Последнее, что оставалось сделать Джонсу, — это захватить или уничтожить севшие на мель корабли противника. «На рассвете 18-го, — докладывает он Черноморскому адмиралтейству, — генерал кавалер Суворов прислал ко мне просить силы, чтобы захватить или сжечь девять турецких кораблей, севших на мель у Очаковской косы. Остальной турецкий флот спасся бегством... Нельзя не восхищаться... отвагой русских, которая тем достославнее, что это сознательное мужество, а не показная удаль».
За столь блестящую победу Поль Джонс был награжден орденом Св.Анны.
После разгрома турецкого флота Очаков оказался полностью блокирован. Боевые действия на море в Лимане практически закончились. Теперь судьба крепости была в руках солдат Суворова. 9 декабря 1788 года Очаков пал. К сожалению, участвовать в штурме Джонсу не пришлось. По распоряжению императрицы он был отозван в Петербург. Что толкнуло Екатерину II на такой шаг? Обстановка на Балтике осложнялась. Швеция объявила войну России. Флот противника вошел в Финский залив и угрожал столице. В дополнение ко всему 15 октября в море на флагманском корабле «Ростислав» неожиданно умер С.Грейг. Его смерть и явилась непосредственной причиной отъезда П.Джонса с Черного моря. В Кронштадте и Петербурге прошел слух — Джонс едет на место Грейга. И снова встревожились англичане — «пират-янки» командующий Балтийским флотом?!
Планируя по пути в Петербург заехать в Варшаву, Джонс направляется в Киев. Здесь он встречается с молодым, но уже известным генералом М.И.Кутузовым. Тот только что оправился от тяжелого ранения, полученного под Очаковом, и тоже ехал в Петербург. Его сопровождали Л.Л.Беннигсон и совсем еще молодой П.И.Багратион. Встреча с боевыми соратниками была неожиданной и приятной. По предложению М.И.Кутузова решили ехать вместе. И вот после короткого отдыха в Киеве все четверо отправляются в путь. Маршрут выбрали — Минск, Двинск, Псков. Дорога зимняя — санная кибитка, резвая тройка да звонкие бубенцы. Ехали не спеша. В каждом городе останавливались на день, на два. В гостеприимном Пскове задержались почти на неделю. Наконец к вечеру 28 декабря добрались до Петербурга. Столица готовилась к встрече Нового, 1789 года. Война войной, а жизнь в Петербурге шла обычным порядком. Скованные льдом корабли стояли разоруженные в своих гаванях. Впереди были новогодние и рождественские праздники. Что оставалось делать адмиралу? Только включиться в светскую жизнь столицы. Так он и сделал.
Адмирал остановился в дорогих номерах одной из лучших гостиниц. Был принят ко двору. Его денежные расходы в дополнение к жалованью щедро оплачивались казной. Да и вообще герой Очакова, американский моряк Поль Джонс, постоянно находился в центре внимания петербургского общества. Очевидно, именно к этому времени относится и его портрет, исполненный неизвестным автором в виде миниатюры и приобретенный императорским Эрмитажем. Пожалуй, единственное, что могло настораживать адмирала в это время, — отсутствие определенности в дальнейшей службе. Хотя назначение П.Джонса на Балтику и обсуждалось открыто в Адмиралтействе, но решения императрицы все еще не было. Судя по всему, императрица колебалась — британское лобби в российской столице было достаточно сильное. И все же жаловаться на отношение императрицы, чиновничьего Петербурга и света в целом у Джонса не было никаких оснований.
Но случай, происшедший с адмиралом в гостинице на Большой Морской, где он остановился, положил начало концу его службе в России...
Вот что об этом писал сам Джонс. «Несколько дней тому назад ко мне в номер постучала девица. Портье сказал, что это якобы дочь женщины, зарабатывающей починкой одежды, и она интересуется, нет ли у меня работы. Как только девица вошла в приемную, она повела себя непристойно. Меня поразила ее нескромность, и я посоветовал ей не заниматься такими делами. Дав из жалости рубль, я попытался выпроводить ее из номера. Однако в тот момент, когда я открыл дверь, распутница сбросила с головы платок и, стараясь сорвать с себя кофту, начала громко кричать. На лестничной площадке она бросилась к пожилой женщине, которая оказалась там явно не случайно. К ней она обращалась как к матери. Затем они обе вышли на улицу — Большую Морскую, где продолжали громко обвинять меня, привлекая внимание прохожих... Свидетелем всего этого был портье...»