И все же, несмотря на то что император почитался как недосягаемый потомок богов, в его окружении все же находилось немало дерзновенных смельчаков, жаждущих занять трон любой ценой. Одними из первых, кому удалось еще в IX веке узурпировать верховную власть и фактически удерживать ее вплоть до XII века, были члены клана Фудзивара. Высокие посты, занимаемые при дворе, позволили им довольно быстро взять власть в свои руки. Выдавая женщин из семей клана за императоров, Фудзивара тем самым не только приобретали неограниченное влияние при дворе, но и связывались с верховными правителями кровными узами. От этих браков рождались наследные принцы, могущие претендовать в будущем на императорский престол. В результате людьми этого клана был оформлен институт регентства, который способствовал тому, что реальная власть постепенно ушла из рук Сынов Неба. А чтобы обезопасить себя от попыток других кланов перехватить завоеванное ими влияние и власть, Фудзивара высылали соперников в отдаленные районы страны, мотивируя это необходимостью наведения порядка и защиты территорий империи от нападения айну — на севере и морских пиратов — на юге. Те, кто служил при сосланных членах других кланов, как раз и стали костяком будущего самурайства.
Среди «ссыльных» доминировали представители двух других в высшей степени влиятельных и родственных друг другу линий императорского рода — Тайра и Минамото. Скоро в провинции сложилась ситуация, при которой север и северо-восток контролировался кланом Минамото, а юго-запад, в основном его островная часть, кланом Тайра. По сравнению с Тайра позиция, занимаемая Минамото, была существенно выгоднее, поскольку территории, занимаемые этой фамилией, граничили с территориями, на которых жили айну, а посему верхушка клана Минамото использовала отвоеванные у них земли по своему усмотрению и чаще всего — для поощрения отличившихся в боях безземельных самураев.
Закаленные в сражениях, как с племенами айну, так и с многочисленными пиратами, члены этих двух могущественных кланов постоянно враждовали друг с другом, стремясь утвердить свое единоличное влияние. Начиная с 1051 года и на протяжении почти полутора веков между ними происходили смуты и восстания. Одним из них, определившим дальнейшую судьбу обоих кланов, стало восстание Хэйдзи, поднятое в 1160 году полководцем Минамото-но Ёситомо против засилья Тайра. И хотя оно провалилось, а Ёситомо был убит, его третий (13-летний) сын Ёритомо был пощажен главой рода Тайра и сослан на восток страны, в Идзумо, под надзором приверженцев победившего клана. А спустя 20 лет после гибели отца, Ёритомо, собрав под свои знамена несколько тысяч человек, не желавших мириться с властью клана Тайра, начал вместе со своими сводными братьями настоящую войну на уничтожение противника. После ряда побед клан Минамото, ведомый Ёритомо, в апреле 1185 года в битве, проходившей в бухте Данноура, полностью разгромили Тайра.
Минамото Ёритомо, начавший после этой победы укреплять собственную военно-административную власть, в 1192 году получил от императора титул сэйи тайсёгун — «великий главнокомандующий, покоритель варваров», став практически военным правителем империи. Этот тип правления — сёгунат, при котором император полностью лишался власти, просуществовал в стране около семи веков, вплоть до 1867 года, когда последний сёгун — Токугава Ёсинобу отрекся от власти. И все эти годы едва ли не главными действующими лицами на сцене японской истории были «новые» люди, потомки бога войны Хатимана — самураи.
Очень важное место в снаряжении воинов с глубокой древности занимали лук и копье (достаточно вспомнить эпизод создания самих Японских островов). Кроме простых копий яри, длина которых достигала 6,5 метра, широко применялись копья, подобные вилам с загнутыми концами, — кумадэ («медвежья лапа»), трезубцы магари-яри («изогнутое копье»), у которых боковые лезвия были расположены под прямым углом, содэ-гарами («цепляющее за рукава») — шест с железным навершием, напоминающим еловые ветки.
Особого упоминания заслуживает нагината — оружие, которое принято называть алебардой. Однако алебарда — это, скорее, топор на шесте, а нагината можно сравнить с мечом на очень длинной ручке. Его острый клинок мог достигать полутораметровой длины. Особое распространение нагината получила у придворных дам сёгуа, владеющих искусством молниеносно отражать внезапные нападения на своего господина, а также у монахов-воинов — отдельной военной силы, попортившей немало крови крупным и мелким феодалам.