Между тем число заболевших возрастало с каждым днем. У Лангсдорфа начались сильные приступы лихорадки, но, несмотря на это, он по-прежнему продолжал свои наблюдения и делал записи в дневнике. Всеми доступными ему средствами Лангсдорф лечил и себя, и своих спутников. В апреле во время пребывания в селениях индейцев апика Лангсдорф мог передвигаться уже только при помощи сопровождающего.
Из воспоминаний Рубцова: «Начальник экспедиции, несмотря на болезнь свою, неусыпно пекся о здоровье каждого и по приходе к жилищу индейцев, видя, что старания его больным мало помогали, то таковое положение заставляло Григория Ивановича Лангсдорфа при всей жестокости болезни его много беспокоиться, а через то, как кажется, он делался слабее». В конце апреля, когда экспедиция спускалась по реке Журуэне, из 34 членов отряда здоровы были лишь 15, из них 7 уже переболели лихорадкой. Впереди экспедицию ожидали еще бо’льшие неприятности. Разбилась одна из лодок, другая была серьезно повреждена. Путешественникам пришлось сделать почти двухнедельную стоянку, чтобы изготовить новую лодку. Запасы провизии быстро кончались, а охотиться и рыбачить практически не удавалось. Так что к болезням добавился еще и голод. Больные неделями лежали без сознания. Лангсдорфа и Рубцова зачастую переносили в гамаках, поскольку они уже не могли двигаться и часто впадали в беспамятство.
К 20 мая новая лодка была готова, и экспедиция продолжила плавание. Именно в тот день Лангсдорф сделал последнюю запись в своем дневнике: «Обрушившиеся дожди нарушили весь покой. Мы намереваемся теперь идти в Сантарен. Наша провизия убывает на глазах, мы должны стараться ускорить наше движение. Мы должны еще перейти водопады и другие опасные места на реке. Если захочет бог, мы сегодня продолжим наш путь. Провизия уменьшается, но мы еще имеем порох и дробь». На этом дневник Лангсдорфа обрывается. Болезнь совершенно изнурила ученого, и через несколько дней его спутники с ужасом заметили у своего начальника признаки помешательства и потери памяти.
Теперь уже нечего было и думать об осуществлении ранее намеченных планов. Единственной целью путешественников стало желание как можно быстрее добраться до Рио-де-Жанейро. Дальнейшее плавание изобиловало трудностями и опасностями. Вереница водопадов, порогов и мелей не давала путешественникам ни минуты отдыха. На одном из водопадов вновь разбилась лодка, все находящиеся в ней люди погибли.
18 июня, к неописуемой радости путешественников, они встретили шхуну, идущую в Сантарен. Теперь они могли передвигаться с удобствами, но это обстоятельство никак не сказалось на самочувствии Лангсдорфа. «Он совсем помешался в разуме и даже не знал, где находится и что кушает», — вспоминал позднее Рубцов, впрочем, и сам он был тоже плох.
16 сентября участники экспедиции прибыли в Пара (Белен), откуда к концу марта 1829-го морем добрались до Рио-де-Жанейро. Во время этого морского вояжа Лангсдорф пошел на поправку — его физическое здоровье постепенно восстановилось, частично вернулась и память, но на полное выздоровление рассчитывать уже не приходилось. «Болезнь такова, — писал о состоянии Лангсдорфа Флоранс, — что не позволит когда бы то ни было в дальнейшем путешествовать с научной целью». Всеми материалами и коллекциями экспедиции занимался теперь Рубцов, который в том же году доставил в Петербург 32 ящика архива, а еще год спустя 84 ящика привез в столицу России и Ридель.
Вернувшись в Европу совершенно больным и неспособным к работе ввиду психического расстройства, Лангсдорф, конечно, не мог обработать собранные экспедицией научные материалы, а после его смерти в 1852 году уже и само местонахождение архива оказалось неизвестным. Он, содержащий дневниковые записи, карты, рисунки, донесения, многочисленные рукописные материалы, в отличие от коллекций, хранившихся и выставлявшихся в различных музеях, долгое время считался утерянным. Постепенно ушли из жизни и люди, имевшие отношение к этому путешествию. Все эти обстоятельства и послужили причиной совершенного забвения экспедиции академика Лангсдорфа в течение почти 100 лет.