Лекции читались как утром, с 8 до 12 часов, так и вечером, с 14 до 18 часов. Каждая лекция длилась один час. Кроме того некоторые профессора еще устраивали у себя на квартирах приватные занятия. Интересно, что, например, в начале XIX века такое понятие, как «учебный план», было довольно расплывчатым – студенты зачастую сами составляли себе список профессоров, занятия которых они собирались посещать. Поэтому большинство студентов, за исключением медиков, слушали лекции сразу на нескольких факультетах.
Несмотря на разного рода строгости и периодические попытки ужесточить университетскую дисциплину, студенты всегда стремились обойти запреты. Обычной причиной отлучек была необходимость обедать и покупать продукты вне университета. Студентов невозможно было изолировать от жизни города, где было немало соблазнов – одних только трактиров и питейных заведений в Белом городе, по описаниям конца XVIII века, насчитывалось более 30. Особое неудовольствие университетского начальства вызывали кулачные бои, проходившие на Неглинной, в которых студенты регулярно сражались стенка на стенку с бурсаками духовной академии. Все провинности студентов рассматривала профессорская Конференция, которая могла отчислить из университета на определенное время или даже навсегда.
Началом учебного года считалось 17 августа, окончанием – 28 июня. Летом и зимой, от рождественских до крещенских праздников, студенты расходились на каникулы, а профессора уезжали инспектировать училища своего учебного округа. По окончании занятий проходили публичные экзамены и торжественный акт. В ту пору публичные экзамены не имели для студентов никаких последствий. Это была своего рода форма отчета профессуры перед московской публикой. Действительно серьезным испытанием считался экзамен на ученую степень кандидата – к нему начинали готовиться года за полтора. Для успешной сдачи этого экзамена необходимо было продемонстрировать знания всех дисциплин своего отделения и написать диссертацию на тему, заданную Советом факультета.
На протяжении довольно длительного времени после открытия университета студенты должны были в конце каждого полугодия проводить публичные диспуты. А самая первая экзаменационная сессия состоялась летом 1766 года по распоряжению куратора университета В.Е. Ададурова, который таким образом исполнял указ Екатерины II о ежегодных отчетах об успехах студентов. Экзамен проводился для всех студентов по изучаемым ими дисциплинам. Куратор лично в присутствии профессоров намеревался испытывать знания обучавшихся в университете. Ради удобства Ададурова, который должен был присутствовать на заседании в Сенате, экзамен был назначен на 6 часов утра.
Учебный год по традиции завершался заседанием Совета университета – торжественным актом, который являлся праздничным событием для всего московского общества. В этот день в Большую университетскую аудиторию приглашались весь цвет московской знати, представители древних дворянских фамилий, все, кто был неравнодушен к судьбе университета. Публику развлекали музыканты, лучшие усадебные капеллы, университетский хор, которым аккомпанировал орган. С речами к собравшимся обращались профессора, в торжественной обстановке оглашались имена тех, кому присваивались звания докторов, магистров, кандидатов, награждались лучшие студенты и гимназисты, вновь испеченные студенты получали шпаги.
Все, кто учился и работал в Московском университете, всегда составляли особую касту. Так повелось с самых первых лет существования университета, когда принадлежность к этому учебному заведению подчеркивалась мундиром – его носили преподаватели, студенты и хозяйственный персонал. Университетские мундиры были сшиты из сукна темно-зеленого цвета с красными воротниками, обшлагами и подбоем. Посеребренные пуговицы мундира украшались государственным гербом. Кроме того, студентам и учащимся университетской гимназии предписывалось носить напудренный парик и шляпу. Мундир был не только одним из корпоративных признаков, он уравнивал имущественные различия между студентами, способствуя формированию особой атмосферы университетского братства. Еще одним важным событием для каждого молодого человека, принятого в Московский университет, была выдача шпаги при производстве в студенты. И пусть мундир и шпага имели лишь символическое значение, но они демонстрировали благородство просвещенных, возводили образование в ранг одной из самых важных ценностей государства. Конечно, в повседневной жизни далеко не все студенты, особенно выходцы из богатых дворянских семей, придерживались правила носить мундир и шпагу, но подобное облачение было непременным атрибутом всех торжественных университетских мероприятий.