Настоящая творческая зрелость к журналисту-расследователю Щекочихину пришла во время его работы в «Литературной газете». Здесь он продолжает молодежную тему, пишет о торговле наркотиками и о наркомании среди молодежи. Щекочихин не просто обозначает проблему: в его статьях за каждой трагедией – конкретная человеческая судьба. Он много ездит по стране, встречается с ребятами, которые доверяют ему свои беды, беседует с представителями правоохранительных органов, с экспертами. Он собирает богатый и разнообразный материал, из которого становится ясно, что наркотики – это не просто трагедия отдельных людей, а преступный бизнес.
С каждым годом публикации Щекочихина становятся все более глубокими и поднимают все более серьезные темы. На основе полученных официальных данных, сухих цифр статистики, бесед с частными лицами он пытается докопаться до сути проблемы, найти ее истоки, привлечь к ней внимание общества. Именно в этом Щекочихин как журналист видит свою главную задачу: обозначить порок и бороться с пороком, а не с его носителем.
Этого же принципа придерживался Щекочихин, когда исследовал тему разгоревшейся в Казани войны между молодежными группировками. В статье «Экстремальная модель» («Лит. газ.», 1988, 12 окт.) Щекочихин не только приводит данные статистики, которые ужасают сами по себе. За 1986 – 1987 годы в Казани совершено 181 нарушение общественного порядка, в том числе 51 групповая драка, в которой участвовали 900 человек. В итоге 6 молодых людей погибли, 73 были госпитализированы с серьезными травмами, 193 получили телесные повреждения. С осени 1987 года обстановка резко ухудшилась. В драках стали использовать ножи, тяжелые металлические шары, обрезки арматуры, кастеты, самодельные взрывные устройства.
Поначалу подросток, не входящий в группу, мог чувствовать себя в безопасности в своей школе, ПТУ. Но Щекочихин подмечает опасную тенденцию, которая заключается в том, что постепенно группировка берет под контроль находящиеся на ее территории учебные заведения, и жестокая жизнь улицы продолжается уже в стенах школ и техникумов. Был, правда, способ избежать давления – с помощью выкупа. Поборы начинались с малышей. С них брали по 20 – 30 копеек, но с переходом в следующую возрастную категорию суммы существенно возрастали. Деньги шли на поддержку тем, кто оказался на «зоне», и их семьям, на помощь раненым, т. е. в «общак». Таким образом, считает Щекочихин, формировалась устойчивая преступная группировка, цели которой задавали верхние иерархические слои, состоящие в большинстве своем из уголовных элементов. Это потом все, что происходило в Казани, в стране назовут «Казанским феноменом». Об этом будет много всего написано, сказано… Но начинал расследование этой проблемы Щекочихин.
О существовании в стране организованной преступности было во весь голос заявлено до этого в беседе Щекочихина с подполковником НИИ МВД Александром Гуровым. В интервью «Лев прыгнул» («Лит. газ.», 1988, 20 июля) впервые прозвучала мысль, что «мафия – это не экзотическое слово из иноземной жизни, а имя чисто отечественного явления», организация, созданная для систематизации преступного бизнеса. Но преступное сообщество становится мафией лишь в условиях коррупции, оно должно быть связано с представителями государственного аппарата, которые состоят на службе у преступников.
Газетная статья получила огромный общественный резонанс и стоила больших неприятностей и автору, и его собеседнику. Но затем в редакцию «Литературной газеты» позвонил Генеральный секретарь ЦК КПСС Михаил Горбачев и сказал, что об этом давно пора было написать. Гуров принимал поздравления. Фразу Генсека «давно пора» теперь повторяли все его коллеги. И только много позже, по признанию самого Щекочихина, они узнали из окружения известного преступного авторитета Завадского (к тому времени уже убитого), что в 1988 году в Сухуми собралась воровская сходка, на которой был поставлен на голосование вопрос об устранении и Гурова, и автора статьи «Лев прыгнул». Всего двух голосов не хватило для принятия этого решения…
В 1989 году Юрий Щекочихин был избран народным депутатом СССР, а в 1995 и 1999 годах – депутатом Государственной Думы соответственно второго и третьего созывов. С 1996 года Щекочихин занимает должность заместителя главного редактора «Новой газеты».
В Госдуме Щекочихин входит в состав фракции «Яблоко», является членом Комитета по безопасности и Комиссии по борьбе с коррупцией в органах государственной власти. Работая на этих постах, он провел ряд громких расследований, результатом которых стали не только газетные публикации, но и депутатские запросы в самые высокие инстанции.