«Аптекарский дом» вместил лекционные аудитории, общежитие для казеннокоштных (находящихся на содержании казны студентов), помещения администрации, «физическую камеру», анатомический театр, минералогический кабинет, химическую лабораторию, обсерваторию, типографию. С 1756 года начала действовать книжная лавка. Находившаяся в этом же здании университетская библиотека была открыта «для любителей науки и охотников чтения каждую среду и субботу с двух до пяти часов». Однако, пожалуй, самым популярным новшеством оказался общедоступный университетский театр, где играли профессионалы и любители.
Первое университетское здание было тесно изначально, с увеличением числа студентов и преумножением коллекций неудобство становилось невыносимым. Уже в 1756 году для университета наняли, а затем купили трехэтажный дом князя Репнина на углу Моховой и Никитской улиц. Строительство новых помещений было неизбежным. Профессора ратовали за расположение построек поблизости, но вне стен Москвы. Однако выбор места и архитектора строительства университетских зданий принадлежал императрице. В «архитектурном театре» Москвы, запечатленном в «Прожектированном плане» 1775 года, Моховая и проектируемая площадь перед Кремлем – важнейшая сцена, а здание университета – один из ведущих актеров. Сегодня редко кто вспоминает, что проект нового университета сначала представил В.И. Баженов. Однако его предложение было отвергнуто, а разработку проекта университетских зданий поручили знаменитому М.Ф. Казакову. Подготовительные работы начались в 1770-е годы, а поиск окончательного архитектурного решения продолжался до 1786 года. Зодчим было создано 3 проекта – они отразили общую эволюцию классицизма к предельной строгости и обобщенности форм. В 1782—1784 годах возвели боковые крылья. С 1786 года велось строительство центральной части комплекса. Необходимый кирпич доставлялся с принадлежащего куратору университета М.М. Хераскову завода у Воробьевых гор, белый камень – из села Мячкова, а щебенку – из района современного Гоголевского бульвара, где разбирали стену Белого города. Торжественное открытие университетского дома состоялось 12 августа 1793 года.
Реалии того времени требовали совмещения в одном комплексе учебных, жилых и обслуживающих их хозяйственных помещений. Этому лучше всего соответствовала усадебная схема: здание «покоем», главный дом в глубине парадного двора («курдонера»), симметричные флигели с двух сторон, практичный тыльный двор со входами в главное здание и в крылья. Как «казенный дом ее императорского величества» университет должен был иметь все дворцовые атрибуты: монументальное здание, подчиняющее себе окружающую среду, доведено почти до идеальной симметрии планировки, центральные залы бельэтажа выстроены парадной анфиладой и предназначены для торжественных светских церемоний. Назначение же университета – быть хранилищем наук и просвещения – делало постройку символичной, воплощающей представление о получении образования как о долге и служении. Центром композиции, своего рода алтарем, стал Актовый зал (Большая аудитория). Он занимал два этажа (хоры выходили на 4-й) и был обрамлен ионической колоннадой. Две боковые двери вели в большие двусветные залы с галереями: библиотеку справа и кабинет естественной истории слева. В Актовом зале не устраивали ни спектаклей, ни маскарадов, ни танцев. Здесь произносили торжественные речи на Татьянин день, раздавали шпаги произведенным в студенты, награждали лучших медалями и книгами с приглашением всех «охотников до наук». Положение зала Казаков выделил плоским куполом, а на фасаде – 8-колонным ионическим портиком. Во внешних углах здания архитектор расположил малые круглые залы. На втором этаже находились 16 маленьких «камер» и одна большая «казарма», в каждой помещалось студентов «числом по стольку, по скольку было окошек в покое». Здесь же были столовые, в них устраивались танцы по праздникам и маскарады. На втором этаже находился и протяженный вестибюль парадной лестницы, именно он образовывал собой сцену и партер для театральных представлений.