Стронгили больше не существовало. От круглого острова остались лишь разорванные края с головокружительными обрывами, идущими к внутренней бухте глубиной 380 метров — так называемой кальдеры. Черные, красные, желтые породы — вот что было «плотью» распоротого взрывом и обвалами старого вулкана. На этом месте возникла группа, состоящая из пяти островов — Фира, Фирасия, Аспрониси, Пале Камени и Ниа Камени.
Но остров не пришел в запустение. К его берегам в разное время приставали финикийские, дорийские и римские корабли. Дорийцам остров настолько понравился, что они во II веке до нашей эры решили основать на главном острове город с названием Фера в честь царя Фераса (современное название — Фира). В эллинистический период Фера служила морской базой для династии Птолемеев: любившие основательность египетские цари построили город в западной, пологой, части острова, на вершине горы Меса Воуно, сложенной из прочных коренных пород. Город позднее перешел к римлянам, и здесь же в IV веке появилась первая на острове христианская церковь.
Свое нынешнее имя Санторин получил в 1204 году от франков — в честь Святой Ирины. Франки предпочли перенести столицу на восточный, обрывистый, берег, построив крепость на скале Скарос. Позднее неподалеку, прямо на гребне кальдеры, выросла и современная столица Санторина — Фира.
Череда кровавых ссор между герцогами, владевшими Кикладскими островами, попытки Византии отвоевать Санторин, набеги турок — относительно спокойная жизнь для санторинцев настала лишь в 1579 году, когда остров был окончательно присоединен к Оттоманской империи. Турки почему-то предоставили Санторину автономию, позволив жителям самим избирать своих старейшин. То ли турок очаровали санторинские ветряные мельницы (по-турецки остров назывался «Деймерцик» — «Маленькая мельница»), то ли их смутила возобновившаяся активность вулкана.
Новым обитателям Санторина досталась нелегкая доля. Былое величие острова осталось навсегда похороненным под слоем вулканического пепла вместе с его плодородной почвой, чистыми источниками, удобными гаванями. Сухая земля продолжала сохранять следы огня и больше напоминала пемзу. Виноградную лозу приходилось закручивать кольцом, чтобы ее не сломало ветром. А рыбакам, чтобы спуститься к лодкам, требовалось предпринимать целое путешествие. Многие санторинцы уходили на морскую службу, так и не научившись плавать!
Но и сам вулкан не давал людям расслабиться: в центре кальдеры начал расти новый лавовый конус. В 1707 году моряки увидели посреди санторинской бухты что-то черное. Они решили, что это останки затонувшего судна, и поспешили туда, но... напоролись на скалы! Скалы эти шевелились, а море вокруг них меняло свой цвет с зеленого на красный, с красного на желтый. Тяжелый дым и пламя прорывались из глубины — население острова охватила паника: люди решили, что огонь вот-вот перекинется на сам остров. Лавовый остров рос на глазах, постепенно превращаясь в гигантского черного «паука», покоящегося в центре бухты. Море тем временем кипело и горело, подобно маслу на сковородке, а волны выбрасывали на берег мертвую рыбу. Каждую ночь над бухтой вспыхивали языки пламени, которые поднимались высоко в небо и рассыпались над ошеломленными людьми «звездным дождем». И так продолжалось почти месяц...
Выдерживать подобные «спектакли» могли не все. Люди покидали «остров дьявола», но многие вскоре возвращались обратно. Чтобы выжить на вулкане, где нет ни одного нормального дерева, толком нет ни глины, ни песка, ни камня, санторинцы стали рыть в податливом вулканическом туфе горизонтальные пещеры — «скафты». Полукруглый вход, закрытый стеной наподобие печной заслонки. В стене — дверь, два окна и третье — слуховое. Белый цвет стен и потолка отлично рассеивал свет: днем в скафте было светло, а ночью хватало одной лучины, чтобы осветить всю «квартиру». «Пещерная» жизнь на Санторине продолжалась вплоть до 1956 года, когда остров перенес катастрофическое землетрясение. Новая беда выгнала жителей из их нор-скафт навсегда. Ужас от перспективы быть расплющенным в толще породы нельзя пережить дважды — люди не захотели возвращаться в свои жилища, хотя именно скафты и уцелели: вязкий туф выдержал колебания тверди, в то время как все наземные постройки рухнули. В восстановлении Санторина участвовала вся Греция, многие европейские страны. И с тех пор Санторин — самый цивилизованный вулкан на Земле.