К середине XVI века Вильнюс превратился в крупнейший торговый, ремесленный и культурный центр Европы, в 1574 году здесь появилась первая типография. На литовский язык был переведен катехизис и многие другие произведения мирового значения. В городе строилось множество церквей и различных новых зданий.
Выгодное географическое положение у слияния рек Нерис и Вильня всегда привлекало к Вильнюсу «повышенный интерес» соседей, постоянно стремившихся его захватить. В результате мирных лет в истории литовской столицы было значительно меньше, чем военных и оккупационных.
Первыми иностранными войсками, сумевшими в 1661 году покорить его полностью в ходе русско-польской войны, стали русские.
После раздела Речи Посполитой и вхождения Литвы в состав Российской империи Вильнюс, став центром Виленской губернии, оказался одним из самых больших городов страны.
Во время Первой мировой войны город с 1915 по 1918 год был оккупирован немецкими войсками, а после установления в Литве советской власти стал столицей Литовской ССР. Осенью 1920 года Вильнюс захватила Польша, которой до начала второй мировой принадлежали он сам и весь Виленский край. В 1939-м, когда немцы вторглись на территорию Польши, Советская Армия вступила в Виленский край, не допустив захвата Вильнюса, который вместе с областью был передан под юрисдикцию Литовской ССР, став ее столицей.
Литва стала одной из первых республик, вышедших в 1991 году из состава СССР, хотя декларация о ее независимости была принята еще за год до этого — 11 марта 1990 года. Но в планы советского руководства это вовсе не входило. 13 января 1991 года десантники захватили вильнюсские радио- и телецентр. Количество жертв составило 13 человек. В том же году Международное сообщество, признавшее независимость Литвы, приняло решение о включении ее в состав ООН. 31 августа 1993-го Литву покинул последний российский солдат.
Этот город, находящийся в 28 километрах западнее Вильнюса и расположившийся между тремя живописными озерами, начал строить в середине XIV века. А в трех километрах от него находился так называемый Старый Тракай, который в течение нескольких лет (до 1323 года) являлся столицей Литвы.
В течение двух столетий Литовское княжество постоянно подвергалось нападениям крестоносцев. Среди политических и оборонительных центров, строившихся в стратегически важных местах, Тракай был одним из главных.
Наивысшего расцвета Тракай достиг в годы правления великих князей — Гедиминаса, Кястутиса и особенно Витаутаса (1316—1430-е). В то время в городе шла оживленная торговля и многие литовские товары успешно продавались за границу. В 1409 году по указу князя Витаутаса было введено самоуправление. Князь, знавший латынь, немецкий и русский языки, был не только хорошим воином, но и гостеприимным хозяином и тонким дипломатом. Он часто принимал в тракайском замке иностранных послов и других высоких гостей. В те времена в городе было пять православных церквей, синагога и мечеть, за городским валом располагались собор Рождества Пресвятой Богородицы и монастырь.
Из крымского похода князь Витаутас привез в Тракай 383 караимские семьи. Караимы — отделившаяся в VIII веке от ортодоксального иудаизма община, не признающая Талмуд. Их единственная священная книга — Ветхозаветное пятикнижие. Церковные службы караимы проводят на иврите. Сейчас в Тракае осталось всего 70 караимов, а во времена Витаутаса они были наделены особыми правами — самоуправлением и освобождением от княжеских налогов. Витаутас доверил караимам охрану княжеской персоны и мостов, ведущих к укрепленному Островному замку.
После его смерти в 1430 году город начал постепенно терять былое величие, хотя еще долгое время в Тракае хранилась государственная казна и Литовская Метрика — Главный архив Великого князя, перенесенный в Вильнюс лишь в 1551 году. С тех пор как Вильнюс стал доминировать и обрел политический вес, жизнь Тракая мало чем отличалась от жизни других небольших литовских городов.
Впоследствии вместе со всей Литвой Тракай переживал все драматические события, выпавшие на долю этого многострадального государства. В 1991 году Тракай получил статус Национального исторического парка, хотя город с этим названием продолжает жить до сих пор.
Островной Тракайский замок, построенный в конце XIV — начале XV веков, ни разу за всю свою историю не был захвачен, несмотря на неоднократные вражеские нападения. Замок состоял из княжеского дворца и замковых укреплений, которые когда-то были отделены друг от друга глубоким рвом с водой. Два вытянутых крыла трехэтажного княжеского дворца соединялись шестиэтажным донжоном (главная башня замка, последнее убежище его защитников). Замковые укрепления в форме неправильной трапеции позже были обнесены каменной стеной с тремя угловыми круглыми башнями.