Московский университет, создававшийся по образу и подобию европейских, тем не менее не во всем следовал правилам классического университета. Так почти на протяжении полувека Московский университет не имел выборного ректора. Возглавлял учебное заведение директор, назначенный правительством. Он не был выходцем из научной среды, а являлся чиновником довольно высокого ранга, его жалованье в 2—3 раза превосходило оплату работы профессоров. Управляя университетом, директор должен был лишь совещаться с профессорами по вопросам внутриуниверситетской жизни. Первым директором Московского университета стал А.М. Аргамаков, коллежский советник член Комиссии по пересмотру законов. Он недолго пробыл на посту директора, скоропостижно скончавшись в 1757 году, но успел оставить по себе добрую память, как человек, неустанно заботившийся о благополучии первого высшего учебного заведения России. Директор становился посредником между университетом и куратором, который назначался из числа «знатнейших особ государства». Куратор во многом единолично определял все правила, по которым жил университет, назначал преподавателей, утверждал программы лекционных курсов. С момента основания университета и на протяжении следующих 42 лет куратором университета являлся И.И. Шувалов. Среди людей, впоследствии курировавших Московский университет, было немало ярких, неординарных личностей. Достаточно назвать лишь имена М.М. Хераскова – поэта, драматурга и основателя знаменитого университетского театра и М.Н. Муравьева – автора реформы университета 1803 года, благодаря которой он стал превращаться в «ученую республику» и обрел первого избранного ректора. Им стал профессор Х.А. Чеботарев, историк и географ. В разное время пост ректора занимали такие выдающиеся личности, как академик М.Т. Каченовский (1837—1842 годы), академик С.М. Соловьев (1871—1877 годы), доктор философии князь С.Н. Трубецкой (1905 год).
Важной особенностью Московского университета была его автономность – он подчинялся Сенату, а «принадлежащие университету чины» освобождались от полицейских повинностей и были подвластны лишь университетскому суду.
С самого момента основания Московского университета в его деятельности наметились важные тенденции, получившие дальнейшее развитие и сохранившиеся в том или ином виде до сегодняшнего дня. Уже в подписанном императрицей Елизаветой Петровной указе были намечены основные вехи, определившие характер и суть российского университета.
В XVIII веке традиционным языком преподавания в европейских университетах была латынь, свободное владение ею придавало характер некоей кастовости университетским профессорам и студентам. Но не только отказ от исключительности латинского языка был важен. Важно было избавиться и от других иностранных языков, прежде всего немецкого, господствовавших в то время в российской науке благодаря обилию профессоров-немцев – из-за нехватки собственных кадров поначалу университетских преподавателей пригашали из-за границы, но именно создание российской науки было задачей первого российского университета. На первой лекции, прочитанной в университете, ученик М.В. Ломоносова, один из первых профессоров-россиян Н.Н. Поповский, заявил: «Нет такой мысли, кою бы по-российски изъяснить было невозможно». В то время это надо было доказывать. Интересно, что окончательно вопрос о языке преподавания решила немка Екатерина II, издавшая в 1768 году указ, предписывавший читать лекции «природными россиянами на российском зыке».
В России университет изначально носил светский характер, что существенно отразилось на системе образования, направленной на развитие светской науки. На нем отсутствовали богословский факультет, церковная цензура, вмешательство Синода. Безусловно, такие предметы, как закон Божий, занимали значительное место в учебной программе, но несли в себе не столько образовательную, сколько воспитательную функцию.
С самого начала университетское образование носило демократичный характер, к обучению не принимали лишь крепостных крестьян, все же остальные могли стать студентами и становились. Во второй половине XVIII века из 26 профессоров только 3 были из дворянского сословия. Что же касается студентов, то еще при жизни Ломоносова 30 студентов и 100 гимназистов университетской гимназии находились на казенном содержании. И в дальнейшем так называемые казеннокоштные студенты содержались за счет государства.