Согласно разработанному австрийцами плану русские войска должны были заменить там союзников, которые, в свою очередь, перемещались в районы Среднего и Нижнего Рейна — их Австрия намеревалась вернуть себе в первую очередь. Организаторы этого перемещения, однако, не посчитали нужным привлечь к разработке непосредственных исполнителей. К тому же австрийцы не хотели, чтобы русские долго оставались в Италии. Причина была проста: Суворов на освобожденных территориях фактически восстанавливал местную муниципальную власть, а это никак не устраивало австрийцев, уже считавших Италию своей.
Согласно первоначально разработанному плану армия Суворова должна была выйти из города Асти 8 сентября и двигаться двумя колоннами: корпусом генерала В.Х. фон Дерфельдена и корпусом генерала А.Г. Розенберга, которым было приказано, соединившись 11 сентября в Новаре, далее идти вместе по направлению к городу Айроло. Артиллерию и обоз предполагалось перемещать отдельно, через Италию и провинцию Тироль в Швейцарию.
Тем временем, получив приказ о полном выводе войск из Швейцарии, главнокомандующий австрийскими войсками эрцгерцог Карл начал незамедлительно его осуществлять. Суворов, узнавший об этом 3 сентября, вынужден был немедленно, не дожидаясь сдачи гарнизона крепости Тартоны, выступить в Швейцарию. Но именно в этот момент французы предприняли отчаянную попытку деблокировать осажденную цитадель, Суворову же пришлось вернуться и вынудить гарнизон капитулировать. Потеря двух дней в сложившейся ситуации могла привести к самым серьезным последствиям.
Армия, насчитывающая около 20 тыс. человек, преодолев более 150 км пути, прибыла в местечко Таверне не через 8 дней, как планировалось, а через 6. Суворову как можно быстрее требовалось достичь перевала Сен-Готард. Еще находясь в Асти, он дал поручение австрийскому фельдмаршалу М. Меласу подготовить и сосредоточить до прихода армии в Таверне вьючный обоз, необходимый для дальнейшего продвижения (всего союзники должны были предоставить к 15 сентября 1 500 мулов с фуражом и провиантом). Но прибыв в Таверне, Суворов не обнаружил ни того, ни другого, и только 18 сентября около 650 животных с частью запаса фуража прибыли на место. Частично использовав казацких лошадей для восполнения недостающих и завершив подготовку к маршу, 20 сентября Суворов начинает выдвижение к Сен-Готарду. Время неумолимо сжимается. «План общей атаки», разработанный штабом Суворова в Таверне в условиях изменившейся ситуации и рекомендованный к реализации австрийским полководцам Ф. Хотце и Г. Штрауху, предполагал наступление всех союзных войск на фронте протяженностью 250 км вдоль правого берега реки Рёйс, от места ее впадения в Ааре, до Люцерна.
Особое значение Суворов придавал взятию Сен-Готарда. В связи с этим он позаботился, чтобы был распространен слух о том, что наступление должно начаться не раньше 1 октября (в плане же первоначально значилось 19 сентября, но из-за задержки в Таверне оно состоялось 24 сентября). Французы в Швейцарии имели несколько преимуществ перед наступающими союзниками: более выгодную стратегическую позицию, значительный опыт ведения войны в условиях горной местности и хорошее ее знание. Суворову же при взаимодействии с отрядом Штрауха предстояло выбить с этих позиций французов, руководимых опытнейшим генералом К.Ж. Лекурбом. Для французов наступление русских, начавшееся ранним утром 24 сентября, именно на этот перевал оказалось полной неожиданностью.