Возвращаясь на Камчатку, Крузенштерн провел корабль курсами, совершенно неизвестными европейцам, — вдоль западных берегов Страны восходящего солнца. Впервые было сделано научное описание острова Цусима и пролива, отделяющего его от Японии. Теперь эта часть Корейского пролива носит название прохода Крузенштерна. Далее мореплаватели сделали опись южной части Сахалина. Пересекая гряду Курильских островов проливом, ныне носящим имя Крузенштерна, «Надежда» едва не погибла на скалах. В Авачинскую губу вошли в начале июня, когда всюду виднелся плавучий лед и белели сплошные забереги.
В Петропавловске корабль покинул Николай Петрович Резанов. На одном из судов компании он отправился в Русскую Америку. Надо отдать должное этому деятельному человеку, много сделавшему для развития промыслов в водах российских владений. Резанов также причастен к выбору места для самого южного в Америке поселения россиян — форта Росс. Романтична и история помолвки Резанова с дочерью испанского губернатора Хосе Аргуэльо — Кончитой. В начале 1807 года он выехал в Россию, чтобы хлопотать о разрешении жениться на католичке. Но в марте 1807 года Николай Петрович внезапно скончался в Красноярске на пути в Петербург. Было ему 43 года. Его суженая в Новом Свете через год получила известие о смерти жениха и, исполняя обет верности, ушла в монастырь.
Оставшееся до встречи с «Невой» время Крузенштерн вновь посвятил обследованию Сахалина. Так уж случилось, что открытый еще в XVII веке Сахалин считался островом и никто в этом, кажется, не сомневался. Но французский мореплаватель Лаперуз, исследуя с юга Татарский пролив в экспедиции 1785—1788 годов, ошибочно посчитал Сахалин полуостровом. Позднее ошибку повторил англичанин Браутон. Крузенштерн решил проникнуть в пролив с севера. Но, послав на шлюпке лейтенанта Федора Ромберга, Крузенштерн раньше времени пушечным сигналом дал приказ шлюпке возвратиться к кораблю. Конечно, опасаясь за судьбу моряков в неизведанных местах, начальник экспедиции поторопился. Ромберг просто не успел достаточно далеко пройти на юг, чтобы обнаружить пролив. Уменьшающиеся глубины как будто подтверждали выводы предыдущих экспедиций. Это еще на какое-то время оттянуло открытие устья Амура и восстановление истины... Проделав свыше полутора тысяч верст маршрутной съемки с множеством астрономических определений, «Надежда» бросила якорь в Петропавловске. Отсюда корабль после погрузки мехов для продажи направился к месту встречи с «Невой».
Не менее сложным и интересным было плавание «Невы». Силуэт «Надежды» растаял за горизонтом, а экипаж «Невы» продолжал исследовать природу Гавайских островов. Повсюду местные жители тепло встречали добрых и внимательных посланцев северной страны. Посетили моряки селение Тавароа. Ничто не напоминало о трагедии 25-летней давности, когда здесь был убит капитан Кук. Гостеприимство островитян и их неизменная помощь позволили пополнить этнографические коллекции образцами местной утвари и одежды...
Через 23 дня Лисянский привел корабль к селению Павловскому на острове Кадьяк. Торжественно встретили русские жители Аляски первый корабль, проделавший столь трудный и дальний путь. В августе моряки «Невы» по просьбе главного правителя Российско-Американской компании Баранова участвовали в освобождении жителей форта Архангельское на острове Ситха, захваченных тлинкитами, которыми руководили американские матросы.
Более года «Нева» находилась у берегов Аляски. Лисянский вместе со штурманом Данилой Калининым и подштурманом Федулом Мальцевым составлял карты многочисленных островов, производил астрономические и метеонаблюдения. Кроме того, Лисянский, изучая языки местных жителей, составил «Краткий словарь языков северо-западной части Америки с российским переводом». В сентябре 1805 года, погрузив меха с русских промыслов, корабль направился к берегам южного Китая. В пути «Нева» наскочила на отмель у острова, дотоле неизвестного мореплавателям. В штормовых условиях моряки самоотверженно боролись за спасение корабля — и победили. 17 октября группа моряков провела весь день на берегу. На самой середине острова первооткрыватели поставили шест, а под ним закопали бутылку с письмом, в котором были все сведения об открытии. По настоянию команды этот клочок суши был назван именем Лисянского. «Остров сей, кроме явной и неизбежной гибели, ничего не обещает предприимчивому путешественнику»,— писал командир «Невы».