Войско делилось на пехотинцев (асигару), лучников и конных воинов. Во главе каждого из подразделений стояли командующие-офицеры, подчиняющиеся в свою очередь двум генералам, состоявшим при главнокомандующем. Помимо этого, в войске существовал отряд разведчиков — синоби или ниндзя, в задачу которых входили сбор данных о численности и составе армии противника, а также предоставление самой свежей информации о его передвижениях и потерях. Слуги воинов должны были страховать своего господина, подавать ему оружие и собирать головы, отрубленные им в ходе сражения.
Если никакого иного исхода боя, кроме позорного бегства или сдачи в плен, не оставалось, самурай выбирал смерть, или харакири, зная, что она не будет напрасной: его семья за проявленную им храбрость получит подобающие почести и награды, а сам он войдет в память потомков как герой. Акт сэппуку демонстрировал противнику храбрость, а соратникам — пример для подражания. Промедление в его исполнении было равнозначно потере лица, что неизбежно влекло за собой презрительное отношение как к самому воину, так и к его семье. Но если решение свести счеты с жизнью было твердым, то самураю было совершенно необходимо суметь сдержать муки и не закричать от боли. Некоторые воины, дабы лишить врага удовольствия опознать и предъявить в качестве трофея «знатную голову», перед самоубийством обезображивали свое лицо до неузнаваемости. Многие находили в себе силы и мужество написать собственной кровью прощальные стихи.
Огнестрельное оружие, завезенное в Японию в первой половине XVI века, хотя и вызвало восхищение своей мощью, но не соответствовало тем идеалам ведения войны, которые в то время доминировали в среде японских военных. Личное мужество, искусство ближнего боя и весь остальной арсенал различных приемов, направленных на победу, оказывался просто бесполезным перед случайным выстрелом. Воин, овеявший свое имя беспримерной славой, мог пасть от шальной пули, выпущенной каким-нибудь бродягой, оставив потомкам лишь недоумение по поводу столь нелепой смерти. Однако с последней трети XVI века огнестрельное оружие, постепенно стало все более незаменимым и популярным и навсегда подорвало былые принципы ведения войны, когда все вокруг подчинялось церемониальности и природной тяге японцев к эстетике, в том числе и к эстетике смерти, призванной быть лаконичной и даже красивой. Теперь же тысячи солдат и офицеров совершенно бесславно гибли под пулями и ядрами, а выстрелы в спину становились обычным явлением. В такой войне уже не находилось места для прежнего благородства и великих подвигов.
Кроме того свода правил, который был присущ самому бою, существовали также и те, что относились к представлению военных трофеев и получению за них наград. Так, все отрубленные головы, собранные после сражения, должны были «проходить осмотр» комиссией. А срубить их каждый воин стремился как можно больше, при этом было весьма желательно, чтобы принадлежали они знатным военачальникам или выдающимся самураям, поскольку от этого зависел размер вознаграждения и оказываемых почестей. Головы демонстрировали на специальных подносах, где каждая из них была сопровождена именем и рангом ее «бывшего владельца».
Известен случай, когда один из самураев, оказавшись во время битвы в безвыходном положении, покончил с собой. Его преданный слуга, увидев это, немедленно отрубил голову своего господина и, завернув ее в плащ, закопал неподалеку. Затем сам совершил харакири (сэппуку), прикрыл (из эстетических соображений) своими внутренними органами окровавленную шею господина и, обняв его тело, умер. Но все эти предостережения оказались напрасными: слуги его врага по оставленному на земле кровавому следу все равно нашли голову самурая.
Хотя во времена позднего Средневековья, особенно в ходе крупных военных кампаний, подобный церемониал постепенно утрачивал свое прежнее значение. Известен такой факт, имевший место в ходе войны с Кореей, начатой Тоётоми Хидэёси в 1592 году. После успеха первого этапа корейской операции удача отвернулась от японской армии и все шло к грандиозному позорному поражению. Метавшийся в агонии Хидэёси, не желавший верить в подобный исход, без конца требовал реальных доказательств побед, и в ответ ему бесперебойно слали засоленные уши солдат и головы китайских офицеров.