приложить все усилия для скорейшего возвращения Малыгина в Россию.
Но Малыгин исчезает из Сингапура и появляется на Малаккском полуострове. А спустя некоторое время неутомимый Малыгин — вновь в Сурабайе. Что заставило его вернуться в город, где он провел самые страшные годы своей жизни?!
Исследователь Гневушева неоднократно обращалась к индонезийским ученым, журналистам, писала в Голландию профессору Вертхейму с просьбой сообщить о дальнейшей судьбе Малыгина. Только в конце 70-х годов она неожиданно получила от профессора Вертхейма копию небольшого объявления, опубликованного в индонезийской газете «Педоман» от 5 января 1961 года. В нем извещалось о смерти госпожи Сити Джохан Малиган, умершей в Сурабайе. Адреса не было указано.
Почему покойная Сити Джохан Малиган носила такую явно не индонезийскую фамилию?!
Много лет назад современник Малыгина, голландский журналист Пала недвусмысленно намекал в своей статье, что в побеге из тюрьмы Малыгину помогала женщина.