В 1799 году Массена был назначен на должность начальника Гельветической армии в Швейцарии. В 1804 году он получил из рук Бонапарта маршальский жезл, в 1808 году ему был присвоен титул герцога Риволи, через два года — князя Эслингского, а в 1814 году он предал своего императора, перейдя на сторону Бурбонов. Этот поступок бы оценен «по достоинству» — в 1815 году Массена стал пэром Франции и два года спустя умер.
26 сентября, восстановив все переправы на Рёйсе, войска Суворова продолжили движение. Подойдя к городу Альтдорфу, Суворов неожиданно узнал, что дороги на Швиц, до которого оставалось 15 км, не существует. Вместо нее — узкая тропинка, по которой может пройти либо один-единственный человек, либо дикий зверь. Бесспорно, нужно было повернуть назад и пойти другой дорогой, но Суворов, для которого не существовало понятия «ретирада», принял решение двигаться по «охотничьей тропе». В это время Массена, узнавший о продвижении Суворова на Швиц, незамедлительно усилил все местные гарнизоны, и Суворов, еще ничего не знавший о поражении под Цюрихом, шел в расставленную для него ловушку. 27 сентября в 5 часов утра движение начал авангард Багратиона. Этот 18-километровый переход оказался неимоверно трудным.
Больше половины вьючных животных было потеряно, армия по-прежнему испытывала недостаток в продовольствии.
Вступив 28 сентября в Муотаталь, Суворов, наконец, узнает от местного населения о поражении Римского-Корсакова и Хотце. Практически в одно мгновенье соотношение сил изменилось в пользу противника почти в 4 раза. Кроме того, теперь против Суворова выступал непосредственно Массена, страстно желавший захватить русского полководца в плен. Прибыв в Люцерн, Массена подробнейшим образом изучил рельефный план Швейцарии, а затем на судне добрался по озеру Люцерн до Зеедорфа, где его ждал генерал Лекурб. Детально изучив ситуацию, Массена принял решение провести рекогносцировку в Шехенской долине. А убедившись в том, что противник действительно ушел в Муотенскую долину, отдал приказ блокировать отходы к Альтдорфу.
Суворов же, 29 сентября удостоверившись в поражении под Цюрихом, решил идти на соединение с оставшимися частями союзников. В результате русская армия начала отход из долины, а французы стали ее преследовать. 30 сентября произошло первое сражение в Муотенской долине, неудачное для последних. Раздосадованный таким исходом дела Массена решает следующей атакой руководить лично. Утром 1 октября, выдвинувшись к мосту и быстро восстановив его, республиканцы атаковали русские пикеты. Те, имея приказ не вступать в бой, стали отходить. Тем временем генерал А.Г. Розенберг, ожидавший такой поворот событий, выстроил свои боевые порядки в три линии. Увидев, что русские отступают, французы ринулись в преследование. В этот момент отступающие разошлись в стороны по флангам. И тут взору французов явилась неожиданная картина. Прямо перед ними открылся весь боевой порядок Розенберга. Французы, воодушевленные присутствием командующего, уверенно ринулись на позиции русских. Русские, сомкнув штыки, пошли в атаку. Молниеносными обходными маневрами они захватили три орудия и большое количество пленных. Окруженный французский арьергард был окончательно опрокинут и в полном беспорядке бросился к Шененгенскому мосту. Массена вынужден был отвести остатки своих войск к Швицу, который французам удалось удержать, хотя Второй Муотенский бой оказался для них очень тяжелым поражением. Сам же Массена едва не угодил в плен. В суматохе боя унтер-офицер Махотин стал пробиваться к вражескому генералу. Приблизившись вплотную, он, ухватившись за его эполет, попытался стащить Массену с коня. Подоспевший на помощь французский офицер сумел опрокинуть Махотина, но золотой генеральский эполет остался у него в руке. Этот факт позже подтвердил плененный главный адъютант Гюйо де Лакур.
Теперь, чтобы вырваться из окружения, Суворову нужно было пробиться к Гларусу и после этого идти на соединение с остатками армии Римского-Корсакова. Гларус русские взяли, но кратчайший путь для соединения Суворова и Римского-Корсакова французам удалось закрыть. Для выхода из окружения русским войскам необходимо было преодолеть еще один перевал — через гору Паникс высотой 2 407 метров. Этот переход оказался, пожалуй, самым тяжелым для армии Суворова. Для тех солдат и офицеров, которые пережили все его тяготы, он остался в памяти как самое ужасное испытание воли и физических сил. И тем не менее голодная и безмерно утомленная армия его преодолела. Первым, 6 октября, вышел авангард генерала М.А. Милорадовича. Внешний вид русского войска был плачевным — у большинства офицеров на сапогах не было подошв, мундиры солдат изорваны практически в клочья. 8 октября вся армия Суворова достигла города Кур, где уже стояла австрийская бригада Ауфенберга. Здесь австрийцам были переданы все пленные в количестве 1 418 человек.