Вблизи Японских островов путешественники испытали жесточайший шторм, при котором ртуть в барометре вообще была не видна. 8 октября 1804 года «Надежда» встала на якорь в гавани Нагасаки, и там русские моряки узнали, что во время испытанного ими шторма было землетрясение, то есть скорее всего «Надежда» попала в зону цунами. В порту на борт сразу прибыли японские вельможи и голландский посланник.
Японцы потребовали сдать все оружие, находящееся на корабле, лишь Резанову оставили шпагу. Русским морякам не только не разрешили сходить на берег, но даже запретили плавать по заливу. В начале XIX века Япония оставалась совершенно закрытым государством, не идущим ни на какие контакты с внешним миром. Все попытки европейских стран установить отношения с Японией были тщетны. Лишь голландцам удалось как-то закрепиться в этой стране и наладить весьма незначительную торговлю.
В 1793 году русская экспедиция под началом Адама Лаксмана смогла договориться с японским правительством о некоторых уступках – одному русскому кораблю дозволялось зайти в гавань города Нагасаки. Этот успех Лаксмана и предстояло развить миссии Резанова. Восточная торговля всегда привлекала Россию, а морское министерство было весьма заинтересовано в возможности захода русских кораблей в японские порты. Однако миссия Резанова потерпела фиаско – полгода посольство жило на клочке японского берега, огороженном глухим забором, после чего японцы отказались от каких бы то ни было переговоров, не приняли подарков русского императора и передали Резанову грамоту, в которой российским судам запрещалось даже приближаться к берегам Японии.
В одном из своих писем Ратманов так охарактеризовал «дипломатические усилия» российского посланника: «…фарсы господина действительного камергера Резанова то наделали, что мы потеряли те права, которые были в 793м году Лаксманом получены».
18 апреля «Надежда» оставила Нагасаки и пошла Японским морем, где путешественники, не приставая к берегам, описывали по пути острова, заливы и мысы. О дальнейших действиях экспедиции Ратманов пишет: « …дошед до мыса Терпения острова Сахалина далее следовать не позволили большие льды, а как посол хотел скоро отправиться в С.Петербург, для чего и пришли в Гавань Св. Петра и Павла 23 мая, где нашли казенный транспорт и Американской компании судно – Господин действительный Камергер Резанов, получа здесь депеши, переменил намерение, что для нас не новое, и к тому уже мы зделали большую привычку – а 13 июня на компанейском судне отправился на Кодьяк, с нами распрощавшись вовсе. Не думаю, чтобы о сей разлуке кто-либо из нас надел траур. Мы ходили окончать… опись и сюда возвратились 17-го августа, куда прибыл и казенный транспорт из Охотска, чрез которой получены депеши, и к удовлетворению нашему, капитан наш Крузенштерн Всемилостивейше пожалован Орденом Св. Анны 2-ой степени…»
9 октября «Надежда» отбыла с Камчатки – ей предстояло пересечь Индийский океан и, обогнув Африку, вернуться в Россию. Обратное плавание было относительно благополучным и бесконфликтным, хотя его в немалой степени омрачило неожиданное самоубийство в районе острова Св. Елены второго лейтенанта судна Петра Головачева. В качестве непосредственной причины этой трагедии Ратманов называет информацию об объявлении войны России с наполеоновской Францией – Головачев, являвшийся поклонником французской культуры и Наполеона, не представлял себе возможности оставаться офицером боевого корабля, перед которым была поставлена задача топить французские суда. Такова трактовка Ратманова, которую он сам не счел нужным каким-либо образом доказывать. На решении Головачева свести счеты с жизнью, возможно, сказалась его особая позиция в конфликте Крузенштерна с Резановым. Головачев был практически единственным офицером «Надежды», поддерживавшим камергера. Нельзя также сбрасывать со счетов громадную усталость всех членов экспедиции, которая, кстати, проявилась в последних дневниковых записях самого Ратманова, сделанных им при подходе к Кронштадту, они выглядят бессвязными и свидетельствуют о его крайнем нервном истощении. 19 августа 1806 года «Надежда» бросила якорь в Кронштадтском порту. Двумя неделями раньше из похода вернулась «Нева». Первое русское кругосветное плавание, длившееся 3 года, благополучно завершилось. Оба судна посетил император, а 27 августа он принял в своей резиденции на Каменном острове И.Ф. Крузенштерна, уже награжденного к тому времени орденом Святого Владимира III степени.