Классицизм отводил функции подчиненное место, к удобствам относилось лишь одно принципиальное новшество – расположение комнат по обе стороны коридора, что позволяло рациональнее использовать внутреннее пространство. Однако за день ученик должен был не менее 14 раз пройти двором и не менее 4 раз взбежать по лестнице. Сами аудитории имели вид обычных классов с грифельными досками, скамьи стояли по обе стороны от длинных столов, впереди стола ставились кресла для преподавателей. Только одна «физическая зала» была устроена амфитеатром.
Университетский дом стал частью жизни города и вместе с городом пережил 1812 год. Почти все университетские постройки сгорели во время пожара. И хотя в августе 1813 года было объявлено о начале занятий, из-за масштабов разрушения к восстановлению университетского дома приступили только через 5 лет. Работами руководил Д. Жилярди. 5 июля 1819 года состоялось торжественное открытие реконструированного здания.
Жилярди сохранил композиционно-планировочное решение М.Ф. Казакова. Парадные фасады получили формы московского ампира. Карнизы, тяги, стены стали гладкими, активно использовался декор (работы скульптора Г.Т. Замараева), варьирующий тему военной победы и покровительства императора. Главный портик получил дорический ордер. Купол был повышен на 6,5 м.
Помещения в целом были сохранены, хотя и с некоторыми изменениями. После пожара не восстанавливалась в казаковском здании церковь. Изменились пропорции колонн Актового зала, выше стали арочные окна. С той поры сохранились росписи зала, сделанные по рисункам Жилярди, прославляющие науки и искусства, где аллегории соседствуют со знаковыми фигурами античности.
С восстановлением дома на Моховой получает новую жизнь университетский квартал Москвы – постепенно возводятся новые корпуса. На Моховой (ныне дом № 9) усадьба Пашковых в 1830-е годы перестраивается под руководством архитектора Е.Д. Тюрина под Аудиторный корпус, в 1904—1905 годах он был реконструирован К.М. Быковским.
Во второй половине XIX – начале XX века продолжали возникать новые учебные, научные, жилые постройки. Всего до недавнего времени насчитывалось до 20 зданий. Самые яркие из них – Фундаментальная библиотека (Моховая, 8), построенная к 1905 году по проекту К.М. Быковского в «неоренессансном» стиле. По проекту того же архитектора в 1898—1902 годах были возведены здания ботанического факультета и Зоологического музея (Большая Никитская, 4—6), отличительной особенностью их стал «ботанический» и «зоологический» декор. Наиболее стройным и строгим стало здание Геологического музея (Моховая, 11) 1912—1918 годов. Научная сторона проекта разрабатывалась А.П. Павловым и В.И. Вернадским в 1905—1907 годах, а архитектурное решение принадлежит Р.И. Клейну.
В начале XIX века университет шагнул за пределы окрестностей Моховой. В 1805 году Аптекарский огород на 1-й Мещанской превратился в университетский ботанический сад. С 1831 года действует обсерватория на Пресне. В 1887—1897 годах был создан уникальный по тем временам комплекс клиник на Девичьем поле. В 1912 году на Волхонке открылся Музей изящных искусств, созданный по инициативе профессора теории и истории изящных искусств Московского университета И.В. Цветаева.
Первые кандидаты в студенты по приказу Синода были набраны из числа слушателей Славяно-греко-латинской академии и семинарий, знавших латинский и славянский языки, а также знакомых с основами литературы и арифметики. После устного экзамена, который, пользуясь современной терминологией, можно назвать собеседованием, двое претендентов из Белгородской семинарии были отосланы назад, с указанием прислать других – «самоохотных, а не с принуждением»… Таким образом, к обучению было допущено 25 человек. История сохранила для нас имена тех, кому предстояло первыми войти в университетские аудитории. 25 мая 1755 года из Московской духовной Заиконоспасской академии для обучения прибыли 6 человек: Петр Дмитриев (Вениаминов), Семен Герасимов (Зыбелин), Данила Яковлев (Ястребов), Петр Семенов, Василий Алексеев (Троепольский), Иван Алексеев. Остальные 19 в стенах университета появились немногим позже.