Пруссия была единственной немецкой территорией, на которой велись боевые действия. Разрушениям разной степени подверглись 39 ее городов, более того, по итогам войны, Пруссия оказалась отрезанной от остальной Германии, а часть ее земель отошла к Литве. Согласно Версальскому договору на Германский рейх как на проигравшую сторону накладывались огромные репарационные платежи. Это привело к тому, что в конце 20-х годов Пруссия встала у края финансовой пропасти: большинство промышленных предприятий не работало, значительная часть населения страны оказалась на грани нищеты. Как следствие неуклонно росли ряды сторонников возрождения национальной гордости, восстановления прежней немецкой славы и прежних границ. Лозунги нацистов становились все более и более популярными.
В 1928 году из Мюнхена в столицу Пруссии Кенигсберг прибыл Эрик Кох, развивший бурную деятельность по организации нацистской партии. Через 5 лет он стал гауляйтером и обер-президентом Пруссии. В его планы входило сделать из этой провинции центр экономического пространства от Балтийского до Черного морей за счет присоединения к ней территории СССР.
Неоднократно Кенигсберг посещал и Адольф Гитлер. Нацистский лидер приезжал в старый район Росгартен, где находился городской зал — Штадтхалле. В этом здании проводились политические и культурные мероприятия, здесь же не раз выступал и фюрер. Он говорил о жизненном пространстве для немцев, о верховенстве немецкого народа, о защите чистоты крови и о высоком общественно-биологическом значении войны.
Идеи фюрера, высказываемые еще в конце 20-х годов, привели к началу второй мировой войны.
Более трех лет с ее начала боевые действия на территории Пруссии не велись. Но уже к 1942 году обстановка изменилась. Спешными темпами велось укрепление старых оборонительных сооружений. Была создана долговременная оборонительная система, состоявшая из зон, полос и укрепрайонов. Траншеи перед фортами прикрывались проволочными заграждениями и минными полями. Кенигсберг был объявлен городом-крепостью, поэтому мирных жителей эвакуировать не стали.
Однако первый удар по Восточной Пруссии нанесла не Красная Армия, а английская авиация. По официальной оценке, на Кенигсберг было сброшено около 40 тысяч бомб. Весь центр города был практически уничтожен.
Осенью 44-го меньше чем за месяц на подступах к Пруссии советские войска разгромили немецкую группу армий «Центр». Затем война вернулась туда, откуда пришла.
К концу января 1945-го Кенигсберг был отрезан от основной восточно-прусской группировки противника. Несмотря на неизбежность поражения, немецкие войска получили из Берлина приказ оборонять провинцию и столицу до конца. Для штурма города советское командование сосредоточило четыре армии. Стопятидесятитысячной советской группировке противостояло около 35 тысяч немецких солдат.
Перед началом решающего штурма город-крепость подвергся мощному артобстрелу. Тысячи орудий за несколько часов израсходовали несколько эшелонов со снарядами. Девяносто процентов уцелевших после английской бомбардировки зданий было разрушено.
Штурм начался 6 апреля. 9 апреля 1945 года комендант крепости, генерал от инфантерии Отто фон Ляш подписал капитуляцию. Ее условия были следующими: сохранение жизни оборонявшихся, обеспечение их нормальным питанием. Советское командование обещало также достойно обращаться с пленными, позаботиться о раненых и гражданском населении, а по окончании войны отправить пленных на родину или в одно из государств по выбору капитулировавших. Позднее фон Ляш вспоминал: «Ни одно обязательство не было выполнено...» Население Восточной Пруссии подверглось геноциду. Более 100 тысяч жителей немецкой национальности были депортированы в Германию, на территорию советской оккупационной зоны, причем депортация продолжалась вплоть до 1951 года.
Вопрос о послевоенном статусе Пруссии вставал неоднократно. Еще осенью 1941 года Черчилль высказал идею о расчленении Германии и отторжении от нее Пруссии. Зимой этого же года Сталин предложил передать Восточную Пруссию и Кенигсберг Советскому Союзу сроком на двадцать лет в качестве гарантии возмещения убытков, понесенных СССР от войны с Германией. На Тегеранской и Берлинской мирных конференциях советское руководство опять подняло вопрос о передаче Кенигсберга и части Восточной Пруссии в состав СССР.