Вскоре дела на Дальнем Востоке осложнились тем, что «насущные интересы русского народа» узурпировала горсть коммерческо-политических проходимцев. В 1896 году владивостокский купец Бринер получил от корейского правительства концессию на эксплуатацию лесов по берегам Ялу – пограничной реки между Кореей и Китаем. Бринер организовал Корейскую лесную компанию, но, не сумев наладить ее работу, продал дело отставному полковнику А.М. Безобразову, имевшему большие связи в самых высших сферах Петербурга. Безобразову, в свою очередь, удалось заинтересовать министра внутренних дел Вячеслава Константиновича Плеве. Заручившись покровительством Плеве, А.М. Безобразов обратился непосредственно к царю и убедил его в возможности при содействии частного, но втайне протежируемого правительством коммерческого предприятия фактически завладеть Кореей.
Очень скоро японское правительство усмотрело в бурной и безалаберной деятельности компании угрозу своим геополитическим интересам на Корейском полуострове. Начались переговоры между Россией и Японией о соглашении интересов. Россия, восточная политика которой почти целиком определялась закулисными советниками в лице отставных кавалергардов, следовала своему опасному курсу в уверенности, что Япония воевать не решится.
Осенью 1901 года в Петербург приехал известный государственный деятель Японии маркиз Ито. В российской столице он вел полуофициальные переговоры, был принят царем, встретился с министром иностранных дел В.Н. Ламздорфом и министром финансов С.Ю. Витте. Ито утверждал, будто единственным предметом раздора между двумя империями служит Корея. От себя лично он предложил проект соглашения о Корее, который, по заключению Ламздорфа, предоставлял эту страну «в полное распоряжение Японии, обращая ее независимость в пустой звук». Для Ито отрицательный результат стал очевиден уже в ходе объяснений с Ламздорфом и Витте. Не случайно он уехал из России в Париж, не дождавшись письменного ответа, и русский контрпроект, не признававший за Японией свободы действий в Корее «в политическом отношении», был послан ему вслед. В нем же от Токио требовалось признание преимущественных прав России во всех прилегающих к русской границе областях Китая. В Петербурге рассчитывали, что во Франции дело русско-японского урегулирования продолжит министр иностранных дел Делькассе, однако Ито не стал дожидаться министра, который как раз в это время отсутствовал в Париже, и вместо этого отправился в Лондон.
Непонятное для русской дипломатии поведение японского сановника разъяснилось 30 января 1902 года, когда японский посланник в Петербурге сообщил о заключении его страной союзного договора с Англией. Есть точка зрения, что здесь сыграло свою роль и то обстоятельство, что перспективы займа на французском рынке, содействовать которому обещал Витте, для Японии оказались неблагоприятными, между тем как Лондон охотно пошел навстречу финансовой операции, сулившей политические выгоды». В марте 1902 года из Токио последовало предложение России заключить конвенцию о разграничении сфер интересов на Дальнем Востоке. Сама формулировка давала понять, что Япония не намерена ограничить свои притязания одной Кореей. Заключив союз, который позволял в случае войны с Россией избежать вмешательства третьих стран, и заручившись моральной и экономической поддержкой США, Япония быстрыми темпами создавала армию и флот. Страницы японских газет наводнились карикатурными рисунками на самые злободневные политические сюжеты. Россия на этих карикатурах изображалась в виде сильного и агрессивного зверя, медведя или тигра, тогда как Япония представлялась маленьким беззащитным зверьком или хрупким солдатиком.
Бытует мнение, что образ Японии как маленькой неразвитой восточной страны помешал России правильно оценить перемены, произошедшие там после революции 1867—1868 годов, что стремительный рост японского милитаризма не вызвал адекватной реакции в России, руководство которой находилось во власти пацифистских настроений состоявшейся в 1899 году Гаагской мирной конференции, созванной по предложению российского министра иностранных дел Михаила Николаевича Муравьева. Это верно лишь отчасти. Просто, как писал Б.А. Штейфон, сам прошедший школу маньчжурского позора, военные мероприятия России на Дальнем Востоке «далеко не соответствовали обширным замыслам политики». За шесть недель до войны генерал А.Н. Куропаткин, которому вскоре предстояло сыграть столь печальную роль в руководстве русской армией, поразил одного своего высокопоставленного собеседника следующим замечанием: «Нам выгоднее отдать японцам Южно-Китайскую железную дорогу, даже Порт-Артур, чем рисковать войной». Безусловным является лишь то, что решения огромной государственной важности принимались в Петербурге без широкого обсуждения или вопреки мнениям полномочных членов правительства. На Особом совещании по вопросу о концессиях на реке Ялу «безобразовцы» окончательно сломили упрямство «паршивого триумвирата», как они называли министра финансов Сергея Витте, военного министра Алексея Куропаткина и министра иностранных дел Владимира Ламздорфа. Было признано излишним стеснять деятельность компании исключительно лесозаготовками и придать ей по-настоящему имперский размах. Якобы для охраны лесорубов предполагали даже ввести в район реки Ялу военные отряды. Несмотря на то что Витте и Ламздорф наотрез отказались подписать журнал совещания в таком виде, Николай все же его утвердил. Назначенный статс-секретарем Безобразов организовал Восточно-Азиатскую промышленную компанию и привлек в нее столь высокопоставленных лиц, что предприятие, официально являвшееся частным, негласно получило статус «государственного».
30 июля 1903 года «Правительственный вестник» сообщил об учреждении на Дальнем Востоке отдельного наместничества со штаб-квартирой в Порт-Артуре. Наместник подчинялся непосредственно царю, а для координации своих действий с Комитетом министров имел в Петербурге Особый комитет по делам Дальнего Востока, который возглавлял приятель Безобразова контр-адмирал А.М. Абаза. Поборника мира на Дальнем Востоке С.Ю. Витте убрали с поста министра финансов, недовольный А.Н. Куропаткин, занимавший пост военного министра, подал прошение об отставке.
В день учреждения на Дальнем Востоке наместничества возобновились переговоры между Россией и Японией о разделе сфер влияния в Корее и Маньчжурии. Россия требовала от Японии решительного заявления о том, что «Маньчжурия находится за пределами японских интересов». Переговоры шли через наместника на Дальнем Востоке Е.И. Алексеева и российского посла в Токио Р.Р. Розена. Правительство микадо настаивало на включении в соглашение особого пункта о Маньчжурии, тем более что 8 октября (н. ст.) 1903 года по российской договоренности с Китаем истекал срок эвакуации оттуда русских войск. Однако в конце концов Николай под влиянием «безобразовцев» принял решение оставить войска в Маньчжурии еще на три года, а если и отводить их, то не на территорию России, а в полосу отчуждения КВЖД. Из Порт-Артура в корейский порт Чемульпо, или иначе – Инчхон, были высланы военные корабли российского флота с заданием обеспечить охрану находящегося там русского консульства, а заодно и посольства в Сеуле. Алексеев предложил даже атаковать японский флот в случае высадки войск микадо в Корее, но Николай на это не согласился.
Поздней осенью 1903 года Россия и Япония еще обменивались нотами, однако последняя посчитала, что переговоры больше не имеют смысла. Наместник Е.И. Алексеев доносил в Петербург о создании в Японии Главной квартиры и других мерах по подготовке нападения на Россию. 15 декабря царь созвал совещание, чтобы обсудить предложение Алексеева, который предлагал прервать переговоры из-за неуступчивости японцев. И на этот раз Куропаткину и Ламздорфу удалось отстоять курс на продолжение поисков компромисса. Японии были сообщены измененные предложения, содержавшие некоторые уступки. Но очередная японская нота от 31 декабря 1903 года была больше похожа на ультиматум: Россия должна исключить Корею из сферы своих интересов и признать территориальную неприкосновенность Маньчжурии и Китая. «Мы сидели после завтрака в кабинете государя, курили и разговаривали о незначительных вещах, – вспоминал великий князь Александр Михайлович. – Императрица была беременна, и Никки надеялся, что на этот раз родится мальчик. Он ни слова не говорил о положении на Дальнем Востоке и казался веселым. Это была его обычная манера избегать разговоров на неприятные темы. Я насторожился. „В народе идут толки о близости войны, – сказал я. Государь продолжал курить. – Ты все еще намерен избегнуть войны во что бы то ни стало?“ – „Нет никакого основания говорить о войне“, – сухо ответил он. „Но каким способом ты надеешься предотвратить объявление войны японцами, если ты не согласишься на их требования?“ – „Японцы нам войны не объявят“. – „Почему?“ – „Они не посмеют“. – „Что же, ты примешь требования Японии?“ – „Это становится наконец скучным. Я тебя уверяю, что войны не будет ни с Японией, ни с кем бы то ни было“. – „Дай-то Бог!“ – „Это так и есть!“