На так называемом «процессе 14-ти» Ювачев был приговорен (28 сентября 1884 года) к смертной казни, после подачи прошения о помиловании замененной бессрочной каторгой (затем срок был уменьшен до 15 лет). Остальные участники ювачевского кружка отделались по большей части административной ссылкой или просто увольнением с флота.
На настоящие каторжные работы революционеров при Александре III ссылали редко, предпочитая держать их в одиночном заключении. Поскольку в Алексеевском равелине Петропавловской крепости заключенные часто умирали, император распорядился построить более «гуманную» тюрьму в Шлиссельбурге, в старой петровской крепости, окруженной водами Ладожского озера. Там и оказался Иван Павлович.
Четверть века спустя в своих воспоминаниях бывший политкаторжанин попытался объяснить, почему в Шлиссельбурге, несмотря на улучшение бытовых условий, смертность почти не снизилась — людей убивал «ужас одиночного заключения». Психические расстройства и самоубийства были здесь обычным делом. Но над Ювачевым судьба смилостивилась, неожиданно послав ему друга. Раз в две недели заключенных выводили на получасовую прогулку. Летом 1885 года узнику предложили гулять в обществе одного из товарищей. Им оказался Николай Александрович Морозов, человек энциклопедических знаний и интересов. В одиночке он обдумывал мысли самые причудливые, не всегда здравые (например, «новая хронология» Фоменко — развитие шлиссельбургских идей Морозова), но всегда смелые и интересные. С Морозовым Иван Павлович в их редкие встречи мог говорить на самые разные темы — от математики и астрономии до философии и богословия.
Богословие? Да, теперь бывший морской офицер размышлял и на богословские темы. В тюрьме с ним произошло «религиозное обращение» (истолкованное многими товарищами как психическое расстройство). «Обращению» его способствовало то, что единственной выдававшейся арестантам книгой поначалу была Библия. В душе Ювачева, человека еще молодого, скорее всего, увлекшегося революционными идеями лишь поверхностно, чтение Писания произвело настоящий переворот. Он решился на огромный и отчаянный труд — перевести Евангелие с греческого языка на русский (язык Эллады Иван Павлович освоил, видимо, самоучкой еще в офицерские годы). Разумеется, никакой надобности в таком переводе не было: Синодальный перевод Библии, подготовленный специалистами-филологами, вышел совсем недавно, в 1876 году. После многочисленных ходатайств ему удалось получить в камеру Библию на греческом языке и словари. Но приступить к работе он не успел.
Религиозные настроения молодого арестанта и его «искреннее раскаяние» (приходится поставить кавычки, поскольку особых преступлений, в которых стоило бы раскаиваться, Ювачев совершить не успел — только состоял в революционном кружке) впечатлили тюремные власти. Благочестивому узнику предложено было сменить одиночную камеру на монастырскую келью, но тот отказался, чувствуя, что это не его путь, и даже ради выхода из тюрьмы не желая изменять себе. Тогда в 1886 году его вместе с четырьмя другими «подающими надежду на исправление» политическими заключенными отправили на Сахалин по очень сложному маршруту: через Петербург, Москву, Одессу и дальше морем, через Константинополь, Порт-Саид, Суэцкий канал, Сингапур и Японию. Вот так состоялось то «заграничное путешествие », которое упустил когда-то юный прапорщик Ювачев, — только путешествовать пришлось за решеткой, без права выхода на берег.
На Дальнем Востоке
В секретном послании сахалинским властям рекомендовалось использовать арестантов на работах, «соответствующих физическим силам, уровню способностей и образования каждого». В частности, Ювачева предполагалось привлечь к «геодезическим измерениям, нивелировке местностей и составлению расчетов по землемерной части». На словах ему было обещано, что вскоре он будет переведен на положение ссыльного, потом — в государственные крестьяне, а там уж до полного восстановления в правах недолго.
Речной пароход «Инженер» . Его капитаном с 1894 по 1897 год был Иван ЮвачевВсе это долгие годы оставалось пустыми посулами (на поселение Ювачев был переведен лишь в 1894 году), но заниматься физическим трудом (плотничеством на строительстве Казанского храма в поселке Рыково) Ивану Павловичу и в самом деле пришлось недолго. Через пять месяцев по прибытии на Сахалин он был определен в помощь Марии Антоновне Кржишевской, фельдшерице и заведующей рыковской метеорологической станцией. В то же время Ювачеву предложена была должность церковного старосты (той самой церкви, в строительстве которой он участвовал). «Я согласился и весь ушел в это церковное хозяйство, в составление хорошего церковного хора, в производство восковых свечей и проч. Конечно, я не оставлял и метеорологических наблюдений. Напротив. Я незаметно от Кржишевской отстранил ее от всех занятий по метеорологии, оказывая ей в то же время уважение, как своей начальнице. Если к этим занятиям присоединить еще уроки английского языка, которые я давал двум-трем чиновникам… уроки математики еврейским ребятам, церковные спевки и писание нот, то станет понятно — скучать не приходилось…» Сюда стоит добавить еще работы по организации небольшого ботанического сада около метеорологической станции, в котором была представлена экзотическая для европейца сахалинская флора — пихты, японские вязы, дальневосточные лиственницы.
Позднее Иван Павлович опубликовал две брошюры, содержащие результаты метеонаблюдений на Сахалине (и они принесли ему в 1899 году титул «члена-корреспондента Главной физической обсерватории Академии наук»). Именно на метеостанции в Рыкове произошла встреча Ювачева с Чеховым, путешествовавшим по Сахалину. Тот показался Антону Павловичу «человеком замечательно трудолюбивым и добрым». По мнению некоторых литературоведов, он послужил прототипом героя одного из чеховских рассказов («Рассказ неизвестного человека»). Герой этого рассказа — бывший моряк, ставший революционером, но скоро разочаровавшийся и отошедший от дел подполья.
Но все же Ювачев тосковал, что естественно: каторжный Сахалин был местом интересным, однако неприспособленным для нормальной человеческой жизни. Когда в 1894 году его перевели «в разряд сосланных на житье в Сибирь», Иван Павлович не стал задерживаться на острове: три года он прожил во Владивостоке, где служил капитаном парохода «Инженер», принадлежавшего строящейся Уссурийской железной дороге. И вот желанный день настал — можно было возвращаться в Европейскую Россию. Вторая жизнь Ювачева, жизнь революционера, политзаключенного и политического ссыльного, подошла к концу. А третья, параллельно начавшаяся жизнь — жизнь путешественника, географа, метеоролога, исследователя природы, — продолжалась. На пароходе «Байкал» в апреле 1897-го отправился недавний каторжник из Владивостока в Центральную Россию «через два океана», Тихий и Атлантический. Это была, в сущности, вторая половина его кругосветного путешествия, отделенная от первой десятью годами, и более приятная.
Многое предстояло повидать Ивану Павловичу. Корейских крестьян, которые не признают золота, «не понимая цены в нем», а расплачиваются огромными связками медных монет. Нагасаки, в котором пережидает зиму российский дальневосточный флот (за считанные годы до знаменитой Русско-японской войны!), где на улицах слышна русская речь, а у детей не редкость европейские лица. Русскую духовную миссию в Японии, существующую здесь с 1870 года (Ювачеву было интересно все, что связано с многовековой и трагической историей христианства в Стране восходящего солнца). Потом — Гавайские острова с их райским климатом, американским благоустройством и огнедышащими вулканами. И американских индейцев, встречи с которыми уже немолодой человек, когда-то в детстве зачитывавшийся Фенимором Купером и Густавом Эмаром, так жаждал… (Дальше путь пролегал через Чикаго, Нью-Йорк, Ливерпуль, Лондон, Берлин, Вильно.) Наконец 18 июня встреча с родителями на станции Любань под Петербургом (там у Ювачевых была дача, и там решил пока что поселиться Иван Павлович).