Реалии того времени требовали совмещения в одном комплексе учебных, жилых и обслуживающих их хозяйственных помещений. Этому лучше всего соответствовала усадебная схема: здание «покоем», главный дом в глубине парадного двора («курдонера»), симметричные флигели с двух сторон, практичный тыльный двор со входами в главное здание и в крылья. Как «казенный дом ее императорского величества» университет должен был иметь все дворцовые атрибуты: монументальное здание, подчиняющее себе окружающую среду, доведено почти до идеальной симметрии планировки, центральные залы бельэтажа выстроены парадной анфиладой и предназначены для торжественных светских церемоний. Назначение же университета – быть хранилищем наук и просвещения – делало постройку символичной, воплощающей представление о получении образования как о долге и служении. Центром композиции, своего рода алтарем, стал Актовый зал (Большая аудитория). Он занимал два этажа (хоры выходили на 4-й) и был обрамлен ионической колоннадой. Две боковые двери вели в большие двусветные залы с галереями: библиотеку справа и кабинет естественной истории слева. В Актовом зале не устраивали ни спектаклей, ни маскарадов, ни танцев. Здесь произносили торжественные речи на Татьянин день, раздавали шпаги произведенным в студенты, награждали лучших медалями и книгами с приглашением всех «охотников до наук». Положение зала Казаков выделил плоским куполом, а на фасаде – 8-колонным ионическим портиком. Во внешних углах здания архитектор расположил малые круглые залы. На втором этаже находились 16 маленьких «камер» и одна большая «казарма», в каждой помещалось студентов «числом по стольку, по скольку было окошек в покое». Здесь же были столовые, в них устраивались танцы по праздникам и маскарады. На втором этаже находился и протяженный вестибюль парадной лестницы, именно он образовывал собой сцену и партер для театральных представлений.
Классицизм отводил функции подчиненное место, к удобствам относилось лишь одно принципиальное новшество – расположение комнат по обе стороны коридора, что позволяло рациональнее использовать внутреннее пространство. Однако за день ученик должен был не менее 14 раз пройти двором и не менее 4 раз взбежать по лестнице. Сами аудитории имели вид обычных классов с грифельными досками, скамьи стояли по обе стороны от длинных столов, впереди стола ставились кресла для преподавателей. Только одна «физическая зала» была устроена амфитеатром.
Университетский дом стал частью жизни города и вместе с городом пережил 1812 год. Почти все университетские постройки сгорели во время пожара. И хотя в августе 1813 года было объявлено о начале занятий, из-за масштабов разрушения к восстановлению университетского дома приступили только через 5 лет. Работами руководил Д. Жилярди. 5 июля 1819 года состоялось торжественное открытие реконструированного здания.
Жилярди сохранил композиционно-планировочное решение М.Ф. Казакова. Парадные фасады получили формы московского ампира. Карнизы, тяги, стены стали гладкими, активно использовался декор (работы скульптора Г.Т. Замараева), варьирующий тему военной победы и покровительства императора. Главный портик получил дорический ордер. Купол был повышен на 6,5 м.
Помещения в целом были сохранены, хотя и с некоторыми изменениями. После пожара не восстанавливалась в казаковском здании церковь. Изменились пропорции колонн Актового зала, выше стали арочные окна. С той поры сохранились росписи зала, сделанные по рисункам Жилярди, прославляющие науки и искусства, где аллегории соседствуют со знаковыми фигурами античности.
С восстановлением дома на Моховой получает новую жизнь университетский квартал Москвы – постепенно возводятся новые корпуса. На Моховой (ныне дом № 9) усадьба Пашковых в 1830-е годы перестраивается под руководством архитектора Е.Д. Тюрина под Аудиторный корпус, в 1904—1905 годах он был реконструирован К.М. Быковским.
Во второй половине XIX – начале XX века продолжали возникать новые учебные, научные, жилые постройки. Всего до недавнего времени насчитывалось до 20 зданий. Самые яркие из них – Фундаментальная библиотека (Моховая, 8), построенная к 1905 году по проекту К.М. Быковского в «неоренессансном» стиле. По проекту того же архитектора в 1898—1902 годах были возведены здания ботанического факультета и Зоологического музея (Большая Никитская, 4—6), отличительной особенностью их стал «ботанический» и «зоологический» декор. Наиболее стройным и строгим стало здание Геологического музея (Моховая, 11) 1912—1918 годов. Научная сторона проекта разрабатывалась А.П. Павловым и В.И. Вернадским в 1905—1907 годах, а архитектурное решение принадлежит Р.И. Клейну.
В начале XIX века университет шагнул за пределы окрестностей Моховой. В 1805 году Аптекарский огород на 1-й Мещанской превратился в университетский ботанический сад. С 1831 года действует обсерватория на Пресне. В 1887—1897 годах был создан уникальный по тем временам комплекс клиник на Девичьем поле. В 1912 году на Волхонке открылся Музей изящных искусств, созданный по инициативе профессора теории и истории изящных искусств Московского университета И.В. Цветаева.
Первые кандидаты в студенты по приказу Синода были набраны из числа слушателей Славяно-греко-латинской академии и семинарий, знавших латинский и славянский языки, а также знакомых с основами литературы и арифметики. После устного экзамена, который, пользуясь современной терминологией, можно назвать собеседованием, двое претендентов из Белгородской семинарии были отосланы назад, с указанием прислать других – «самоохотных, а не с принуждением»… Таким образом, к обучению было допущено 25 человек. История сохранила для нас имена тех, кому предстояло первыми войти в университетские аудитории. 25 мая 1755 года из Московской духовной Заиконоспасской академии для обучения прибыли 6 человек: Петр Дмитриев (Вениаминов), Семен Герасимов (Зыбелин), Данила Яковлев (Ястребов), Петр Семенов, Василий Алексеев (Троепольский), Иван Алексеев. Остальные 19 в стенах университета появились немногим позже.
Студенты, находившиеся на казенном содержании, получали 40 рублей в год. Преподавательский состав представляли 10 профессоров, из которых 8 пригласили из-за границы. Их основной обязанностью было чтение лекций 6 дней в неделю «по крайней мере, два часа в день, выключая воскресные и в табели предписанные праздничные дни». Для первых студентов лекции читали профессор Н.Н. Поповский – по основам красноречия и стиля латинского и российского языков, профессор И.Г. Фроманн – по метафизике и нравственной философии, профессор А.А. Барсов – по арифметике и геометрии, доктор Ф.Г. Дильтей – по всеобщей истории и праву. По прослушанным курсам студенты должны были представить своим профессорам специальные работы.
Если на первых порах при поступлении в университет достаточно было выдержать «собеседование», то уже в начале XIX века требовался аттестат об окончании какого-либо учебного заведения. Тем, кто его не имел, предстояло держать экзамен перед комиссией, назначенной ректором. Это правило, безусловное для разночинцев, не часто применялось по отношению к молодым дворянам, вопрос о приеме которых в университет обычно решался приватно. Сохранилось воспоминание одного студента-дворянина В.И. Лыкошина, иллюстрирующее вполне типичную для начала XIX века процедуру «зачисления» в университет. «В назначенный день съехались к нам к обеду профессора: Гейм, Баузе, Рейнгард, Маттеи… За десертом и распивая кофе профессора были так любезны, что предложили Моберу (гувернеру Лыкошиных. – Прим. ред.) сделать нам несколько вопросов; помню, что я довольно удачно отвечал, кто был Александр Македонский и как именуется столица Франции и т. п. Но брат Александр при первом сделанном ему вопросе заплакал. Этим кончился экзамен, по которому приняты мы были студентами, с правом носить шпагу; мне было 13, а брату 11 лет». Для так называемого реформированного университета (в 1804 году был принят его новый Устав) столь ранний прием в число студентов был делом обычным – для юных дворян поступление в университет означало автоматическое причисление сразу же к 14му классу (согласно Табели о рангах), а окончание этого учебного заведения – к 12-му. В 1812 году по причине массового наплыва желающих учиться в Московском университете ректор вознамерился ужесточить правила приема, но на деле практика зачисления для разночинцев и дворян существенно не менялась. В число студентов также принимались выпускники университетской гимназии, для которых выпускные экзамены становились пропуском в аудитории университета.