Встав наконец у руля власти, Софья тем не менее осознавала, что радость по случаю этой победы может оказаться преждевременной — слишком уж реальной силой стали обладать после бунта стрельцы во главе со вновь назначенным князем Хованским, крайне почитаемым ими. В своих опасениях она не ошиблась и спустя некоторое время решилась на новую интригу. Под благовидным предлогом она выманила Хованского из столицы в село Воздвиженское, где он предстал перед судом по обвинению в государственной измене и, как явствовало из приписанной ему анонимки, в угрозе «царский корень известь». Хованский был казнен. Среди исследователей этого вопроса бытует устойчивое мнение, что бумага, стоившая ему головы, была «организована» ближайшим окружением Софьи, а возможно, и ею самою.
В итоге стрелецкое войско осталось без предводителя, Софья же бросила клич о мобилизации дворянского ополчения для охраны законной власти и трона. Убедившись, что у стрельцов нет сил на новое выступление, она дала знать из Лавры в Москву о подготовке ее торжественного въезда. Так началось семилетнее правление царевны Софьи Алексеевны государством Российским.
На тронеКаким же оно было, это правление, и что чувствовала, сидя на троне, женщина, добравшаяся до него через кровь, казни, измены, клевету? Приведем мнение сторонника Петра, князя Б.И. Куракина, человека, которого трудно заподозрить в симпатиях к ней: «Правление царевны Софьи Алексеевны началось со всякою прилежностью и правосудием всем и ко удовольствию народному, так что никогда такого мудрого правления в Российском государстве не было».
Главой правительства Софья назначила Голицына, и многие достигнутые в годы ее правления успехи явились итогом их политического и человеческого альянса. Всегда настороже, всегда лавируя между то и дело возникающими группировками, они тем не менее делали свое государственное дело.
Софья отменила смертную казнь за непристойные слова, заменив сие прегрешение ссылкой, теперь женщины, убившие своих мужей, уже не карались страшной смертью — «окапыванием», что означало зарывание виноватой живьем в могилу. Ужесточилась борьба с произволом местных властей, взятками, поборами. Софья проявила ряд инициатив по оживлению торговли с Западом, развитию промышленности. Особенно это коснулось ткацкого производства. В России стали изготавливать дорогие ткани: бархат, атлас и парчу, которые ранее привозили из-за моря. Для обучения русских мастеров выписывались специалисты-иностранцы.
В 1687 году Софья закончила начатое еще при Федоре по инициативе Симеона Полоцкого дело создания Славяно-Греко-Латинской академии. Ею поощрялось строительство каменных хором в Москве, западные заимствования более удобных бытовых условий жизни, введение «политеса», изучение языков, разного вида искусств. Удовлетворялась также потребность в широко, по-европейски образованных людях — отпрыски благородных фамилий посылались для обучения за границей. Пошла Софья навстречу своему фавориту и в деле развития школьного образования.
Нельзя было отказать ей и в политическом такте. Так, например, Софья сочла нужным поддержать своего явного недоброжелателя, патриарха Иоакима в его борьбе с расколом. Используя все свое влияние и умение как обольщать, как и устрашать противника, она весьма чутко держала руку на пульсе государства, по возможности гася искры недовольства, распрей, интриганства.
Заметны были успехи и во внешнеполитической сфере. 21 апреля 1686 года был заключен Вечный мир с Польшей. Согласно выговоренным Голицыным условиям Речь Посполитая юридически признала переход Киева к Русскому государству и подтверждала принадлежность ему Левобережной Украины, Смоленских и Северских земель.
Еще одним, крайне важным для России политическим событием стал так называемый Нерченский договор с Китаем (1689 год), с которым соприкасались границы русских владений в Сибири. Но были и явные провалы, в конце концов, внесшие свою лепту в крушение Софьи и ее фаворита. Голицын, без сомнения, был на редкость умен и опытен, но, зная свою силу дипломата, совершенно не метил в полководцы. Софья же, ослепленная любовью и желающая видеть на его седеющей голове лавры императора, тем не менее настояла на том, чтобы именно он возглавил злосчастный Крымский поход. К тому же ей со всех сторон твердили, что именно этот человек способен стать гарантом победы. Для Голицына эта задача была явно не по зубам. Лесть же застлала Софьино сознание, и она не сумела почувствовать, что как раз таким образом недруги Голицына хотели избавиться от слишком авторитетного и влиятельного лица. И владычица клюнула на эту наживку.