А спустя некоторое время Святой Иаков явил свою милость другому Астурийскому королю — Альфонсо III Великому (866—910). Альфонсо в надежде на защиту от взбунтовавшихся внутри страны мятежников торжественно объявил апостола королевским покровителем, и святой помог войскам правителя одержать скорую победу. Преисполненный благодарности за оказанную высшую милость, Альфонсо III при поддержке епископа Сиснандо повелел возвести на месте прежней церкви великолепную базилику. Работы продолжались в течение 35 лет, и по окончании строительства базилика стала самым большим зданием, возведенным во время правления этого короля. Она имела просторные нефы, очень красивые боковые аркады и прямоугольную апсиду.
Однако в те далеко не спокойные для Испании времена, когда благочестию и благополучию местных христиан угрожал могущественный Кордовский халифат, базилике не суждено было долго украшать собою святыню. В 997 году халиф Альмансор, который, правда, пощадил мощи Святого Иакова, не допустив их осквернения, полностью разрушил базилику. Спустя 3 года после этого варварского уничтожения были начаты восстановительные работы, но былого великолепия и величия базилика достигла лишь 80 лет спустя усилиями местного епископа Диего Пелаза. В течение следующих столетий собор неоднократно перестраивался, а в XVIII веке его и без того внушительный фасад был перестроен архитектором Антонио Гороем в блестящем барочном стиле.
Первые пилигримы потянулись поклониться гробнице апостола Иакова еще в X веке, когда в воздухе витали эсхатологические (эсхатология — учение о конце света) настроения и конец тысячелетия виделся концом мира. В те времена христиане, как никогда искренне, стремились избавиться от грехов, отягощавших их совесть, дабы смело предстать на Страшном Суде. Однако наступил следующий век, не принеся с собой ничего сверхъестественного, кроме ставших уже привычными жестоких войн, неурожаев и распрей. Заступничество же Святого Иакова по-прежнему продолжало привлекать толпы страждущих со всей Европы, и этому в немалой степени способствовала поддержка со стороны церковных властей.
В начале XII века трудами архиепископа Диего Гелфресо (1110—1140 годы) Сантьяго-де-Компостела стал наряду с Иерусалимом и Римом одним из обязательных мест посещения христианских паломников. В это же время появился труд под названием «Historia Compostellana», в котором пересказывалась легенда о евангелической проповеди Иакова в Испании, о его мученической смерти и о прибытии останков святого на лодке в Испанию. Для облегчения путешествия благочестивых странников был создан так называемый «Путеводитель Пилигрима», в котором указывались города, через которые было удобнее добраться до места, наиболее безопасные дороги, церкви, в которых можно было помолиться о помощи в дальнейшем странствии, и монастырские гостиницы, где усталый путник мог обрести временное отдохновение. Этот «Путеводитель» был включен в так называемый «Кодекс Каллиста», приписываемый Папе Каллисту II (1119—1124 — годы его понтификата).
Одна из четырех сохранившихся версий Кодекса, и по сей день находящаяся в архивах Собора Сантьяго-де-Компостела, состоит из 5 книг. Первая включает гимны и литургические песнопения, посвященные Святому Иакову, вторая описывает чудеса, дарованные апостолом, третья — его жизнь и мученичество, четвертая содержит историю о Роланде и Карле Великом, связанную с паломничеством, а последняя, собственно, является вышеупомянутым «Путеводителем». Современные ученые считают датой его создания 30—40-е годы XII века, связывая с именем французского священнослужителя из Пуату — Эймерикуса Пико, который совершил путешествие в Сантьяго, будучи сопроводителем знатной дамы по имени Герберга.
Еще с давних времен в Сантьяго существует обычай отмечать 25 июля — день памяти Иакова Зеведеева. Когда он выпадает на воскресенье, католическая церковь отмечает Год Иакова, или Год Юбилея. В этот год христианам, посетившим с благими намерениями мощи апостола, даруется полное отпущение грехов. Традиция Очищающего Юбилея была заимствована христианскими теологами из Ветхого Завета. Исидор Севильский (испанский церковный деятель и писатель) называл Юбилей «Годом прощения грехов». Впервые полное отпущение всех грехов было предложено Церковью в 1095 году для пилигримов, отправлявшихся в Святую Землю, в случае их внезапной смерти.
В XI веке подобное прощение предлагалось и всем тем, кто пожелает принять участие в Реконкисте (отвоевание Испании у арабов), и паломникам, совершившим особенно сложные и опасные путешествия ради поклонения святым гробницам.