Подобных приготовлений Ямайка еще не видела: со всего Карибского моря на остров стекались флибустьеры, к которым присоединились и буканьеры (охотники). И вскоре был создан, без преувеличения, грандиозный флот: 37 больших кораблей, самый крупный из которых имел на борту 32 пушки. Морган, присвоив себе титул адмирала, поднял на флагманском корабле королевский английский флаг и организовал принятие присяги. От губернатора Ямайки он получил патенты и каперские свидетельства следующего содержания: «Всеми способами поступать вражески с испанцами на суше и на море, поскольку они суть отъявленные враги его величества короля английского».
Когда все приготовления были закончены, Морган честно рассказал флибустьерам, ради чего была проделана столь грандиозная работа. Он понимал, что теперь его замысел воспримется правильно.
Чтобы не подвергать людей долгому и утомительному плаванию вокруг Южной Америки, Морган решил посуху пересечь Панамский перешеек, чтобы внезапно атаковать город с суши. Четыре корабля были отправлены вперед — на штурм форта Чагре, откуда и должен был начаться поход. Через несколько часов боя форт удалось поджечь. Испанцы бежали, а пираты заняли город.
Оставив в Чагре мощный гарнизон, 18 января 1671 года пираты двинулись на Панаму. Чтобы взять с собой как можно больше боеприпасов, провиант решили добывать по пути, однако испанцы, узнавшие об этом, стали применять тактику выжженной земли: их колонисты покидали свои дома, уводя с собой скот и унося все съестные припасы. Так что переход пиратской флотилии через Панамский перешеек превратился в «голодный» марш.
Наконец наступил тот день, когда флибустьеры увидели океан и башни Панамы.
...Утром 27 января 1671 года Морган отдал приказ выступить на штурм города. Измотанным и оголодавшим пиратам противостоял гарнизон в 2 400 пехотинцев и 400 кавалеристов, а также несколько сот индейцев и негров, управлявших стадом в 2 000 диких быков. Во главе этого войска, расположившегося на равнине перед городом, стоял сам губернатор Дон Гусман. Испанцы, вдвое превосходившие неприятеля силами, практически не сомневались в победе. Однако решающее двухчасовое сражение закончилось полной победой пиратов. В тот же самый день после кровопролитного штурма, стоившего пиратам огромных жертв, Панама была взята и победители вошли в город.
Но их ждало сильнейшее разочарование — самые богатые жители, заранее покинув город, прихватили с собой все самые ценные вещи. Почти все испанские корабли, стоявшие в гавани, были затоплены. Все это привело Моргана в такую ярость, что он незамедлительно отдал приказ сжечь Панаму дотла. Город сначала горел, а потом тлел четыре недели, пираты продолжали грабить развалины, унося все уцелевшее добро, а еще ловили и жестоко пытали горожан, бежавших в окрестные леса, желая дознаться, где при отходе было спрятано золото. Было также решено догнать и захватить так называемый «золотой галион», на котором находились основное количество вывезенных из Панамы драгоценностей и жены богатейших горожан. Однако в самый ответственный момент мертвецки пьяный экипаж преследователей оказался не в состоянии выполнять даже элементарные команды и галион был упущен.
Уход пиратского войска последовал довольно скоро —награбленные сокровища везли 175 мулов, сзади шли более 60 пленных, за которых они рассчитывали получить хороший выкуп, а в случае неудачи их можно было выгодно продать в рабство.
В Чагре Морган приказал собрать всю добычу воедино, для этого был проведен буквально поголовный обыск. А чтобы избежать недовольств и возмущений, он приказал контролерам обыскать первым себя. Этот ход сработал безотказно. Но за день до назначенного дележа Морган, забрав себе львиную долю добычи, тайком пробрался на свой корабль и в сопровождении немногих приближенных скрылся. Так после всех тягот и испытаний в этой самой крупномасштабной военной операции в истории карибского пиратства соратники Моргана остались практически ни с чем, да еще преданными.
Вскоре после этого похода на Ямайку прибыл новый губернатор с известием, приведшим пиратов в состояние шока. Во всех портах острова было объявлено, что отныне английский король намерен жить с испанским монархом в мире и в связи с этим флибустьерам строжайше запрещалось впредь покидать остров для нападений на испанские корабли или владения.