Обособленность положения Армении объясняется и тем, что на протяжении многих веков ее церковь обвинялась в монофизитской ереси, хотя монофизитство (от греческого «одна природа»), признающее только одну-единственную божественную природу Христа и отрицающее человеческую, было осуждено Армянской апостольской церковью на церковном Соборе еще в 491 году. Отчуждение между ортодоксальным христианством и армянской церковью, возможно, объяснялось недостаточно четким переводом с греческого определений Халкидонского Собора 451 года о двух естествах Христа, которые были представлены как «два лица». По этой причине решения Собора не были приняты в Армении. Кстати, такую позицию тогда занимали и эфиопская, и египетская коптская, и индийская малабарская, и ассирийская церкви. Все они признавали и признают решения первых трех Халкидонских Соборов, в том числе и Никейский Символ Веры.
Армения, беспомощная перед лицом враждебного окружающего мира, неоднократно стремилась к созданию церковной унии в поисках могущественных покровителей. В 1169 — 1180 годах епископ, а впоследствии католикос Нерсес Шнорали подготовил «Изложение веры Армянской Церкви» для Византийского императора Мануила и Патриарха Константинопольского Луки.
В этом документе впервые четко было указано на различие в понимании терминов, а не на различие в понимании природы Христа. Кстати, именно этот документ лег в основу современных переговоров между Папой Римским Иоанном Павлом II и Католикосом Гарегином I, когда стороны, наконец, пришли к обоюдному согласию по поводу содержания армянского христианства. А тогда, в XII веке, и император, и патриарх после изучения документа нашли, что объединение возможно, но выдвинули ультимативные условия, включавшие в себя помимо вопросов чисто богословского характера требование об утверждении избранного армянского католикоса императором. Затянувшиеся переговоры оборвались со смертью императора Мануила в 1180 году.
Католическая церковь тоже не оправдала надежд на сближение из-за ультимативных требований римских пап, вынуждавших армянскую церковь пожертвовать своей самобытностью.
В то время как Великая Армения полностью утратила свою политическую независимость, на берегу Средиземного моря с 1173 по 1375 год существовало небольшое армянское царство Киликия, называвшееся на Западе Малой Арменией. Сюда и был переведен католикосат из Великой Армении. Когда же в 1441 году христианский престол в Эчмиадзине был восстановлен, киликийский католикосат продолжал действовать, правда, уже в других восточных странах, в конце концов обосновавшись в Ливане, но уже под эгидой Эчмиадзинского. И такое положение сохранялось вплоть до 1922 года, когда с согласия Католикоса Всех армян киликийскому католикосату были временно переданы три епархии — в Ливане, Сирии и на Кипре. Ныне этот католикосат объединяет 800 тысяч человек. А Армянская церковь в Эчмиадзине во главе с католикосом Гарегином II — около 5 миллионов человек как в Армении, так и во многих других странах мира. Несмотря на существование нескольких престолов, Армянской церкви удалось сохранить свое внутреннее единство и избежать богословских битв, сотрясавших другие церкви. Разобщенность же между католикосатами, возникшая в 1956-м и длившаяся вплоть до недавнего времени, носила характер политический, а отнюдь не богословский.
В мире действуют также два отдельных армянских патриархата — Константинопольский и Иерусалимский, под опекой последнего находятся принадлежащие ему в Иерусалиме святые места.
На долю Армянской апостольской церкви пришлись даже не годы — века беспрерывных лишений, расколов и унижений. Но она обладала удивительной способностью возрождаться. Дело в том, что для армян существование церкви и христианства, возможно, имеет гораздо более важное значение, чем даже существование государственности, являясь средоточием армянского духа.